More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0617 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0617  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
139 aa  275  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000439972  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
139 aa  275  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  4.19152e-36 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0715  TraR/DksA family transcriptional regulator  84.89 
 
 
139 aa  220  6e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000696876  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  71.53 
 
 
218 aa  202  9e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3206  dnaK suppressor protein, putative  74.82 
 
 
139 aa  194  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000255465  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3095  TraR/DksA family transcriptional regulator  77.94 
 
 
145 aa  193  8.000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000335768  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3204  TraR/DksA family transcriptional regulator  72.66 
 
 
139 aa  190  7e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.15399e-17  unclonable  7.046940000000001e-24 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  40.91 
 
 
119 aa  81.3  0.000000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.95 
 
 
120 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.87 
 
 
118 aa  77.4  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.87 
 
 
118 aa  77.4  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.35 
 
 
118 aa  77.4  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  37.5 
 
 
127 aa  77  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  39.45 
 
 
117 aa  76.6  0.0000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.05 
 
 
120 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
120 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.29 
 
 
207 aa  73.6  0.0000000000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.87 
 
 
145 aa  73.6  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.35 
 
 
158 aa  73.2  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.35 
 
 
118 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.78 
 
 
144 aa  71.6  0.000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.24 
 
 
120 aa  71.2  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
132 aa  70.9  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.39 
 
 
118 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  40.54 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  40.17 
 
 
145 aa  70.5  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  40.78 
 
 
148 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  40.78 
 
 
148 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.13 
 
 
120 aa  70.1  0.000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.13 
 
 
120 aa  70.1  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.13 
 
 
120 aa  70.1  0.000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  40 
 
 
118 aa  69.3  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.64 
 
 
138 aa  69.7  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.67 
 
 
120 aa  69.7  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.64 
 
 
142 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  39.81 
 
 
143 aa  69.3  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.26 
 
 
120 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.74 
 
 
148 aa  68.6  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  39.64 
 
 
136 aa  68.6  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.74 
 
 
140 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.22 
 
 
138 aa  68.6  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.38 
 
 
137 aa  68.6  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  36.75 
 
 
118 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.16 
 
 
155 aa  67.8  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.53 
 
 
138 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  37.04 
 
 
146 aa  67.4  0.00000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  37.14 
 
 
145 aa  67.8  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.64 
 
 
138 aa  67.4  0.00000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.24 
 
 
152 aa  67.4  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  37.84 
 
 
138 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
146 aa  67.4  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.2 
 
 
139 aa  67  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  39.2 
 
 
139 aa  67  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.04 
 
 
146 aa  67  0.00000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.3 
 
 
146 aa  66.2  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  33 
 
 
130 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0969  dnaK suppressor protein  38.53 
 
 
146 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0480379  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0835  hypothetical protein  38.53 
 
 
146 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111035 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.25 
 
 
138 aa  66.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.96 
 
 
144 aa  66.2  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.45 
 
 
153 aa  66.2  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.33 
 
 
142 aa  66.6  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  36.7 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.73 
 
 
130 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.29 
 
 
120 aa  65.9  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.27 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.54 
 
 
222 aa  65.1  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  36.27 
 
 
138 aa  65.1  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.74 
 
 
154 aa  65.1  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.11 
 
 
151 aa  65.1  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.74 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  38.74 
 
 
154 aa  65.1  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.64 
 
 
138 aa  65.5  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.45 
 
 
118 aa  64.7  0.0000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.88 
 
 
114 aa  64.7  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.27 
 
 
159 aa  64.7  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.69 
 
 
130 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4804  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.39 
 
 
147 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178238  hitchhiker  0.00624661 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  36.27 
 
 
146 aa  64.3  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.28 
 
 
145 aa  64.7  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
118 aa  63.9  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.73 
 
 
130 aa  63.9  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.8 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.8 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.54 
 
 
149 aa  63.5  0.0000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.25 
 
 
139 aa  63.5  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  41.41 
 
 
157 aa  63.5  0.0000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
118 aa  63.5  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.51 
 
 
150 aa  62.8  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  40.74 
 
 
119 aa  63.2  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  28.83 
 
 
118 aa  63.2  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.14 
 
 
144 aa  62.8  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.29 
 
 
139 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
118 aa  62  0.000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  36.94 
 
 
134 aa  62.8  0.000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.05 
 
 
139 aa  62.4  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.68 
 
 
124 aa  62.4  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.31 
 
 
139 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.49 
 
 
258 aa  62  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.35 
 
 
122 aa  62.8  0.000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>