More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1559 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1559  3-dehydroquinate dehydratase  100 
 
 		 149 aa  302  8.000000000000001e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.897026  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2657  3-dehydroquinate dehydratase  96.64 
 
 		 149 aa  290  3e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000254633 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2022  3-dehydroquinate dehydratase  72.22 
 
 		 150 aa  211  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0981  3-dehydroquinate dehydratase  69.44 
 
 		 150 aa  205  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00261283  normal  0.0932644 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1823  3-dehydroquinate dehydratase  70.29 
 
 		 144 aa  202  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000527848  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1595  3-dehydroquinate dehydratase, type II  70.29 
 
 		 144 aa  200  7e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1474  3-dehydroquinate dehydratase, type II  64.79 
 
 		 152 aa  184  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00136549  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2190  3-dehydroquinate dehydratase, type II  61.64 
 
 		 150 aa  184  4e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.369696  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0032  3-dehydroquinate dehydratase  63.27 
 
 		 149 aa  181  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0715  3-dehydroquinate dehydratase  57.43 
 
 		 153 aa  178  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0744  3-dehydroquinate dehydratase  57.43 
 
 		 153 aa  178  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00682582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2664  3-dehydroquinate dehydratase  60.28 
 
 		 150 aa  178  2.9999999999999997e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0915  3-dehydroquinate dehydratase  59.86 
 
 		 149 aa  176  7e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.249833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1164  3-dehydroquinate dehydratase  60.27 
 
 		 207 aa  175  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3499  3-dehydroquinate dehydratase  60.27 
 
 		 207 aa  174  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0421  3-dehydroquinate dehydratase  60.27 
 
 		 207 aa  174  5e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3063  3-dehydroquinate dehydratase  62.96 
 
 		 162 aa  172  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0255  3-dehydroquinate dehydratase, type II  64.23 
 
 		 184 aa  171  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3284  3-dehydroquinate dehydratase  60.84 
 
 		 150 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2500  3-dehydroquinate dehydratase  60.84 
 
 		 150 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.263847  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3469  3-dehydroquinate dehydratase, type II  59.86 
 
 		 152 aa  171  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.411498 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3464  3-dehydroquinate dehydratase  60.84 
 
 		 150 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1280  3-dehydroquinate dehydratase  60.84 
 
 		 150 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3502  3-dehydroquinate dehydratase  60.84 
 
 		 150 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.248237  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1003  3-dehydroquinate dehydratase  57.86 
 
 		 150 aa  171  3.9999999999999995e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4859  3-dehydroquinate dehydratase, type II  61.7 
 
 		 150 aa  167  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4399  3-dehydroquinate dehydratase  61.7 
 
 		 150 aa  167  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4902  3-dehydroquinate dehydratase  57.14 
 
 		 146 aa  167  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3425  3-dehydroquinate dehydratase  60.14 
 
 		 151 aa  167  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.112625  normal  0.0823 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0532  3-dehydroquinate dehydratase  60.84 
 
 		 150 aa  166  8e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.68766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0508  3-dehydroquinate dehydratase  60.84 
 
 		 150 aa  166  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3646  3-dehydroquinate dehydratase  59.15 
 
 		 149 aa  166  9e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231395 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0533  3-dehydroquinate dehydratase  60.14 
 
 		 151 aa  166  9e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0211  3-dehydroquinate dehydratase  57.34 
 
 		 149 aa  166  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.324309  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2778  3-dehydroquinate dehydratase  60.84 
 
 		 150 aa  166  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2628  3-dehydroquinate dehydratase  58.74 
 
 		 154 aa  166  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0575  3-dehydroquinate dehydratase  60.84 
 
 		 150 aa  165  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000460325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0620  3-dehydroquinate dehydratase  60.28 
 
 		 151 aa  165  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0159708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0123  3-dehydroquinate dehydratase  60.84 
 
 		 150 aa  165  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0606  3-dehydroquinate dehydratase  60.84 
 
 		 150 aa  165  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2785  3-dehydroquinate dehydratase  59.86 
 
 		 156 aa  164  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.995047 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5566  3-dehydroquinate dehydratase  58.74 
 
 		 147 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0370  3-dehydroquinate dehydratase  50.34 
 
 		 159 aa  164  2.9999999999999998e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03030  3-dehydroquinate dehydratase  57.86 
 
 		 148 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.343672  hitchhiker  0.0000797805 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64090  3-dehydroquinate dehydratase  58.74 
 
 		 147 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3500  3-dehydroquinate dehydratase  60.58 
 
 		 155 aa  164  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.651593 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1050  3-dehydroquinate dehydratase  53.28 
 
 		 147 aa  164  5e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000995076  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0662  3-dehydroquinate dehydratase  54.79 
 
 		 147 aa  164  5.9999999999999996e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0231  3-dehydroquinate dehydratase  55.94 
 
 		 149 aa  163  5.9999999999999996e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.447722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3205  3-dehydroquinate dehydratase  60.14 
 
 		 148 aa  163  6.9999999999999995e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0087334 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2283  3-dehydroquinate dehydratase  60.58 
 
