40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1115 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1115  hypothetical protein  100 
 
 
317 aa  633  1e-180  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.581052  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1988  hypothetical protein  41.5 
 
 
322 aa  253  3e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2505  NHL repeat-containing protein  36.13 
 
 
315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.990992  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3258  NHL repeat domain protein  31.91 
 
 
313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3065  NHL repeat-containing protein  32.16 
 
 
316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3163  NHL repeat domain protein  31.21 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1839  NHL repeat-containing protein  28.52 
 
 
304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.891916 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2630  PKD domain containing protein  25.1 
 
 
930 aa  59.3  0.00000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.668358  decreased coverage  0.0001414 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2755  NHL repeat-containing protein  29.31 
 
 
347 aa  58.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2897  NHL repeat-containing protein  24.86 
 
 
363 aa  58.2  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.645365  normal  0.499228 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0617  NHL repeat-containing protein  31.71 
 
 
361 aa  57  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0567002  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0423  NHL repeat containing protein  27.06 
 
 
831 aa  55.8  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0378567  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0416  hypothetical protein  24.66 
 
 
346 aa  55.5  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0322809  normal  0.695963 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3838  NHL repeat-containing protein  28.26 
 
 
360 aa  55.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000127539  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3225  NHL repeat-containing protein  27.43 
 
 
365 aa  53.1  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1167  hypothetical protein  32.29 
 
 
588 aa  52.8  0.000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.0121867 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1345  NHL repeat containing protein  26.97 
 
 
676 aa  52  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.871064 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0755  Carbohydrate binding family 6  28.7 
 
 
627 aa  51.2  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.40711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0923  NHL repeat-containing protein  34.29 
 
 
379 aa  50.4  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3109  NHL repeat containing protein  27.78 
 
 
355 aa  50.4  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4135  NHL repeat-containing protein  23.84 
 
 
368 aa  49.7  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3159  NHL repeat containing protein  32.97 
 
 
372 aa  49.7  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2135  hypothetical protein  22.95 
 
 
326 aa  49.7  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0258  NHL repeat-containing protein  27.38 
 
 
343 aa  48.5  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0556  NHL repeat-containing protein  24.79 
 
 
899 aa  48.5  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3162  NHL repeat containing protein  22.49 
 
 
395 aa  47.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2758  NHL repeat-containing protein  25.64 
 
 
396 aa  47.4  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1474  NHL repeat containing protein  29.76 
 
 
668 aa  47.4  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0914572  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2631  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24.03 
 
 
343 aa  47  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.118189  hitchhiker  0.000564983 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1389  periplasmic copper-binding  28.83 
 
 
709 aa  46.6  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0136597  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1869  NHL repeat-containing protein  28.57 
 
 
353 aa  46.2  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0563587 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1788  NHL repeat-containing protein  28.07 
 
 
354 aa  45.8  0.0009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.565326  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2137  hypothetical protein  25 
 
 
322 aa  45.8  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.982688 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1379  NHL repeat-containing protein  24.14 
 
 
319 aa  45.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0368543 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3222  NHL repeat-containing protein  27.33 
 
 
412 aa  44.7  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2369  NHL repeat containing protein  26.89 
 
 
579 aa  44.3  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.547997 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0742  NHL repeat-containing protein  28.16 
 
 
355 aa  43.5  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150031  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0293  NHL repeat-containing protein  23.46 
 
 
1163 aa  43.1  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.368653  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0746  NHL repeat-containing protein  25.17 
 
 
418 aa  43.1  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0357  NHL repeat containing protein  24.79 
 
 
700 aa  42.4  0.01  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.18335e-18  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>