More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1480 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1480  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  100 
 
 		 145 aa  295  2e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1980  cytosine deaminase  78.62 
 
 		 145 aa  248  2e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.597926  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2381  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  80 
 
 		 145 aa  242  9.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4158  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  77.93 
 
 		 160 aa  240  3.9999999999999997e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3869  cytosine deaminase  77.08 
 
 		 145 aa  233  5.0000000000000005e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0725206  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3776  cytosine deaminase  73.61 
 
 		 145 aa  227  4e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.650074  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1602  cytosine deaminase  72.22 
 
 		 145 aa  225  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.574395  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0907  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  71.53 
 
 		 146 aa  223  9e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.459324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2506  cytosine deaminase  71.53 
 
 		 149 aa  220  4e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0043356  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1635  cytosine deaminase  66.67 
 
 		 145 aa  213  7e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.503034  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1483  Cytosine deaminase  69.66 
 
 		 146 aa  213  7e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1307  cytosine deaminase  71.03 
 
 		 145 aa  210  4.9999999999999996e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2798  cytosine deaminase  65.97 
 
 		 145 aa  206  7e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2881  cytosine deaminase  65.97 
 
 		 145 aa  206  8e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1397  cytosine deaminase  65.97 
 
 		 145 aa  206  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2556  cytosine deaminase  68.06 
 
 		 149 aa  205  2e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0117  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  65.97 
 
 		 145 aa  204  3e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.515188 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2977  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  65.28 
 
 		 145 aa  203  6e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1290  Cytosine deaminase  64.58 
 
 		 145 aa  202  9e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.589706 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3086  cytosine deaminase  64.58 
 
 		 145 aa  202  9e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3077  cytosine deaminase  64.58 
 
 		 145 aa  202  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3229  cytosine deaminase  64.58 
 
 		 145 aa  200  4e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1786  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  64.58 
 
 		 145 aa  201  4e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.315123  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1204  cytosine deaminase  64.58 
 
 		 145 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4144  cytosine deaminase  68.84 
 
 		 154 aa  199  1.9999999999999998e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1318  hypothetical protein  64.34 
 
 		 151 aa  197  3.9999999999999996e-50  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0051  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  61.11 
 
 		 146 aa  196  7e-50  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0677  cytosine deaminase  63.19 
 
 		 145 aa  196  7.999999999999999e-50  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1435  Cytosine deaminase  62.68 
 
 		 153 aa  196  1.0000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.317365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00990  cytosine/adenosine deaminase  64.79 
 
 		 175 aa  194  3e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0945  cytosine deaminase  66.43 
 
 		 177 aa  194  5.000000000000001e-49  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.353729  normal  0.610423 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78481  cytosine deaminase  63.83 
 
 		 150 aa  184  4e-46  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.701177  normal  0.798696 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0864  Cytosine deaminase  62.04 
 
 		 165 aa  181  4.0000000000000006e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1816  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.56 
 
 		 144 aa  171  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.468453  normal  0.80703 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1123  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.86 
 
 		 147 aa  171  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2973  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  54.17 
 
 		 274 aa  171  3.9999999999999995e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5742  Cytosine deaminase  54.17 
 
 		 144 aa  169  9e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1204  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.78 
 
 		 143 aa  167  3e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1414  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  56.94 
 
 		 143 aa  167  4e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.276842  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0498  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55 
 
 		 139 aa  163  9e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0144132 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0485  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55 
 
 		 139 aa  163  9e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4937  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  53.47 
 
 		 143 aa  161  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0889323 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0179  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.3 
 
 		 160 aa  160  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0892  cytosine deaminase  55.73 
 
 		 176 aa  153  7e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2579  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  53.9 
 
 		 146 aa  151  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3606  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.48 
 
 		 154 aa  151  4e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.241267  normal  0.539559 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3601  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein  52.48 
 
 		 154 aa  151  4e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00422327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3674  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.48 
 
