54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0790 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0790  hypothetical protein  100 
 
 		 460 aa  948    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2001  hypothetical protein  25.82 
 
 		 596 aa  93.2  8e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.021099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2109  Carbohydrate-binding family 9  24.19 
 
 		 1276 aa  81.6  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000203571  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.56 
 
 		 684 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.75 
 
 		 685 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0408  hypothetical protein  25.49 
 
 		 891 aa  75.1  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00193386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1063  glycoside hydrolase family 5  27.42 
 
 		 398 aa  73.6  0.000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0717  glycosyl hydrolase 53 protein  23.36 
 
 		 534 aa  70.5  0.00000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3938  hypothetical protein  23.36 
 
 		 604 aa  67.4  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4299  hypothetical protein  25.08 
 
 		 662 aa  67  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6399  glycoside hydrolase family 5  25.74 
 
 		 415 aa  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.337804 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1096  hypothetical protein  23.88 
 
 		 602 aa  66.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809293 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3039  hypothetical protein  26.52 
 
 		 803 aa  63.5  0.000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0719131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4606  hypothetical protein  23.62 
 
 		 584 aa  60.5  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000237555  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2529  Carbohydrate-binding family 9  23.53 
 
 		 1141 aa  58.9  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2598  hypothetical protein  25.09 
 
 		 340 aa  58.2  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0262823  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1040  hypothetical protein  24.81 
 
 		 614 aa  57.8  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3764  hypothetical protein  24.9 
 
 		 605 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2630  hypothetical protein  26.18 
 
 		 801 aa  55.5  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4282  Beta-xylosidase-like protein  22.18 
 
 		 444 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.296007  hitchhiker  0.00752766 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 		 680 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2394  hypothetical protein  23.02 
 
 		 600 aa  51.6  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.010377  normal  0.174901 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3535  hypothetical protein  22.92 
 
 		 596 aa  50.8  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3712  hypothetical protein  22.54 
 
 		 597 aa  49.7  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0239921  hitchhiker  0.00429012 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0356  hypothetical protein  21.07 
 
 		 369 aa  49.7  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000129825  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1557  Beta-galactosidase  38.36 
 
 		 649 aa  47.4  0.0005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.127402  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1623  Beta-galactosidase  38.36 
 
 		 649 aa  47.4  0.0005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.015305  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2530  glycoside hydrolase family 39  26.73 
 
 		 864 aa  46.6  0.0008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0080  glycoside hydrolase family 42 protein  26.52 
 
 		 715 aa  45.8  0.001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.0820956 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3268  Beta-xylosidase-like protein  20.51 
 
 		 444 aa  46.2  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.309548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35670  putative glycosyl hydrolase  23.15 
 
 		 442 aa  46.2  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000648928 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1260  hypothetical protein  23.79 
 
 		 310 aa  45.8  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533292 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3004  putative glycosyl hydrolase  23.15 
 
 		 442 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.088022  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3266  hypothetical protein  25.85 
 
 		 307 aa  45.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.771752 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2705  glycoside hydrolase family 39  23.86 
 
 		 503 aa  45.8  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1978  Xylan 1,4-beta-xylosidase  25.71 
 
 		 512 aa  45.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.727016  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0914  hypothetical protein  26.53 
 
 		 1086 aa  45.1  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.202389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1526  hypothetical protein  30.19 
 
 		 442 aa  44.7  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0086  hypothetical protein  30.19 
 
 		 442 aa  44.7  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1086  hypothetical protein  30.19 
 
 		 442 aa  44.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0187  glycoside hydrolase family 39  24.38 
 
 		 388 aa  44.7  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1246  hypothetical protein  30.19 
 
 		 442 aa  44.7  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2839  Beta-xylosidase  30.19 
 
 		 442 aa  44.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2688  putative cellulase  30.19 
 
 		 442 aa  44.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0102  hypothetical protein  30.19 
 
 		 442 aa  44.7  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1311  hypothetical protein  23.7 
 
 		 303 aa  44.3  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.549363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3881  hypothetical protein  22.38 
 
 		 325 aa  44.3  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1931  hypothetical protein  25.19 
 
 		 429 aa  43.5  0.007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00823138  normal  0.409118 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1259  glycoside hydrolase family 39  25.58 
 
 		 501 aa  43.9  0.007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0928  hypothetical protein  25 
 
 		 289 aa  43.5  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0925  hypothetical protein  25 
 
 		 289 aa  43.5  0.009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0675759  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0500  hypothetical protein  22.44 
 
 		 312 aa  43.1  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0877  hypothetical protein  24.88 
 
 		 294 aa  43.1  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.154511  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3306  glycoside hydrolase family protein  19.15 
 
 		 437 aa  43.5  0.009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00744164  normal  0.534122 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>