More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0448 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0448  peptidase M48 Ste24p  100 
 
 
292 aa  603  9.999999999999999e-173  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0464  peptidase M48 Ste24p  94.18 
 
 
292 aa  573  1.0000000000000001e-162  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.115654 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0989  peptidase M48 Ste24p  37.1 
 
 
270 aa  159  8e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.168656  hitchhiker  0.00764497 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0982  TPR repeat-containing Zn-dependent protease  39.13 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.165427  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3623  TPR repeat-containing Zn-dependent protease  32 
 
 
294 aa  145  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.619094  normal  0.846236 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2381  peptidase M48, Ste24p  31.7 
 
 
307 aa  139  7e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0670  peptidase M48, Ste24p  35.06 
 
 
288 aa  135  8e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00234542  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5784  putative lipoprotein  38.18 
 
 
479 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66690  putative protease  38.18 
 
 
479 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0581  peptidase M48 Ste24p  33.91 
 
 
424 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0013814  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0867  peptidase M48, Ste24p  32.6 
 
 
427 aa  123  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1212  Zn-dependent protease, putative  35.2 
 
 
436 aa  123  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776404  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0985  peptidase M48, Ste24p  35.09 
 
 
489 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.932429  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3390  peptidase M48 Ste24p  30.77 
 
 
268 aa  122  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000240796  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1887  peptidase M48, Ste24p  36.96 
 
 
315 aa  122  8e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1046  peptidase M48 Ste24p  37.7 
 
 
489 aa  122  8e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.615139  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1212  peptidase M48  37.77 
 
 
285 aa  122  9.999999999999999e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0539  peptidase M48, Ste24p  38.07 
 
 
478 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1042  peptidase M48 Ste24p  36.79 
 
 
489 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2567  peptidase M48, Ste24p  35.94 
 
 
392 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1437  M48 family peptidase  30.71 
 
 
264 aa  120  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.142211  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4877  peptidase M48 Ste24p  34.87 
 
 
492 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0856  peptidase M48 Ste24p  31.09 
 
 
268 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0617  peptidase M48, Ste24p  38.25 
 
 
479 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0368474  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1307  hypothetical protein  30.94 
 
 
490 aa  117  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.31128  normal  0.470451 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1904  peptidase M48, Ste24p  37.84 
 
 
493 aa  117  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.429469  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0821  peptidase M48, Ste24p  34.18 
 
 
432 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.371859  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3748  regulatory protein, ArsR  33.78 
 
 
423 aa  115  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1260  hypothetical protein  38.78 
 
 
275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.617614  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2250  peptidase M48, Ste24p  36.61 
 
 
284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.581419  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0123  putative exported peptidase  31.34 
 
 
479 aa  113  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3305  peptidase M48, Ste24p  34.03 
 
 
278 aa  112  5e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.137005  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1692  peptidase M48 Ste24p  33.67 
 
 
504 aa  112  7.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.147911 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0123  peptidase M48 Ste24p  32.13 
 
 
279 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0120  peptidase M48 Ste24p  32.13 
 
 
279 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0733637 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0040  hypothetical protein  34.67 
 
 
513 aa  112  8.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.257159 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0410  M48 family peptidase  32.08 
 
 
288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000410475  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4358  peptidase M48 Ste24p  32.54 
 
 
282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2749  peptidase M48 Ste24p  36.87 
 
 
494 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.114888  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1099  peptidase M48, Ste24p  31.38 
 
 
365 aa  108  8.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000343868  hitchhiker  0.000201004 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0402  peptidase M48, Ste24p  34.04 
 
 
529 aa  107  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1238  peptidase M48, Ste24p  30.04 
 
 
278 aa  107  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0665176  normal  0.164191 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3882  peptidase M48, Ste24p  32.75 
 
 
340 aa  107  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1755  peptidase M48 Ste24p  37.22 
 
 
493 aa  105  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.593402 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3647  peptidase M48, Ste24p  29.52 
 
 
480 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00143596  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4160  peptidase M48 Ste24p  30.93 
 
 
489 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0504491  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2828  peptidase M48 Ste24p  32.35 
 
 
284 aa  103  4e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1050  peptidase M48, Ste24p  32.48 
 
 
424 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2092  peptidase M48 Ste24p  30.7 
 
 
280 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3078  peptidase M48 Ste24p  31.96 
 
 
266 aa  100  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000470092  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3171  peptidase M48 Ste24p  32.24 
 
 
445 aa  100  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2972  peptidase M48 Ste24p  32.8 
 
