145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1590 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1590  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  100 
 
 		 214 aa  442  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.3687  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2623  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  97.66 
 
 		 214 aa  434  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2999  iron dependent repressor  81.78 
 
 		 214 aa  373  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000263786  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2465  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  74.3 
 
 		 217 aa  343  1e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00437401  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0775  DtxR family iron dependent repressor  75.23 
 
 		 214 aa  340  7e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0343924  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1382  iron-dependent repressor, putative  71.5 
 
 		 214 aa  333  1e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.813037  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2442  Iron dependent repressor:FeoA  71.96 
 
 		 214 aa  332  2e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.681497  normal  0.911971 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1950  iron repressor, putative  59.62 
 
 		 218 aa  286  1e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3680  DtxR family iron dependent repressor  47.25 
 
 		 219 aa  206  2e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.361063  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1566  Iron (metal) dependent repressor  37.44 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2297  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  37.9 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.29738  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2385  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  37.9 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2248  iron dependent repressor  39.23 
 
 		 224 aa  148  7e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.757251  normal  0.319996 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1867  ABC transporter, ATPase subunit  40.91 
 
 		 408 aa  87.4  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1669  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  29.13 
 
 		 239 aa  85.9  4e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2016  FeoA family protein  31.82 
 
 		 213 aa  82.4  0.000000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.15744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2235  iron dependent repressor  29.55 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0647911  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4167  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  34.33 
 
 		 233 aa  79  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.309563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0837  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  32.03 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1831  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  28.14 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.403988  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3553  iron dependent repressor  30.95 
 
 		 244 aa  76.6  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0827525  normal  0.67078 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27510  Mn-dependent transcriptional regulator  32.82 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0772  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  28.51 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0249  iron dependent repressor  31.54 
 
 		 236 aa  74.3  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.612567  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12725  iron-dependent repressor and activator ideR  30.26 
 
 		 230 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1465  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  31.03 
 
 		 230 aa  74.3  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00556833  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0779  iron dependent repressor  30.05 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2086  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  28.8 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0882  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  27.01 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.201089 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1414  DtxR family iron dependent repressor  30.46 
 
 		 232 aa  72.4  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.254441  hitchhiker  0.0000129939 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3790  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  43.94 
 
 		 229 aa  72.4  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00906262  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8780  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  37.04 
 
 		 238 aa  72.4  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.706534 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3949  iron dependent repressor  30.67 
 
 		 229 aa  72  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0588  iron dependent repressor  26.73 
 
 		 221 aa  71.6  0.000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2176  DtxR family iron dependent repressor  29.94 
 
 		 230 aa  71.6  0.000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2222  iron dependent repressor  29.94 
 
 		 230 aa  71.6  0.000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.735096  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2165  iron dependent repressor  29.94 
 
 		 230 aa  71.6  0.000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.248278  hitchhiker  0.0016948 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2845  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  29.32 
 
 		 240 aa  71.2  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2450  iron dependent repressor  30.91 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442083 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2026  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  26.14 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.461162  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0191  DtxR family iron dependent repressor  29.05 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.131259 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1456  iron dependent repressor  30.61 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.534251 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3566  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  28.16 
 
 		 235 aa  68.6  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.488896  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0113  DtxR family iron dependent repressor  31.11 
 
 		 150 aa  68.6  0.00000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000348569 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04190  Mn-dependent transcriptional regulator  37.84 
 
 		 240 aa  68.6  0.00000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1989  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  31.33 
 
 		 234 aa  67  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1008  DtxR family iron dependent repressor  30.82 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.540653  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0687  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  25.4 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000120383  normal  0.0346372 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2097  DtxR family iron dependent repressor  27.69 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2143  iron dependent repressor  27.69 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0419324 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2080  iron dependent repressor  27.69 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.337906  normal  0.114786 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24030  Mn-dependent transcriptional regulator  30.72 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0348  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  28.38 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4549  iron dependent repressor  28.37 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4546  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  40.91 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.229344  normal  0.851702 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1582  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  24.55 
 
 		 240 aa  65.1  0.0000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0794  DtxR family iron dependent repressor  37.04 
 
 		 231 aa  65.1  0.0000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.681199  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3322  DtxR family iron dependent repressor  26 
 
 		 230 aa  65.1  0.0000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33150  Mn-dependent transcriptional regulator  28.86 
 
 		 227 aa  65.1  0.0000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.011235  normal  0.509126 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0523  DtxR family iron (metal) dependent repressor  30.99 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0199964 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0911  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  37.04 
 
 		 231 aa  64.3  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.537022 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2268  DtxR family iron dependent repressor  28.65 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0515918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6206  DtxR family iron dependent repressor  28.12 
 
 		 246 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.693213  normal  0.0477636 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1801  FeoA family protein  44.93 
 
 		 83 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1829  FeoA family protein  44.93 
 
 		 83 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0101  DtxR family iron dependent repressor  28.37 
 
 		 237 aa  62.8  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3986  FeoA family protein  25.81 
 
 		 237 aa  62  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.990793 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4512  iron dependent repressor  25 
 
 		 336 aa  62  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0909363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1554  iron dependent repressor  27.89 
 
 		 217 aa  62  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.662319 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1907  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  34.62 
 
 		 237 aa  61.6  0.000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000908776  normal  0.33378 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0626  DtxR family iron (metal) dependent repressor  25.4 
 
 		 239 aa  61.6  0.000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0317366  normal  0.280307 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0424  iron dependent repressor  27.14 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12801  transcriptional repressor sirR  26.17 
 
 		 228 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3587  DtxR family iron dependent repressor  29.73 
 
 		 222 aa  60.8  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0941537 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3582  FeoA family protein  43.48 
 
 		 73 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.328187 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2758  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  25.26 
 
 		 236 aa  61.2  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1077  hypothetical protein  43.28 
 
 		 74 aa  60.5  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.518771 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4031  DtxR family iron dependent repressor  26.67 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000355382  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1228  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  25.73 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.294242  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30780  Mn-dependent transcriptional regulator  33.33 
 
 		 236 aa  57.8  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.449157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5548  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  28.75 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4418  DtxR family iron dependent repressor  25 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1279  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  26.29 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2694  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  26.24 
 
 		 227 aa  57.8  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0485756 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0463  iron dependent repressor  26.62 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0576  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  27.21 
 
 		 239 aa  57  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.168469  normal  0.566228 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1391  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  25.19 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00204133  normal  0.214261 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0904  Iron dependent repressor  24.2 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000581778  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2347  iron dependent repressor  25.13 
 
 		 248 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.199086  hitchhiker  0.00189689 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0657  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  24.41 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.886666  normal  0.0828906 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1871  iron dependent repressor  30.92 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13220  Mn-dependent transcriptional regulator  25.97 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.979168 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4026  iron dependent repressor  25.13 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0873037 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1567  iron dependent repressor  25.38 
 
 		 148 aa  55.8  0.0000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1732  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  26.4 
 
 		 232 aa  55.8  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0495486  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2160  iron dependent repressor  27.07 
 
 		 240 aa  55.5  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.123888  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2267  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  22.94 
 
 		 226 aa  54.3  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2226  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  26.74 
 
 		 240 aa  54.3  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09110  Mn-dependent transcriptional regulator  32.88 
 
 		 239 aa  54.3  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.357041  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1726  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  32.58 
 
 		 212 aa  53.5  0.000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>