288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1318 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1318  Radical SAM domain protein  100 
 
 
251 aa  513  1.0000000000000001e-145  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.11039  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2965  Radical SAM domain protein  94.02 
 
 
251 aa  485  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00267207 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2122  radical SAM domain-containing protein  56.8 
 
 
250 aa  306  2.0000000000000002e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1658  radical SAM family protein  58.13 
 
 
250 aa  304  7e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000021  normal  0.87771 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1721  radical SAM domain-containing protein  59.11 
 
 
250 aa  300  1e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0587139  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1642  organic radical activating enzymes  50.41 
 
 
253 aa  234  9e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000324047  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1846  Radical SAM domain protein  46.09 
 
 
254 aa  228  7e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.260546  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1785  radical SAM domain-containing protein  49.59 
 
 
249 aa  226  2e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1757  radical SAM domain-containing protein  46.18 
 
 
247 aa  215  5e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5205  Radical SAM domain protein  46.72 
 
 
268 aa  204  8e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0743  radical SAM family protein  46.72 
 
 
264 aa  202  4e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000550724  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2519  radical SAM domain-containing protein  45.38 
 
 
265 aa  196  4.0000000000000005e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0593  Radical SAM domain protein  42.51 
 
 
251 aa  187  1e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1234  radical SAM domain-containing protein  42.4 
 
 
246 aa  181  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0135  hypothetical protein  33.7 
 
 
258 aa  135  8e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1270  radical SAM family Fe-S protein  34.77 
 
 
238 aa  129  7.000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.53239  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1600  radical SAM domain-containing protein  31.08 
 
 
242 aa  98.6  7e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1090  radical SAM domain-containing protein  30.31 
 
 
242 aa  98.6  9e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0834  radical SAM domain-containing protein  28.52 
 
 
248 aa  98.6  9e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0123743  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0871  radical SAM domain-containing protein  30.68 
 
 
242 aa  98.6  9e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.142358  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1076  radical SAM domain-containing protein  31.35 
 
 
242 aa  98.2  1e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0037  radical SAM domain-containing protein  27.17 
 
 
237 aa  77  0.0000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1450  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
209 aa  75.1  0.0000000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2832  radical SAM family protein  28.91 
 
 
234 aa  70.9  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641503  normal  0.195448 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1687  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
208 aa  69.3  0.00000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1974  radical SAM domain-containing protein  29.76 
 
 
210 aa  68.9  0.00000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0267  radical SAM domain-containing protein  35.29 
 
 
202 aa  68.2  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.953431  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0196  Radical SAM domain protein  31.13 
 
 
225 aa  67  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00186135  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3107  radical SAM family protein  34.84 
 
 
210 aa  66.6  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0569  Radical SAM domain protein  30.74 
 
 
220 aa  66.2  0.0000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1950  Radical SAM domain protein  30.57 
 
 
253 aa  65.9  0.0000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0823  FO synthase subunit 2  33.79 
 
 
256 aa  64.7  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000364278  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0659  Radical SAM domain protein  28.81 
 
 
212 aa  64.7  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.815067  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0327  radical SAM domain-containing protein  37.12 
 
 
247 aa  64.7  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1066  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
238 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0862  radical SAM domain-containing protein  33.78 
 
 
231 aa  63.5  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1116  hypothetical protein  33.11 
 
 
205 aa  63.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1878  Radical SAM domain protein  35.54 
 
 
192 aa  63.5  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.315788  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1145  radical activating enzyme  33.11 
 
 
205 aa  63.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.723359 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0591  Radical SAM domain protein  34.68 
 
 
258 aa  63.2  0.000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1396  radical SAM domain protein  23.41 
 
 
238 aa  63.2  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0288655  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1258  radical SAM domain-containing protein  23.81 
 
 
238 aa  63.2  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.503914  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4183  radical SAM domain-containing protein  30.16 
 
 
235 aa  62  0.000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.0000810213  normal  0.603742 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1772  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  24.32 
 
 
244 aa  62  0.000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1392  Radical SAM domain protein  31.65 
 
 
274 aa  61.2  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0497  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
212 aa  61.6  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2061  radical SAM domain-containing protein  34.29 
 
 
222 aa  61.2  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1499  radical SAM domain protein  23.41 
 
 
238 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000307521  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3632  Radical SAM domain protein  28.33 
 
 
211 aa  61.6  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.597891 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2341  Radical SAM domain protein  34.62 
 
