52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1126 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1126  NHL repeat containing protein  100 
 
 		 302 aa  607  1e-173  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.330169  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1997  NHL repeat-containing protein  52.58 
 
 		 303 aa  308  6.999999999999999e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000426581  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2493  NHL repeat-containing protein  45.95 
 
 		 260 aa  248  8e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3066  NHL repeat-containing protein  44.82 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3259  NHL repeat containing protein  42.52 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3164  NHL repeat containing protein  45.05 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1838  NHL repeat-containing protein  37.68 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2630  PKD domain containing protein  24.45 
 
 		 930 aa  84.7  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.668358  decreased coverage  0.0001414 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1869  NHL repeat containing protein  24.61 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0423  NHL repeat containing protein  24.2 
 
 		 831 aa  74.7  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0378567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0416  hypothetical protein  25.45 
 
 		 346 aa  68.6  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0322809  normal  0.695963 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1389  periplasmic copper-binding  23.25 
 
 		 709 aa  67.8  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1167  hypothetical protein  22.48 
 
 		 588 aa  68.2  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.0121867 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0242  NHL repeat-containing protein  23.43 
 
 		 1146 aa  66.6  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00900908 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1474  NHL repeat containing protein  24.21 
 
 		 668 aa  66.2  0.0000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0914572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1345  NHL repeat containing protein  22.59 
 
 		 676 aa  66.2  0.0000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.871064 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3620  putative surface layer protein  23.7 
 
 		 752 aa  63.9  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0755  Carbohydrate binding family 6  22.01 
 
 		 627 aa  62.4  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.40711 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1273  NHL repeat containing protein  22.44 
 
 		 387 aa  61.2  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.349999  normal  0.851657 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2074  NHL repeat containing protein  24.09 
 
 		 522 aa  60.8  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.614793 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0293  NHL repeat-containing protein  23.87 
 
 		 1163 aa  59.7  0.00000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.368653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2369  NHL repeat containing protein  24.05 
 
 		 579 aa  58.9  0.00000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.547997 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1920  NHL repeat-containing protein  21.56 
 
 		 343 aa  57.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00542747  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1421  NHL repeat containing protein  24.31 
 
 		 930 aa  57.4  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.368909  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4004  ABC transporter related protein  23.91 
 
 		 639 aa  57  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.774502  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2631  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  25.23 
 
 		 343 aa  56.6  0.0000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.118189  hitchhiker  0.000564983 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1601  NHL repeat-containing protein  22.9 
 
 		 491 aa  56.2  0.0000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0447928  normal  0.136115 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2986  PA14 domain-containing protein  23.49 
 
 		 1293 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1869  NHL repeat-containing protein  23.95 
 
 		 353 aa  53.9  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0563587 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2897  NHL repeat-containing protein  21.53 
 
 		 363 aa  53.5  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.645365  normal  0.499228 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3159  NHL repeat containing protein  20.37 
 
 		 372 aa  52  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0258  NHL repeat-containing protein  28.85 
 
 		 343 aa  50.8  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3475  NHL repeat protein  35.94 
 
 		 1140 aa  49.7  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2981  NHL repeat containing protein  25.95 
 
 		 2296 aa  48.5  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0355  NHL repeat-containing protein  27.01 
 
 		 1030 aa  48.5  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.64892  normal  0.0641589 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3109  NHL repeat containing protein  27.84 
 
 		 355 aa  48.1  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0840  NHL repeat containing protein  22.88 
 
 		 390 aa  47.4  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0361513  normal  0.0920788 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4618  NHL repeat-containing protein  24.25 
 
 		 1026 aa  47  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1788  NHL repeat-containing protein  23.34 
 
 		 354 aa  46.2  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.565326  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2137  hypothetical protein  25.43 
 
 		 322 aa  46.2  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.982688 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13557  hypothetical protein  23.74 
 
 		 343 aa  46.2  0.0007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000762607 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0742  NHL repeat-containing protein  20.76 
 
 		 355 aa  45.8  0.0009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150031  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3225  NHL repeat-containing protein  23.08 
 
 		 365 aa  45.4  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2135  hypothetical protein  27.43 
 
 		 326 aa  45.8  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2158  NHL repeat-containing protein  23.55 
 
 		 1750 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2755  NHL repeat-containing protein  22.18 
 
 		 347 aa  45.4  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3865  NHL repeat-containing protein  23.15 
 
 		 1177 aa  45.1  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0477  NHL repeat-containing protein  21.03 
 
 		 525 aa  44.3  0.003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.176502 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1056  NHL repeat-containing protein  34.67 
 
 		 328 aa  43.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4088  serine/threonine protein kinase  24.19 
 
 		 850 aa  43.1  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.527089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1395  NHL repeat containing protein  22.19 
 
 		 391 aa  42.7  0.007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.597363 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4135  NHL repeat-containing protein  27.68 
 
 		 368 aa  42.7  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>