61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1123 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1123  hypothetical protein  100 
 
 		 613 aa  1233    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000290136  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1994  hypothetical protein  42.56 
 
 		 585 aa  436  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2496  hypothetical protein  37.02 
 
 		 571 aa  396  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3167  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  35.05 
 
 		 590 aa  347  5e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3069  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  34.78 
 
 		 587 aa  341  2e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3262  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  34.46 
 
 		 587 aa  336  5.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141372  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1835  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  31.63 
 
 		 584 aa  256  9e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3013  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.33 
 
 		 351 aa  58.5  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.517255  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1022  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.77 
 
 		 326 aa  57.8  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2020  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.47 
 
 		 270 aa  56.6  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0486856  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0511  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  31.58 
 
 		 623 aa  55.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.362206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0555  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  31.58 
 
 		 623 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0492  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  31.58 
 
 		 623 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.182771  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0501  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  31.58 
 
 		 623 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0861899 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0494  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  31.58 
 
 		 623 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1707  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  26.26 
 
 		 316 aa  54.3  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1943  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.1 
 
 		 331 aa  53.1  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1870  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.1 
 
 		 331 aa  53.1  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.628694  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3830  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.22 
 
 		 293 aa  52.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0141  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  26.74 
 
 		 310 aa  52  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000469336  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2329  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  26.52 
 
 		 320 aa  52  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2280  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.62 
 
 		 259 aa  51.6  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.178305 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1838  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.43 
 
 		 275 aa  51.6  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3588  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  26.35 
 
 		 300 aa  51.6  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000961276  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1392  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.95 
 
 		 264 aa  51.6  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.324906  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1920  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.12 
 
 		 259 aa  51.2  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0828208  normal  0.871832 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3539  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.39 
 
 		 293 aa  49.7  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0699  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.59 
 
 		 305 aa  49.3  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000032571  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0198  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  26.36 
 
 		 336 aa  49.3  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000154337 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1460  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.29 
 
 		 325 aa  48.9  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3548  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.21 
 
 		 323 aa  48.9  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000137747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2517  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.24 
 
 		 284 aa  48.1  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.657147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004040  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase PpiD  25.97 
 
 		 619 aa  48.1  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000192385  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0529  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.85 
 
 		 306 aa  47.8  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0512  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.65 
 
 		 316 aa  47.8  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.809225  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0016  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain-containing protein  26.83 
 
 		 313 aa  47  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000161985  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1023  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.28 
 
 		 259 aa  47  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.969048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2939  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.15 
 
 		 261 aa  47  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.483715  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1868  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.91 
 
 		 264 aa  46.6  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.232086 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2037  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain-containing protein  26.38 
 
 		 329 aa  47  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147855  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2985  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.39 
 
 		 620 aa  47  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0103  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.54 
 
 		 632 aa  46.6  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.199337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4875  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.77 
 
 		 342 aa  46.2  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163998  normal  0.150667 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0361  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain-containing protein  27.23 
 
 		 297 aa  46.2  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00808135  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0215  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.58 
 
 		 324 aa  46.2  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000367752  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0160  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.77 
 
 		 632 aa  45.8  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.981021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0300  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.88 
 
 		 305 aa  46.2  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.173321 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0015  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  26.2 
 
 		 329 aa  45.1  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0015  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  26.2 
 
 		 329 aa  45.1  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1050  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.05 
 
 		 649 aa  45.4  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.4901e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4470  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.27 
 
 		 317 aa  45.1  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4489  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.27 
 
 		 317 aa  45.1  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0253  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain-containing protein  25.3 
 
 		 248 aa  44.7  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2399  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.69 
 
 		 261 aa  44.7  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.110664  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3230  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  27.45 
 
 		 628 aa  44.3  0.006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3088  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  27.45 
 
 		 628 aa  44.3  0.006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  0.00000000000000103508  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1744  putative isomerase rotamase signal peptide protein  25.68 
 
 		 255 aa  44.3  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.608009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3049  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  27.81 
 
 		 628 aa  43.9  0.009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0375647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0255  hypothetical protein  25.84 
 
 		 328 aa  43.9  0.009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2598  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.42 
 
 		 279 aa  43.9  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4334  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.86 
 
 		 317 aa  43.5  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>