86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0328 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0328  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  100 
 
 		 383 aa  797    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4223  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.95 
 
 		 947 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4038  putative RNA methylase  25.69 
 
 		 483 aa  99  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846703 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3799  putative RNA methylase  24.92 
 
 		 393 aa  90.9  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6814  hypothetical protein  28.05 
 
 		 433 aa  90.1  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.823873  normal  0.941535 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1303  adenine-specific DNA methylase  26.26 
 
 		 418 aa  86.3  9e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404813  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1456  putative RNA methylase  24.42 
 
 		 463 aa  85.1  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.270738 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1620  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.61 
 
 		 414 aa  83.6  0.000000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0938  putative RNA methylase  23.82 
 
 		 461 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152524  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2226  hypothetical protein  23.81 
 
 		 467 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.113996  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1658  adenine-specific DNA methylase  25.86 
 
 		 416 aa  77.4  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000448906  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2251  hypothetical protein  23.21 
 
 		 393 aa  76.6  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2731  methyltransferase DNA modification enzyme  26.58 
 
 		 410 aa  72.4  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3798  putative RNA methylase  24.51 
 
 		 495 aa  68.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3051  methyltransferase DNA modification enzyme  24.92 
 
 		 421 aa  67.4  0.0000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1725  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  21.99 
 
 		 524 aa  67  0.0000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110429  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3593  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  46.48 
 
 		 372 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.316349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3603  adenine-specific DNA methylase  23.16 
 
 		 453 aa  66.2  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5606  modification methylase, putative  21.22 
 
 		 438 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0166814  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2206  methyltransferase DNA modification enzyme  22.94 
 
 		 414 aa  63.9  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.612218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1233  hypothetical protein  26.85 
 
 		 438 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241867  normal  0.73055 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0953  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  44.29 
 
 		 372 aa  62.8  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.752338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2450  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  47.83 
 
 		 368 aa  62  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0931  adenine-specific DNA methylase  25.45 
 
 		 412 aa  61.6  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.316794  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1717  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  22.7 
 
 		 739 aa  60.1  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.0000410476  hitchhiker  0.00177802 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1918  putative modification methylase  23.12 
 
 		 353 aa  59.7  0.00000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00266275  hitchhiker  0.00000000000360377 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2184  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  48.33 
 
 		 371 aa  58.9  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0490664  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1386  adenine-specific DNA methylase  26.64 
 
 		 540 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0156455 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0909  type II DNA modification methyltransferase M.TdeIII  21.59 
 
 		 535 aa  56.6  0.0000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.90275  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5156  hypothetical protein  35.11 
 
 		 393 aa  54.7  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000726262 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0306  putative RNA methylase  36.47 
 
 		 259 aa  54.7  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0220171  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1000  DNA methyltransferase  24.79 
 
 		 472 aa  54.3  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0460  putative RNA methylase  33.66 
 
 		 259 aa  53.1  0.000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.258821  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0114  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  38.67 
 
 		 353 aa  52.8  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00415  adenine-specific DNA modification methyltransferase  23.22 
 
 		 374 aa  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.530575  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0038  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  43.75 
 
 		 257 aa  52  0.00002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0099  hypothetical protein  28.33 
 
 		 1071 aa  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.658498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0684  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.63 
 
 		 528 aa  51.2  0.00003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4077  hypothetical protein  21.64 
 
 		 614 aa  50.8  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.180847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1242  modification methylase  23.95 
 
 		 441 aa  50.8  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00503065  hitchhiker  0.00000000592753 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0068  hypothetical protein  23.38 
 
 		 464 aa  50.4  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00010049  hitchhiker  0.00158155 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1939  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  42.31 
 
 		 375 aa  50.1  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000888828  hitchhiker  0.0000001156 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1511  DNA methylase N-4/N-6  27.2 
 
 		 329 aa  49.7  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1466  adenine-specific DNA-methyltransferase-like protein  30.86 
 
 		 312 aa  49.7  0.00008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000307706  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1681  cyclase family protein  21.02 
 
 		 366 aa  49.7  0.00009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.259173  hitchhiker  0.0000210949 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1833  hypothetical protein  24.93 
 
 		 444 aa  49.3  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4359  hypothetical protein  23.99 
 
 		 425 aa  49.3  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000708265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0828  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  40.28 
 
 		 323 aa  48.5  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.238994 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2383  DNA modification methylase-like protein  33.33 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.389013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2132  hypothetical protein  24 
 
 		 1118 aa  48.5  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1826  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.71 
 
 		 460 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478282 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6269  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  58.97 
 
 		 333 aa  48.1  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1426  hypothetical protein  23.48 
 
 		 432 aa  48.9  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0737  hypothetical protein  29.6 
 
 		 407 aa  47.8  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00870561  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6680  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  39.47 
 
 		 644 aa  47.4  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000759129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0041  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.94 
 
 		 441 aa  47.4  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0642  hypothetical protein  20.86 
 
 		 435 aa  47.4  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0192  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.97 
 
 		 446 aa  47.4  0.0004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.151287  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4787  hypothetical protein  22.43 
 
 		 441 aa  47.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1038  putative RNA methylase  26.32 
 
 		 249 aa  46.6  0.0007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3558  hypothetical protein  31.11 
 
 		 920 aa  46.2  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1177  hypothetical protein  31.11 
 
 		 920 aa  46.2  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0642948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0286  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  37.1 
 
 		 271 aa  45.4  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.684049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3100  hypothetical protein  26.17 
 
 		 1070 aa  45.1  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.250397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5892  adenine-specific DNA methylase containing a Zn-ribbon-like protein  26.98 
 
 		 911 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2525  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.94 
 
 		 396 aa  45.4  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000796245  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5492  adenine-specific DNA methylase  26.98 
 
 		 911 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.219644  normal  0.117593 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1590  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.13 
 
 		 385 aa  44.3  0.003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000278078  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3157  DNA methylase N-4/N-6  62.5 
 
 		 266 aa  44.3  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3275  adenine-specific DNA methylase  35.29 
 
 		 596 aa  44.3  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.762851  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26692  predicted protein  24.91 
 
 		 411 aa  44.7  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0281046  decreased coverage  0.00284905 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2574  adenine specific DNA methylase Mod  34.38 
 
 		 692 aa  43.9  0.004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0310  DNA methylase N-4/N-6  28.85 
 
 		 599 aa  44.3  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3032  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.36 
 
 		 352 aa  43.9  0.005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.157479 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0958  hypothetical protein  22.88 
 
 		 408 aa  43.9  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00607753 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0374  hypothetical protein  33.73 
 
 		 146 aa  43.5  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000208638  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0332  type II DNA modification methyltransferase M.TdeIII  30.77 
 
 		 530 aa  43.5  0.006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00994221  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1122  DNA methyltransferase  21.75 
 
 		 416 aa  43.1  0.007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.909173  normal  0.0173084 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4984  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  40 
 
 		 412 aa  43.1  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.677083  normal  0.015231 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1480  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  45.24 
 
 		 255 aa  43.1  0.008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.292437  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2684  hypothetical protein  26.17 
 
 		 1045 aa  43.1  0.008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3838  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  36.25 
 
 		 311 aa  43.1  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0605  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.29 
 
 		 308 aa  42.7  0.009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000183696  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2126  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  37.93 
 
 		 370 aa  42.7  0.009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0591  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.29 
 
 		 308 aa  42.7  0.009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000342774  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1670  DNA methylase  39.47 
 
 		 378 aa  42.7  0.01  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000519085  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>