 		 154 aa  151  4e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.411203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4055  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  51.06 
 
 		 164 aa  149  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2066  Cytosine deaminase  49.65 
 
 		 165 aa  144  4.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3461  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.65 
 
 		 150 aa  143  8.000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04267  cytosine deaminase  50.35 
 
 		 151 aa  141  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.205672  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05950  cytosine deaminase, putative  49.31 
 
 		 165 aa  139  9.999999999999999e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.275444  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0824  cytosine deaminase  55 
 
 		 140 aa  133  7.000000000000001e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.385917  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5409  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.38 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.210093  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1819  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein, putative  36.42 
 
 		 172 aa  90.1  8e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.0000174201  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0501  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  30 
 
 		 149 aa  89.7  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1229  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.88 
 
 		 156 aa  89.4  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0400  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  38.57 
 
 		 168 aa  88.6  3e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000750433  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  35.66 
 
 		 154 aa  87  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0738  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  38.85 
 
 		 150 aa  85.1  3e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3893  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.69 
 
 		 161 aa  84.3  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0645  tRNA-adenosine deaminase  38.36 
 
 		 167 aa  82.8  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.954109  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0031  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  32.89 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000369042  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0015  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  39.44 
 
 		 165 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4304  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.04 
 
 		 160 aa  82  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0110494  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0018  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.3 
 
 		 160 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000222669  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0013  hypothetical protein  33.81 
 
 		 151 aa  80.5  0.000000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000252281  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2264  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  45.26 
 
 		 181 aa  80.5  0.000000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000142338  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0014  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  34.29 
 
 		 156 aa  80.5  0.000000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.36 
 
 		 152 aa  79.7  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  36.11 
 
 		 166 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.736614  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3524  tRNA-adenosine deaminase  34.04 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3111  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.17 
 
 		 157 aa  79  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00240862  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0748  tRNA-specific adenosine deaminase  42.31 
 
 		 177 aa  79.3  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.860443  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2730  tRNA-specific adenosine deaminase  34.27 
 
 		 172 aa  78.2  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.635658  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2131  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  38.98 
 
 		 151 aa  78.6  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000198227  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4222  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.04 
 
 		 157 aa  78.6  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2946  tRNA-specific adenosine deaminase  33.79 
 
 		 172 aa  78.2  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2843  tRNA-specific adenosine deaminase  33.78 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2811  tRNA-specific adenosine deaminase  34.27 
 
 		 172 aa  78.2  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.221212  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02453  tRNA-specific adenosine deaminase  33.78 
 
 		 178 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0204  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  32.62 
 
 		 168 aa  77.8  0.00000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.938161  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2923  tRNA-specific adenosine deaminase  33.78 
 
 		 178 aa  77.8  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1118  tRNA-specific adenosine deaminase  33.78 
 
 		 167 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2712  tRNA-specific adenosine deaminase  33.78 
 
 		 178 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02417  hypothetical protein  33.78 
 
 		 178 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1109  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  34.25 
 
 		 167 aa  77.8  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1080  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  32.41 
 
 		 168 aa  77.8  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2996  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.99 
 
 		 174 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3793  tRNA-specific adenosine deaminase  34.25 
 
 		 167 aa  77.8  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2711  tRNA-specific adenosine deaminase  34.25 
 
 		 167 aa  77.8  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2834  tRNA-specific adenosine deaminase  34.93 
 
 		 172 aa  77.4  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.730135 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2771  tRNA-specific adenosine deaminase  34.93 
 
 		 172 aa  77.4  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2493  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  36.97 
 
 		 158 aa  76.6  0.00000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2502  tRNA-adenosine deaminase  33.1 
 
 		 161 aa  76.6  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211119  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0024  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  36.55 
 
 		 166 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000145543  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2773  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  32.65 
 
 		 164 aa  76.3  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0760  hypothetical protein  33.79 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000743067  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0017  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  32.17 
 
 		 151 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.484063  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>