More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1087 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1087  cytochrome b/b6 domain protein  100 
 
 
367 aa  739    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3174  Cytochrome b/b6 domain protein  98.37 
 
 
367 aa  728    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1923  cytochrome b/b6-like  72.21 
 
 
367 aa  556  1e-157  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.08033  normal  0.565515 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2380  cytochrome b/b6 domain-containing protein  71.66 
 
 
367 aa  543  1e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00314618  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1649  cytochrome b/b6  71.93 
 
 
367 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1454  Cytochrome b/b6 domain protein  39.67 
 
 
394 aa  258  2e-67  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000126052  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1139  Cytochrome b/b6 domain protein  38.07 
 
 
403 aa  255  1.0000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222795  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2218  Cytochrome b/b6 domain protein  38.02 
 
 
469 aa  249  4e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.905711  normal  0.211353 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0136  Cytochrome b/b6 domain  34.51 
 
 
466 aa  243  3e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.153935 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0750  Cytochrome b/b6 domain protein  38.35 
 
 
464 aa  243  5e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0241162  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1832  cytochrome B subunit of cytochrome bc1  36.96 
 
 
410 aa  239  4e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255708  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0822  cytochrome b/b6-like  37.03 
 
 
466 aa  239  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.887909  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5002  putative cytochrome b  37.28 
 
 
403 aa  238  9e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0257192  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2243  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.87 
 
 
425 aa  238  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0363232  normal  0.819807 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57560  putative cytochrome b  37.28 
 
 
403 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1208  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2210  cytochrome b/b6  37.9 
 
 
413 aa  238  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.226305  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0126  cytochrome b/b6 domain-containing protein  33.67 
 
 
466 aa  237  2e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469556  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0741  Cytochrome b/b6 domain protein  36.93 
 
 
418 aa  237  3e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1832  Cytochrome b/b6 domain protein  36.93 
 
 
418 aa  237  3e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.485298  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3700  cytochrome b/b6-like  36.86 
 
 
422 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0123315  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0702  cytochrome b/b6 domain-containing protein  38.24 
 
 
439 aa  236  5.0000000000000005e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0895628  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0298  cytochrome b/b6-like  37.76 
 
 
408 aa  235  9e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.349609  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1319  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b subunit  37.2 
 
 
416 aa  234  1.0000000000000001e-60  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1200  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b subunit  37.2 
 
 
416 aa  234  1.0000000000000001e-60  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2873  fused ubiquinol-cytochrome c reductase and cytochrome b/b6  35.12 
 
 
426 aa  235  1.0000000000000001e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00318002  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  36.59 
 
 
688 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  37.36 
 
 
690 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03380  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome B  36.55 
 
 
421 aa  233  3e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000214101  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0931  cytochrome b/b6 domain-containing protein  35.13 
 
 
467 aa  233  5e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  37.24 
 
 
688 aa  232  7.000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0544  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b subunit  36.93 
 
 
416 aa  232  7.000000000000001e-60  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0992  cytochrome b/b6-like  37.28 
 
 
410 aa  231  1e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.747252  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0850  cytochrome B  38.3 
 
 
466 aa  232  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.833768 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  36.5 
 
 
688 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0810  cytochrome b/b6, N-terminal:cytochrome b/b6, C-terminal  35.84 
 
 
433 aa  230  3e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000295618  hitchhiker  0.00000153677 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2108  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.72 
 
 
410 aa  230  3e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0919786  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  35.67 
 
 
689 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  35.96 
 
 
689 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  36.36 
 
 
687 aa  229  7e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0737  cytochrome b/b6  37.05 
 
 
428 aa  228  9e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.113656 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0357  cytochrome b/b6 domain-containing protein  36.04 
 
 
401 aa  228  1e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000177804  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2958  cytochrome b/b6 domain-containing protein  36.07 
 
 
424 aa  227  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449932  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0421  cytochrome b/b6 domain-containing protein  33.76 
 
 
460 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270463 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2665  cytochrome b/b6-like  33.76 
 
 
460 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.628042  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0442  cytochrome b/b6 domain-containing protein  33.76 
 
 
460 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2471  Cytochrome b/b6 domain  34.55 
 
 
430 aa  226  7e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0219916 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0369  cytochrome b/b6 domain-containing protein  33.5 
 
 
460 aa  225  7e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.723254 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2766  Cytochrome b/b6 domain  34.83 
 
