24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0329 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0329  hypothetical protein  100 
 
 
417 aa  858    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1658  adenine-specific DNA methylase  28.33 
 
 
416 aa  144  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000448906  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0931  adenine-specific DNA methylase  28.84 
 
 
412 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.316794  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0843  Site-specific DNA-methyltransferase (cytosine- N(4)-specific)  27.61 
 
 
412 aa  122  9.999999999999999e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140978  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1303  adenine-specific DNA methylase  27.6 
 
 
418 aa  100  5e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404813  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2226  hypothetical protein  27.38 
 
 
467 aa  92  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.113996  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3603  adenine-specific DNA methylase  25.52 
 
 
453 aa  81.3  0.00000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2251  hypothetical protein  24.74 
 
 
393 aa  79.7  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1242  modification methylase  24.83 
 
 
441 aa  67.8  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00503065  hitchhiker  0.00000000592753 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3799  putative RNA methylase  28.93 
 
 
393 aa  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1456  putative RNA methylase  24.15 
 
 
463 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.270738 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3939  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35 
 
 
633 aa  61.2  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4038  putative RNA methylase  22.84 
 
 
483 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846703 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0958  hypothetical protein  22.36 
 
 
408 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00607753 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4009  hypothetical protein  25.37 
 
 
512 aa  50.4  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000517991  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0227  adenine-specific DNA modification methyltransferase  20.75 
 
 
877 aa  49.3  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0765559  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0068  hypothetical protein  24.56 
 
 
464 aa  48.5  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00010049  hitchhiker  0.00158155 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4077  hypothetical protein  28.57 
 
 
614 aa  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.180847  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6814  hypothetical protein  24.44 
 
 
433 aa  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.823873  normal  0.941535 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5607  modification methylase, putative  22.82 
 
 
430 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0295584  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1833  hypothetical protein  25.19 
 
 
444 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4223  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  24.71 
 
 
947 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0374  hypothetical protein  28.18 
 
 
146 aa  43.9  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000208638  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5606  modification methylase, putative  24.11 
 
 
438 aa  43.9  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0166814  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>