More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0151 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0135  poly(A) polymerase  95.64 
 
 		 482 aa  823    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0151  poly(A) polymerase  100 
 
 		 481 aa  977    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000345097  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0292  poly(A) polymerase  62.22 
 
 		 454 aa  558  1e-158  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3182  Poly(A) polymerase, PcnB  57.99 
 
 		 457 aa  518  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.117248 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3250  polyA polymerase  55.65 
 
 		 455 aa  503  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1618  poly(A) polymerase  54.8 
 
 		 455 aa  476  1e-133  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000408315  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0562  poly(A) polymerase  42.17 
 
 		 479 aa  343  5e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.057959  hitchhiker  0.000000459725 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0683  poly(A) polymerase I  42.95 
 
 		 437 aa  337  3.9999999999999995e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.000000190798  normal  0.448758 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0882  Polynucleotide adenylyltransferase  42.53 
 
 		 465 aa  334  2e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2312  polyA polymerase  42.56 
 
 		 438 aa  329  7e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.049056  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0872  polyA polymerase  41.14 
 
 		 438 aa  327  4.0000000000000003e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0216  poly(A) polymerase I  40.85 
 
 		 437 aa  327  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000405641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0218  poly(A) polymerase I  40.85 
 
 		 454 aa  327  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000474344  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3130  poly(A) polymerase  41.14 
 
 		 494 aa  326  5e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000172182  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0200  poly(A) polymerase I  40.85 
 
 		 437 aa  326  7e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000820079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0201  poly(A) polymerase I  40.85 
 
 		 437 aa  326  7e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000171206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3406  poly(A) polymerase  41.46 
 
 		 435 aa  325  9e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000031653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0125  polyA polymerase  40.93 
 
 		 457 aa  324  2e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000172768  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0212  poly(A) polymerase I  40.85 
 
 		 437 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00291988  normal  0.692878 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3294  poly(A) polymerase  41 
 
 		 435 aa  323  5e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000608896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0847  poly(A) polymerase  40.45 
 
 		 513 aa  322  7e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000196187  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2607  poly(A) polymerase (plasmid copy number protein)  40.68 
 
 		 441 aa  322  8e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000156252  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0870  poly(A) polymerase  40.45 
 
 		 513 aa  322  8e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000796933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0882  poly(A) polymerase  40.45 
 
 		 513 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000307041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0728  poly(A) polymerase  40.77 
 
 		 435 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3492  poly(A) polymerase  40.55 
 
 		 450 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000092007  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2821  poly(A) polymerase I  39.18 
 
 		 449 aa  319  6e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00527466  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00142  poly(A) polymerase I  39.09 
 
 		 454 aa  318  1e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00002208  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3459  poly(A) polymerase  39.09 
 
 		 454 aa  318  1e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000537308  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0152  poly(A) polymerase I  39.09 
 
 		 454 aa  318  1e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000005693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00141  hypothetical protein  39.09 
 
 		 465 aa  318  1e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0696  poly(A) polymerase  41.31 
 
 		 434 aa  318  1e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000117677  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3131  poly(A) polymerase  40.77 
 
 		 480 aa  318  1e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000115831  normal  0.0863023 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0134  poly(A) polymerase I  39.09 
 
 		 454 aa  318  1e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000109672  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3516  poly(A) polymerase I  39.09 
 
 		 465 aa  318  1e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000476175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0154  poly(A) polymerase I  39.09 
 
 		 454 aa  318  1e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000110744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0146  poly(A) polymerase I  39.09 
 
 		 454 aa  318  2e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.2681200000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0147  poly(A) polymerase I  39.09 
 
 		 454 aa  318  2e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000759631  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1515  poly(A) polymerase  40.14 
 
 		 461 aa  318  2e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0267914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3116  poly(A) polymerase I  39.18 
 
 		 482 aa  317  3e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05829  poly(A) polymerase (PAP) (Plasmid copy number protein)  39.21 
 
 		 455 aa  317  3e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.832163  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3987  poly(A) polymerase I  39.82 
 
 		 505 aa  316  6e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000599452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3901  polynucleotide adenylyltransferase  40.27 
 
 		 496 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000197413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1528  poly(A) polymerase  38.99 
 