 		 145 aa  163  8e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06970  3-dehydroquinate dehydratase  57.34 
 
 		 147 aa  162  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.554011  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1721  3-dehydroquinate dehydratase  51.41 
 
 		 145 aa  162  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04381  3-dehydroquinate dehydratase  50.7 
 
 		 145 aa  162  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0561971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2620  3-dehydroquinate dehydratase  58.45 
 
 		 155 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.535696 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3030  3-dehydroquinate dehydratase  61.19 
 
 		 155 aa  161  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2695  3-dehydroquinate dehydratase, type II  52.41 
 
 		 145 aa  161  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.800528 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2300  3-dehydroquinate dehydratase  54.86 
 
 		 148 aa  161  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.562117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2094  3-dehydroquinate dehydratase, type II  58.65 
 
 		 142 aa  161  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.641417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0599  3-dehydroquinate dehydratase  58.87 
 
 		 151 aa  160  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0605  3-dehydroquinate dehydratase  58.87 
 
 		 151 aa  160  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0678891 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0715  3-dehydroquinate dehydratase  59.57 
 
 		 148 aa  160  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1784  3-dehydroquinate dehydratase  55.94 
 
 		 147 aa  161  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.851396 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0290  3-dehydroquinate dehydratase, type II  50.69 
 
 		 160 aa  160  4.0000000000000004e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.347415  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0197  3-dehydroquinate dehydratase  52.67 
 
 		 153 aa  160  5.0000000000000005e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3940  3-dehydroquinate dehydratase  58.7 
 
 		 141 aa  160  5.0000000000000005e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000739911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0337  3-dehydroquinate dehydratase  55.32 
 
 		 146 aa  160  5.0000000000000005e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0376  3-dehydroquinate dehydratase  52.67 
 
 		 153 aa  160  5.0000000000000005e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.071732  normal  0.0167457 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0364  3-dehydroquinate dehydratase  51.11 
 
 		 159 aa  160  6e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0718569  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2272  3-dehydroquinate dehydratase  57.66 
 
 		 176 aa  160  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.156045  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0904  3-dehydroquinate dehydratase  56.94 
 
 		 176 aa  160  8.000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0560  3-dehydroquinate dehydratase  58.87 
 
 		 151 aa  159  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0908  3-dehydroquinate dehydratase  56.94 
 
 		 157 aa  159  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.286667  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3692  3-dehydroquinate dehydratase  54.55 
 
 		 150 aa  159  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.526895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0330  3-dehydroquinate dehydratase  55 
 
 		 148 aa  159  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7522  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4434  3-dehydroquinate dehydratase  56.52 
 
 		 145 aa  159  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.433738 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1913  3-dehydroquinate dehydratase  55.8 
 
 		 152 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.643127  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0546  3-dehydroquinate dehydratase  56.03 
 
 		 149 aa  158  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0768  3-dehydroquinate dehydratase  54.11 
 
 		 167 aa  158  2e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000317323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1551  3-dehydroquinate dehydratase  52.82 
 
 		 150 aa  158  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.961806  normal  0.25542 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4605  3-dehydroquinate dehydratase  57.45 
 
 		 150 aa  157  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.853087  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3689  3-dehydroquinate dehydratase  61.54 
 
 		 150 aa  157  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0570  3-dehydroquinate dehydratase  51.75 
 
 		 150 aa  157  5e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1505  3-dehydroquinate dehydratase  46.9 
 
 		 159 aa  157  5e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2407  3-dehydroquinate dehydratase  55 
 
 		 149 aa  157  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0668809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3288  3-dehydroquinate dehydratase  55 
 
 		 152 aa  157  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2834  3-dehydroquinate dehydratase  54.61 
 
 		 149 aa  156  8e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0506337  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0849  3-dehydroquinate dehydratase  52.94 
 
 		 142 aa  156  9e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00904578  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0845  3-dehydroquinate dehydratase, type II  56.34 
 
 		 145 aa  155  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.556565  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1094  3-dehydroquinate dehydratase  57.43 
 
 		 191 aa  155  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.280773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6025  3-dehydroquinate dehydratase  53.15 
 
 		 147 aa  156  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212804  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2041  3-dehydroquinate dehydratase  54.35 
 
 		 149 aa  156  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775923 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3392  3-dehydroquinate dehydratase  56.52 
 
 		 158 aa  156  1e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0813  3-dehydroquinate dehydratase  56.03 
 
 		 146 aa  155  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03007  3-dehydroquinate dehydratase  58.16 
 
 		 148 aa  155  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1028  3-dehydroquinate dehydratase  58.45 
 
 		 151 aa  155  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06130  3-dehydroquinate dehydratase, type II  51.75 
 
 		 148 aa  155  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3419  3-dehydroquinate dehydratase  50.35 
 
 		 151 aa  154  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0105986  normal  0.197082 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2864  3-dehydroquinate dehydratase  59.26 
 
 		 162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1924  3-dehydroquinate dehydratase  50.74 
 
 		 142 aa  154  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.132739  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>