41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1499 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1499  TonB family protein  100 
 
 
281 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0204221  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2717  TonB family protein  94.66 
 
 
281 aa  485  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1173  TonB family protein  55.63 
 
 
282 aa  294  1e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.140977  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1158  TonB-like  52.56 
 
 
297 aa  265  5.999999999999999e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000294867  decreased coverage  0.0031097 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2801  TonB family protein  49.83 
 
 
282 aa  250  2e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0858  TonB-dependent receptor, putative  48.96 
 
 
293 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00190793  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2891  TonB family protein  49.47 
 
 
283 aa  223  2e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2541  periplasmic protein TonB  30.68 
 
 
272 aa  98.6  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.70786e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2720  TonB family protein  32.46 
 
 
419 aa  69.3  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2626  TonB family protein  32.46 
 
 
419 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1239  TonB-like protein  32.52 
 
 
431 aa  63.9  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.234262  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0369  TonB-like protein  23.33 
 
 
300 aa  57.8  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3765  TonB family protein  23.53 
 
 
288 aa  56.6  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2909  TonB family protein  26.06 
 
 
292 aa  56.2  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2576  TonB-like protein  24.27 
 
 
294 aa  50.1  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0854385 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3297  TonB family protein  26.47 
 
 
470 aa  48.5  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.158532  normal  0.575713 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2405  TonB family protein  25.33 
 
 
310 aa  48.9  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.591559  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0737  TonB family protein  22.71 
 
 
251 aa  47.8  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0401  TonB family protein  24.91 
 
 
298 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3328  TonB family protein  38.78 
 
 
252 aa  47.4  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.379143  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1027  TonB, C-terminal  29.73 
 
 
235 aa  47  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2937  TonB family protein  31.25 
 
 
411 aa  45.8  0.0008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.74836  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2507  TonB-like protein  29.55 
 
 
316 aa  45.8  0.0008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0183  TonB family protein  33.33 
 
 
251 aa  45.4  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.144886  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0936  TonB family protein  30.68 
 
 
283 aa  45.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2067  TonB family protein  25.42 
 
 
324 aa  45.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.207889  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3111  TonB, C-terminal  35.82 
 
 
174 aa  44.3  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3636  hypothetical protein  29.07 
 
 
294 aa  45.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1564  TonB family protein  26.92 
 
 
219 aa  44.7  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05300  TonB domain-containing protein  24.64 
 
 
319 aa  43.5  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0938  TonB-like  32.88 
 
 
286 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0506  hypothetical protein  24.09 
 
 
297 aa  43.5  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1845  TonB family protein  38.46 
 
 
268 aa  43.5  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2615  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like  39.58 
 
 
467 aa  43.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4324  TonB family protein  30.34 
 
 
286 aa  43.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.859131  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2420  TonB family protein  30.14 
 
 
285 aa  42.7  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3679  TonB family protein  24.59 
 
 
307 aa  43.1  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4168  TonB family protein  22.53 
 
 
268 aa  42.7  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3641  TonB-like  29.76 
 
 
251 aa  42.7  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4005  TonB family protein  38 
 
 
248 aa  42.7  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0789  TonB-like protein  36.73 
 
 
269 aa  42.4  0.009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000813282  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>