81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0579 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0579  protein of unknown function UPF0153  100 
 
 		 76 aa  156  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000485137  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0592  protein of unknown function UPF0153  94.74 
 
 		 76 aa  149  8.999999999999999e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00030944 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2457  hypothetical protein  70.67 
 
 		 75 aa  110  9e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.574225  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2777  hypothetical protein  65.33 
 
 		 78 aa  104  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0388254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0636  hypothetical protein  62.67 
 
 		 77 aa  92.8  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0207413  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0219  protein of unknown function UPF0153  52.63 
 
 		 114 aa  81.3  0.000000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.162124 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0119  hypothetical protein  46.88 
 
 		 99 aa  59.3  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.226036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3767  hypothetical protein  47.27 
 
 		 84 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.193087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2510  hypothetical protein  45.9 
 
 		 83 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0872529  normal  0.87408 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2002  hypothetical protein  36.05 
 
 		 85 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.786219  normal  0.232569 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4195  hypothetical protein  45 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0876839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1658  hypothetical protein  45 
 
 		 84 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2192  hypothetical protein  43.75 
 
 		 85 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.583182  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1510  hypothetical protein  44.78 
 
 		 109 aa  48.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0423377  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44090  putative Fe-S-cluster oxidoreductase  46.88 
 
 		 84 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3749  Fe-S-cluster domain-containing protein  46.67 
 
 		 134 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262405  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4110  hypothetical protein  46.67 
 
 		 84 aa  47  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3094  hypothetical protein  44.78 
 
 		 109 aa  47  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0575  hypothetical protein  38.27 
 
 		 83 aa  47  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000579653  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2040  hypothetical protein  44.78 
 
 		 110 aa  47  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3059  hypothetical protein  44.78 
 
 		 109 aa  47  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0740  hypothetical protein  44.78 
 
 		 110 aa  47  0.00009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3121  proteinase inhibitor  44.64 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2170  hypothetical protein  44.78 
 
 		 109 aa  47  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.298759  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2573  hypothetical protein  44.78 
 
 		 109 aa  47  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4475  hypothetical protein  43.75 
 
 		 83 aa  45.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000150782  decreased coverage  0.00000000228641 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2428  protein of unknown function UPF0153  46.15 
 
 		 84 aa  46.2  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3519  hypothetical protein  43.33 
 
 		 84 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3912  hypothetical protein  48.08 
 
 		 79 aa  45.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29830  hypothetical protein  41.67 
 
 		 83 aa  45.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4882  hypothetical protein  40.3 
 
 		 83 aa  45.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2450  protein YeiW  45.31 
 
 		 84 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0381641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0356  hypothetical protein  46.67 
 
 		 84 aa  44.3  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0447585 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2775  hypothetical protein  44.83 
 
 		 84 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3235  hypothetical protein  48.15 
 
 		 84 aa  44.3  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000204615 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2696  hypothetical protein  44.83 
 
 		 84 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4337  hypothetical protein  42.37 
 
 		 84 aa  43.9  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.306758  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2359  protein YeiW  45.31 
 
 		 92 aa  43.9  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000642497  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2404  hypothetical protein  40.24 
 
 		 84 aa  43.9  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  hitchhiker  0.0000312382 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0044  hypothetical protein  44.07 
 
 		 83 aa  43.9  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0042  protein of unknown function UPF0153  42.37 
 
 		 84 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000233524 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2707  hypothetical protein  40 
 
 		 99 aa  43.5  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0038  hypothetical protein  42.37 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.304383  hitchhiker  0.00246061 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0038  hypothetical protein  42.37 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3252  hypothetical protein  43.48 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1650  hypothetical protein  43.75 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0564934  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0040  hypothetical protein  42.37 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.140935  hitchhiker  0.000251454 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0272  hypothetical protein  37.8 
 
 		 93 aa  43.5  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0035  hypothetical protein  44.23 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.80121  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3121  protein of unknown function UPF0153  45.28 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0897  hypothetical protein  41.3 
 
 		 138 aa  42.7  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0194546 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0046  hypothetical protein  42.37 
 
 		 84 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000739222 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0915  hypothetical protein  45.9 
 
 		 105 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.558225  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1932  hypothetical protein  43.86 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0378  protein of unknown function UPF0153  39.13 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0436  hypothetical protein  45.9 
 
 		 105 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.452885  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0885  hypothetical protein  45.9 
 
 		 105 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.488999 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2041  hypothetical protein  36.36 
 
 		 83 aa  42.4  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0792  hypothetical protein  46.3 
 
 		 105 aa  41.6  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4019  hypothetical protein  45.9 
 
 		 122 aa  42  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.561383 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3747  protein of unknown function UPF0153  45.31 
 
 		 86 aa  42  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0353  protein of unknown function UPF0153  39.19 
 
 		 85 aa  42  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0115675  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3703  hypothetical protein  43.75 
 
 		 83 aa  42  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0024  hypothetical protein  45.76 
 
 		 111 aa  41.2  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.643879 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1006  hypothetical protein  35.62 
 
 		 83 aa  41.6  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2476  hypothetical protein  45.45 
 
 		 98 aa  41.6  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0856  hypothetical protein  44.44 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0603  hypothetical protein  42.11 
 
 		 98 aa  41.6  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0649  protein of unknown function UPF0153  40.3 
 
 		 85 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572845  normal  0.0906583 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0365  hypothetical protein  42.55 
 
 		 173 aa  41.2  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.759593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0608  protein of unknown function UPF0153  40.3 
 
 		 85 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00802731  normal  0.548911 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0043  protein of unknown function UPF0153  45.76 
 
 		 88 aa  40.8  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.526455  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0049  hypothetical protein  44.07 
 
 		 87 aa  40.8  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0055  hypothetical protein  40.28 
 
 		 83 aa  40.8  0.007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0585048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1921  protein of unknown function UPF0153  42.19 
 
 		 84 aa  40.4  0.008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00522326  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0755  hypothetical protein  38.18 
 
 		 95 aa  40.4  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2091  protein of unknown function UPF0153  42.62 
 
 		 83 aa  40.4  0.008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0939789  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2765  hypothetical protein  42.37 
 
 		 84 aa  40.4  0.008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.443935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4222  hypothetical protein  40.68 
 
 		 84 aa  40.4  0.009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2301  hypothetical protein  40.43 
 
 		 138 aa  40  0.01  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.708032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4025  hypothetical protein  40.62 
 
 		 83 aa  40  0.01  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.90654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>