More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1529 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1529  beta-lactamase  100 
 
 
381 aa  770    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.303701  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2687  beta-lactamase  97.11 
 
 
381 aa  726    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000287138 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1797  beta-lactamase  62.72 
 
 
391 aa  487  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0148599  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2047  hypothetical protein  59.69 
 
 
395 aa  436  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0829987  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0954  Beta-lactamase  61.38 
 
 
416 aa  395  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2487  beta-lactamase  56.27 
 
 
408 aa  367  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0714  beta-lactamase  51.89 
 
 
392 aa  362  6e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1790  beta-lactamase  51.59 
 
 
483 aa  332  8e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0797219 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2426  beta-lactamase  52.46 
 
 
459 aa  322  6e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00208801  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2615  hypothetical protein  44.17 
 
 
793 aa  259  5.0000000000000005e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.377093  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1830  beta-lactamase  41.64 
 
 
452 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.162579  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2172  beta-lactamase  40.17 
 
 
428 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.65714  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5607  hypothetical protein  39.72 
 
 
784 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1715  beta-lactamase  34.15 
 
 
528 aa  213  4.9999999999999996e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.102688  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1761  beta-lactamase  34.15 
 
 
528 aa  213  4.9999999999999996e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.775747  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1870  beta-lactamase  38.27 
 
 
390 aa  212  7e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0925  beta-lactamase  37.67 
 
 
966 aa  211  1e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1692  beta-lactamase  34 
 
 
531 aa  211  2e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.499627  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4406  hypothetical protein  38.35 
 
 
796 aa  206  6e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.343081  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4539  hypothetical protein  38.35 
 
 
796 aa  206  6e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00469106 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0477  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidease, putative  38.07 
 
 
385 aa  204  2e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.765713  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0660  beta-lactamase  36.04 
 
 
395 aa  196  7e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.775643  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6218  hypothetical protein  37.27 
 
 
792 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5870  hypothetical protein  37.19 
 
 
785 aa  194  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0925  beta-lactamase, putative  35.81 
 
 
790 aa  194  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1364  beta-lactamase  37.82 
 
 
574 aa  192  6e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.185265  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5895  beta-lactamase  31.38 
 
 
496 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2604  beta-lactamase  40.24 
 
 
354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.928872  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2255  beta-lactamase  34.53 
 
 
379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.234898  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0495  beta-lactamase  32.43 
 
 
471 aa  184  3e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.377352 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2113  beta-lactamase  31.89 
 
 
597 aa  182  1e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.226997 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1874  beta-lactamase  33.43 
 
 
379 aa  181  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00999528 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3257  beta-lactamase  36.04 
 
 
430 aa  179  4.999999999999999e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4206  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.51 
 
 
1018 aa  178  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35970  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  39.81 
 
 
582 aa  175  9e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796833  normal  0.223324 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1740  beta-lactamase  34.34 
 
 
379 aa  172  6.999999999999999e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0439  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidease, putative  34.53 
 
 
381 aa  172  1e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.737656  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2616  beta-lactamase  35.36 
 
 
366 aa  169  8e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.763267 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5392  Beta-N-acetylhexosaminidase  29.46 
 
 
953 aa  166  8e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0839  beta-lactamase  30.87 
 
 
1012 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0270  beta-lactamase  36.34 
 
 
717 aa  165  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0627  beta-lactamase  35.49 
 
 
566 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0301  beta-lactamase  36.34 
 
 
351 aa  158  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1697  beta-lactamase  31.58 
 
 
381 aa  157  3e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.570462  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0479  beta-lactamase  31.97 
 
 
603 aa  155  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000533746  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3117  beta-lactamase  34.8 
 
 
361 aa  154  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.577011  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4160  hypothetical protein  33.87 
 
 
818 aa  153  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000766166  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1439  hypothetical protein  27.92 
 
 
1007 aa  152  1e-35  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00938781 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1664  beta-lactamase  37.5 
 
 
348 aa  151  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.15284 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1366  beta-lactamase  37.37 
 
 
591 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.416084  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1238  beta-lactamase  33.74 
 
 
361 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0242548 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0471  beta-lactamase  29.74 
 
 
336 aa  147  3e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0591  beta-lactamase  32.46 
 
 
360 aa  146  5e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000780172  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4196  glycoside hydrolase family 3 domain protein  27.57 
 
 
1002 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.690171 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0013  b-glucosidase  27.25 
 
 
990 aa  142  9.999999999999999e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2585  hypothetical protein  30.38 
 
 
433 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2716  hypothetical protein  30.68 
 
 
434 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1231  beta-lactamase  30.68 
 
 
434 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11048  putative hydrolase/beta lactamase fusion protein  26.18 
 
 
971 aa  140  3e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.199531  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2566  hypothetical protein  30.68 
 
 
434 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1249  hypothetical protein  30.68 
 
 
434 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.303061 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3660  hypothetical protein  29.79 
 
 
434 aa  139  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2671  hypothetical protein  28.37 
 
 
432 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2844  hypothetical protein  28.37 
 
 
432 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2711  hypothetical protein  28.65 
 
 
432 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.27035  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1850  Beta-lactamase class C or other penicillin binding protein  32.29 
 
 
338 aa  138  1e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000532294  hitchhiker  0.000116253 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2622  hypothetical protein  29.7 
 
 
432 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2737  hypothetical protein  28.88 
 
 
432 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4819  glycoside hydrolase family 3 protein  28.49 
 
 
997 aa  136  5e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2362  beta-lactamase  34.13 
 
 
357 aa  136  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4515  beta-lactamase  32.55 
 
 
369 aa  136  6.0000000000000005e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.942067 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2708  beta-lactamase  27.12 
 
 
992 aa  135  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1543  beta-lactamase  28.84 
 
 
651 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3659  beta-lactamase  29.14 
 
 
374 aa  133  5e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0011  glycosy hydrolase family protein  25.84 
 
 
1003 aa  133  6e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.417282 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0383  Beta-lactamase class C related penicillin binding protein  33.1 
 
 
337 aa  130  3e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5693  beta-lactamase  34.43 
 
 
415 aa  129  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.21234  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1713  beta-lactamase  33.67 
 
 
347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2095  hypothetical protein  27.51 
 
 
484 aa  128  2.0000000000000002e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.187143  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4807  beta-lactamase  24.93 
 
 
434 aa  127  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0547  beta-lactamase  31.44 
 
 
375 aa  127  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.727644  normal  0.917223 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1251  Beta-lactamase class C related penicillin binding protein  29.95 
 
 
377 aa  125  1e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.00000000000135632  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  30.75 
 
 
414 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  33.88 
 
 
426 aa  122  8e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2194  beta-lactamase  34.83 
 
 
334 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.724545  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  31.33 
 
 
454 aa  120  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0444  beta-lactamase  26.22 
 
 
339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  30.43 
 
 
433 aa  113  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  30.33 
 
 
447 aa  113  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1201  beta-lactamase  25.34 
 
 
665 aa  113  6e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  29.41 
 
 
406 aa  113  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  31.03 
 
 
407 aa  112  9e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  27.94 
 
 
407 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1130  beta-lactamase  28.61 
 
 
355 aa  110  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  28.57 
 
 
402 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  32.98 
 
 
401 aa  108  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3511  beta-lactamase  30.21 
 
 
364 aa  107  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.700919  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  28.88 
 
 
423 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1483  glycoside hydrolase family 3 domain protein  26.98 
 
 
976 aa  106  7e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.430226  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  29.17 
 
 
411 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>