 
447 aa  99  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.297503  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3404  peptidase M48 Ste24p  34.65 
 
 
269 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000146898  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2967  peptidase M48, Ste24p  28.2 
 
 
453 aa  97.4  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.913599 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3308  peptidase M48 Ste24p  35.18 
 
 
269 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000556254  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3529  peptidase M48 Ste24p  34.65 
 
 
269 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000517295  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1048  peptidase M48 Ste24p  34.65 
 
 
269 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000265758  hitchhiker  0.000000297579 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1052  M48 family peptidase  29.57 
 
 
270 aa  96.7  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3332  peptidase M48, Ste24p  31 
 
 
268 aa  96.3  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.835171  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3407  peptidase M48, Ste24p  34.04 
 
 
266 aa  96.3  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.029445  hitchhiker  0.000231655 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1137  hypothetical protein  34.83 
 
 
269 aa  95.9  7e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4327  peptidase M48 Ste24p  28.26 
 
 
286 aa  95.9  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1356  peptidase M48 Ste24p  30.14 
 
 
524 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.107911  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2068  peptidase M48 Ste24p  30.98 
 
 
320 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3127  M48 family peptidase  30.14 
 
 
494 aa  95.1  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000135694  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0829  peptidase M48 Ste24p  31.47 
 
 
351 aa  95.5  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1239  M48 family peptidase  30.14 
 
 
494 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000273921  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1795  peptidase M48, Ste24p  34.2 
 
 
513 aa  94  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2483  peptidase M48, Ste24p  30.1 
 
 
500 aa  93.6  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0246  peptidase M48, Ste24p  31.43 
 
 
442 aa  92.8  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0992  peptidase M48, Ste24p  31.14 
 
 
272 aa  92.8  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000166595  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2507  hypothetical protein  34.48 
 
 
266 aa  92.8  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00984533  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3581  peptidase M48 Ste24p  32.86 
 
 
266 aa  92.4  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000704965  normal  0.319279 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0964  peptidase M48, Ste24p  33.33 
 
 
269 aa  92.8  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00161877  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1069  peptidase M48 Ste24p  32.67 
 
 
488 aa  92.4  7e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1000  peptidase M48, Ste24p  33.33 
 
 
269 aa  92.4  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00216639  normal  0.966911 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2075  peptidase M48 Ste24p  29.41 
 
 
554 aa  92  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2222  peptidase M48 Ste24p  30.8 
 
 
445 aa  91.7  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3262  peptidase M48, Ste24p  29.23 
 
 
480 aa  92  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.742551  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2842  peptidase M48, Ste24p  33.5 
 
 
262 aa  91.3  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000706614  normal  0.0604809 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0962  peptidase M48, Ste24p  33.33 
 
 
269 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00197465  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0972  peptidase M48, Ste24p  31.4 
 
 
268 aa  91.3  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310302  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3517  peptidase M48 Ste24p  29.13 
 
 
487 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000725556  normal  0.963067 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2164  protease  29.41 
 
 
568 aa  90.5  3e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2756  peptidase M48, Ste24p  32.5 
 
 
354 aa  90.5  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.114844  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5285  peptidase M48 Ste24p  31 
 
 
524 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.227088 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000181  Zn-dependent protease with chaperone function  29.44 
 
 
262 aa  90.1  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.787256  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3503  peptidase M48 Ste24p  33.16 
 
 
478 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.239909 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5912  peptidase M48 Ste24p  31 
 
 
493 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0135228  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03289  Zn-dependent protease with chaperone function  31.4 
 
 
255 aa  89.7  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3303  peptidase M48 Ste24p  33.16 
 
 
487 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.433705 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3626  peptidase M48 Ste24p  33.16 
 
 
500 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.679206  normal  0.283809 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0487  peptidase M48, Ste24p  27.09 
 
 
605 aa  89.4  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0628  peptidase M48 Ste24p  29.36 
 
 
480 aa  89  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.173678 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2619  peptidase M48, Ste24p  30.56 
 
 
484 aa  88.6  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2943  peptidase M48, Ste24p  32.67 
 
 
269 aa  88.2  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0341999  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0258  peptidase M48, Ste24p  34.9 
 
 
352 aa  88.6  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00863149  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1555  peptidase M48, Ste24p  33.16 
 
 
481 aa  88.6  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1330  hypothetical protein  27.32 
 
 
473 aa  88.2  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.643696  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35380  Peptidase, M48 family  33.92 
 
 
411 aa  87.8  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>