 
430 aa  226  7e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.447139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2543  cytochrome b/b6 domain-containing protein  34.83 
 
 
430 aa  226  7e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.271762  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1815  pathogenicity island encoded protein: SPI3  36.39 
 
 
414 aa  225  8e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00139349  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0345  cytochrome b/b6 domain-containing protein  33.76 
 
 
459 aa  225  9e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0464  cytochrome b/b6 domain-containing protein  35.77 
 
 
428 aa  225  9e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524709  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0625  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  36.42 
 
 
410 aa  224  1e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.393492  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  35.73 
 
 
747 aa  225  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0155  cytochrome b/b6 domain-containing protein  36.44 
 
 
418 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1096  ubiquinol cytochrome c oxidoreductase, cytochrome b subunit  35.6 
 
 
414 aa  224  1e-57  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3540  cytochrome b/b6-like  33.5 
 
 
459 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1920  cytochrome B(N-)/b6/PetB subfamily protein  36.41 
 
 
414 aa  224  2e-57  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0521  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  37.98 
 
 
408 aa  224  2e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.518371  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0360  cytochrome b/b6 domain-containing protein  33.25 
 
 
460 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0523678  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1004  cytochrome b/b6-like  34.67 
 
 
414 aa  223  3e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00661303  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1584  cytochrome b/b6-like  37.33 
 
 
401 aa  223  3e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.385225  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2965  cytochrome b/b6-like  38.02 
 
 
466 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2759  hypothetical protein  38.1 
 
 
404 aa  222  6e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1421  cytochrome b, b6 subunit  37.05 
 
 
401 aa  222  9e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133027  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3543  Cytochrome b/b6 domain  33.42 
 
 
459 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.789963  normal  0.0181862 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0753  Cytochrome b/b6 domain protein  34.78 
 
 
473 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0415  putative cytochrome B subunit transmembrane protein  33.5 
 
 
459 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2632  hypothetical protein  37.8 
 
 
404 aa  221  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0925  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.35 
 
 
404 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1540  cytochrome b/b6 domain-containing protein  35.94 
 
 
426 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.309418  normal  0.652412 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1920  cytochrome b/b6-like  37.17 
 
 
404 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000165644  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3695  cytochrome b/b6 domain-containing protein  35.58 
 
 
472 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.721065  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2469  cytochrome b/b6 domain-containing protein  38.66 
 
 
410 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00715647  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004508  ubiquinol--cytochrome c reductase cytochrome B subunit  36.02 
 
 
421 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000136312  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2777  Cytochrome b/b6 domain  36.29 
 
 
426 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127052  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4691  cytochrome b/b6-like  36.66 
 
 
403 aa  220  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.49849  normal  0.0253809 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00884  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  35.54 
 
 
421 aa  220  3e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0511  cytochrome b/b6  36.84 
 
 
408 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000312335  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0714  cytochrome b/b6 domain-containing protein  38.34 
 
 
469 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.455479 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6797  cytochrome b/b6 domain-containing protein  35.67 
 
 
420 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0708619  normal  0.644393 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4531  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.35 
 
 
404 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610823  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3204  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit  36.11 
 
 
422 aa  219  5e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.545864  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4406  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.35 
 
 
404 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1318  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b  37.57 
 
 
403 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503431  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3934  cytochrome b/b6 domain-containing protein  38.98 
 
 
470 aa  219  7e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3649  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  38.46 
 
 
460 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3706  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  38.46 
 
 
460 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3041  Cytochrome b/b6 domain protein  36.23 
 
 
422 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.568197  normal  0.966888 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2697  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  38.46 
 
 
460 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1806  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  38.46 
 
 
460 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.557352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3674  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  38.46 
 
 
460 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.456535  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  35.67 
 
 
404 aa  218  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000623655  hitchhiker  0.00979374 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2976  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  38.46 
 
 
460 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.235665  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2747  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  38.46 
 
 
460 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.936741  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3257  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  38.46 
 
 
460 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0904  cytochrome b/b6 domain-containing protein  36.95 
 
 
403 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168662  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0363  cytochrome b/b6-like  38.01 
 
 
405 aa  218  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0402097  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0571  cytochrome b/b6 domain-containing protein  35.67 
 
 
404 aa  218  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000252718  normal  0.241378 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1403  Cytochrome b/b6 domain protein  36.65 
 
 
422 aa  217  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>