 
280 aa  61.2  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0642  radical SAM domain-containing protein  34.68 
 
 
216 aa  60.1  0.00000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3947  radical SAM domain protein  22.62 
 
 
238 aa  60.5  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0197707  normal  0.0210663 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1617  hypothetical protein  28.43 
 
 
202 aa  60.1  0.00000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1332  hypothetical protein  34.15 
 
 
206 aa  59.7  0.00000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3058  Radical SAM domain protein  31.54 
 
 
258 aa  59.7  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0734  radical SAM domain-containing protein  23.72 
 
 
237 aa  59.7  0.00000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0750  radical SAM domain-containing protein  23.72 
 
 
237 aa  59.7  0.00000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2209  radical SAM domain-containing protein  36.11 
 
 
202 aa  59.3  0.00000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1432  radical SAM domain protein  23.02 
 
 
238 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000180517 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2501  radical activating enzyme  32.84 
 
 
222 aa  58.2  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1259  radical SAM domain-containing protein  23.02 
 
 
238 aa  58.5  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1232  radical SAM domain-containing protein  23.02 
 
 
238 aa  58.2  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1234  radical SAM domain-containing protein  23.02 
 
 
238 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1943  Radical SAM domain protein  34.4 
 
 
260 aa  58.2  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.228441  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4050  radical SAM family protein  33.74 
 
 
212 aa  58.2  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1361  radical sam domain-containing protein  23.02 
 
 
238 aa  58.5  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.297058  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0514  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  31.09 
 
 
227 aa  58.5  0.0000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2236  organic radical activating protein  30.88 
 
 
205 aa  57.4  0.0000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2058  radical activating enzyme  32.09 
 
 
222 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00725057  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1917  radical activating enzyme  31.3 
 
 
222 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1155  phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase  37.69 
 
 
251 aa  57.8  0.0000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1460  radical SAM domain-containing protein  22.62 
 
 
238 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.387588  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1091  radical SAM domain-containing protein  31.97 
 
 
216 aa  57  0.0000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.598204 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21641  putative organic radical activating protein  30.6 
 
 
213 aa  57  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.321633 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2163  radical activating enzyme  30.53 
 
 
222 aa  57  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224373  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2162  radical activating enzyme  30.53 
 
 
222 aa  56.2  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.221208  normal  0.837279 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1292  putative organic radical activating protein  30.77 
 
 
213 aa  56.6  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2226  putative radical activating enzyme  28.74 
 
 
227 aa  56.6  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0896  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 
245 aa  56.6  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.116029 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0635  radical SAM domain-containing protein  24.7 
 
 
195 aa  56.2  0.0000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0779  Radical SAM domain protein  31.68 
 
 
223 aa  56.2  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.141038  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1753  radical SAM family protein  35.48 
 
 
251 aa  56.2  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.55771 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0896  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  24.71 
 
 
245 aa  56.2  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2116  radical activating enzyme  30.53 
 
 
222 aa  55.8  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.054229  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0736  radical activating enzyme  29.95 
 
 
244 aa  55.8  0.0000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.114676  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2599  organic radical activating protein  29.68 
 
 
205 aa  55.8  0.0000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.836809  normal  0.140596 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29591  putative organic radical activating protein  62.16 
 
 
226 aa  55.8  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0724  radical SAM family protein  29.95 
 
 
244 aa  55.8  0.0000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1959  radical SAM family protein  34.78 
 
 
235 aa  55.8  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0034  radical SAM domain-containing protein  32.03 
 
 
216 aa  55.8  0.0000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1855  radical activating enzyme  30.77 
 
 
222 aa  54.7  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.328449  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1319  Radical SAM domain protein  30.46 
 
 
210 aa  54.7  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2067  Radical SAM domain protein  33.98 
 
 
207 aa  54.7  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0974345  normal  0.133919 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0175  radical SAM domain-containing protein  28.27 
 
 
247 aa  54.7  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1985  radical SAM domain-containing protein  29.34 
 
 
215 aa  55.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6932  hypothetical protein  25.31 
 
 
209 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.465455 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0949  radical SAM domain-containing protein  30.07 
 
 
216 aa  54.3  0.000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00254529  hitchhiker  0.000124279 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18811  putative organic radical activating protein  29.25 
 
 
223 aa  54.3  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.409827  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2336  radical SAM family protein  29.13 
 
 
212 aa  53.9  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650219  normal  0.0607632 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1877  radical activating enzyme  32.06 
 
 
222 aa  53.9  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.460246  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>