61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0758 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_3088  cytochrome c family protein  69.43 
 
 
454 aa  683    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0972  cytochrome c family protein  78.18 
 
 
459 aa  718    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.842285  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2201  cytochrome c family protein  72.57 
 
 
456 aa  709    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.826403  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1034  cytochrome c family protein  74.89 
 
 
459 aa  722    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0758  hypothetical protein  100 
 
 
461 aa  962    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0125209  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3130  hypothetical protein  79.87 
 
 
457 aa  780    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000612251  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1031  cytochrome c family protein  75.11 
 
 
459 aa  724    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0773  hypothetical protein  93.74 
 
 
463 aa  913    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2593  cytochrome c family protein  66.44 
 
 
458 aa  617  1e-175  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121764  normal  0.0613403 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0672  hypothetical protein  28.96 
 
 
469 aa  160  5e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.269151  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1588  cytochrome c, putative  30.32 
 
 
474 aa  157  4e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.290166  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1719  cytochrome c, putative  30.91 
 
 
464 aa  151  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.668861  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2299  cytochrome c family protein  28.72 
 
 
482 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00176579  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0860  cytochrome c, putative  30.91 
 
 
474 aa  143  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0514  cytochrome c, putative  29.46 
 
 
468 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.829672  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3180  cytochrome c, putative  30.56 
 
 
471 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1177  cytochrome c family protein  29.32 
 
 
483 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.156142  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3690  cytochrome c, putative  29.3 
 
 
462 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3556  cytochrome c, putative  29.32 
 
 
464 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205085  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0482  cytochrome c, putative  29.07 
 
 
462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4144  cytochrome c, putative  28.89 
 
 
461 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0477  cytochrome c, putative  29.07 
 
 
462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0458  cytochrome c, putative  28.45 
 
 
462 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0439  cytochrome c, putative  28.48 
 
 
462 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1764  cytochrome c family protein  28.78 
 
 
488 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.104352  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3513  cytochrome c, putative  28.48 
 
 
462 aa  127  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1467  hypothetical protein  24.79 
 
 
715 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3048  hypothetical protein  24.35 
 
 
630 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1468  hypothetical protein  24.57 
 
 
793 aa  120  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2160  cytochrome c family protein  26.67 
 
 
535 aa  119  9e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0774  cytochrome c family protein  27.29 
 
 
485 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0877  cytochrome c family protein  28.27 
 
 
551 aa  117  6e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0155684  normal  0.0847059 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2147  cytochrome c, putative  29.14 
 
 
467 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2426  cytochrome c family protein  27.27 
 
 
535 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1197  cytochrome c family protein  26.02 
 
 
524 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0772  hypothetical protein  24.12 
 
 
565 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.613527  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4060  cytochrome c, putative  28.79 
 
 
467 aa  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0376  cytochrome c family protein  28.31 
 
 
539 aa  107  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1181  hypothetical protein  25.9 
 
 
576 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.173065 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3635  cytochrome c family protein  27.2 
 
 
538 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.627194  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3005  cytochrome c family protein  28.06 
 
 
567 aa  104  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000166322  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0242  cytochrome c family protein  26.65 
 
 
542 aa  104  4e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.587996  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0090  cytochrome c family protein  27 
 
 
550 aa  103  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.424796  unclonable  0.0000109352 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0167  cytochrome c family protein  26.61 
 
 
557 aa  102  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.333474  normal  0.1597 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1392  cytochrome c family protein  26.27 
 
 
541 aa  102  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.791817  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2104  cytochrome c family protein  27.29 
 
 
535 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3749  hypothetical protein  25.37 
 
 
605 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1724  hypothetical protein  27.62 
 
 
604 aa  101  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2064  cytochrome c family protein  26.82 
 
 
535 aa  100  5e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1694  cytochrome c family protein  25.88 
 
 
564 aa  96.3  9e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3142  cytochrome c family protein  25.65 
 
 
506 aa  96.3  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.144797  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1963  cytochrome c family protein  27.29 
 
 
535 aa  95.5  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0245896  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0149  cytochrome c family protein  23.69 
 
 
555 aa  89.4  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2184  hypothetical protein  25.2 
 
 
587 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.287741  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3190  hypothetical protein  24.16 
 
 
777 aa  56.2  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.250206  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.15 
 
 
696 aa  56.2  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3284  hypothetical protein  23.38 
 
 
777 aa  54.3  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.374959  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3090  hypothetical protein  32.62 
 
 
780 aa  51.6  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0732666  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2825  cytochrome c family protein  28.8 
 
 
625 aa  49.7  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0166029  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2006  cytochrome c family protein  24.29 
 
 
623 aa  47.4  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.695915  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2216  cytochrome c family protein  25.84 
 
 
623 aa  45.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000696852 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>