 		 484 aa  314  2.9999999999999996e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000410456  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4014  poly(A) polymerase  40.27 
 
 		 484 aa  313  3.9999999999999997e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0546071  normal  0.868909 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1162  poly(A) polymerase I  39.34 
 
 		 482 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000172758  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3470  poly(A) polymerase I  41.24 
 
 		 491 aa  313  3.9999999999999997e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268944  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3340  poly(A) polymerase I  41.24 
 
 		 491 aa  313  3.9999999999999997e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.71757e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1008  poly(A) polymerase I  41.24 
 
 		 440 aa  312  6.999999999999999e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000170509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002563  poly(A) polymerase  39.17 
 
 		 453 aa  311  1e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000329901  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0883  Poly(A) polymerase, PcnB  41.26 
 
 		 401 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0632296  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4310  polyA polymerase  39.18 
 
 		 474 aa  307  2.0000000000000002e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3172  poly(A) polymerase  39.5 
 
 		 449 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000541948  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03448  nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  38.56 
 
 		 462 aa  308  2.0000000000000002e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4809  Poly(A) polymerase, PcnB  37.11 
 
 		 466 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0814505  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1488  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  37.84 
 
 		 423 aa  304  2.0000000000000002e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0582  poly(A) polymerase  38.85 
 
 		 459 aa  304  2.0000000000000002e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0677  poly(A) polymerase  41.94 
 
 		 411 aa  304  2.0000000000000002e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.34665  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3800  poly(A) polymerase  39.43 
 
 		 421 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000630801  hitchhiker  0.000152208 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3063  poly(A) polymerase  40.42 
 
 		 473 aa  301  1e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0195  polynucleotide adenyltransferase  38.92 
 
 		 421 aa  301  2e-80  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0669  poly(A) polymerase  40.96 
 
 		 455 aa  301  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.598779  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1495  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  37.56 
 
 		 423 aa  300  4e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1451  poly(A) polymerase  39.86 
 
 		 497 aa  300  5e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.584195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03548  poly(A) polymerase I  40.09 
 
 		 439 aa  299  6e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.339485  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1775  polyA polymerase  39.86 
 
 		 477 aa  299  7e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0171  poly(A) polymerase  40.96 
 
 		 394 aa  296  5e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0778  tRNA nucleotidyltransferase (CCA-adding enzyme)  40.1 
 
 		 424 aa  296  7e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000683144  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4697  poly(A) polymerase  36.58 
 
 		 460 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.233553  hitchhiker  0.0000455164 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4562  poly(A) polymerase  36.36 
 
 		 460 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263697 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1390  poly(A) polymerase  41 
 
 		 424 aa  293  4e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2046  poly(A) polymerase  38.62 
 
 		 461 aa  293  5e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0736  poly(A) polymerase  36.42 
 
 		 462 aa  293  6e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305046 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42690  polynucleotide adenylyltransferase; PcnB  39.26 
 
 		 463 aa  292  9e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.881175  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4696  poly(A) polymerase  36.42 
 
 		 462 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3935  poly(A) polymerase  39.96 
 
 		 415 aa  290  3e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000967164  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3590  poly(A) polymerase  36.38 
 
 		 463 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.787264 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0963  poly(A) polymerase  35.78 
 
 		 467 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0830  Poly(A) polymerase  35.17 
 
 		 491 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.715876  hitchhiker  0.000411869 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5444  poly(A) polymerase  36.03 
 
 		 467 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62560  poly(A) polymerase  35.8 
 
 		 467 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.804873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1024  poly(A) polymerase  33.47 
 
 		 457 aa  274  3e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0390  poly(A) polymerase  36.89 
 
 		 439 aa  273  7e-72  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0179793  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2456  poly(A) polymerase  37.55 
 
 		 520 aa  271  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1795  poly(A) polymerase  36.66 
 
 		 439 aa  271  2.9999999999999997e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.649421  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2627  polynucleotide adenylyltransferase protein  38.43 
 
 		 514 aa  266  4e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0857566  normal  0.147493 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2862  poly(A) polymerase  37.12 
 
 		 521 aa  266  7e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.658276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2914  poly(A) polymerase  37.16 
 
 		 529 aa  264  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1314  polyA polymerase  37.28 
 
 		 514 aa  263  4e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.283102  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2320  polyA polymerase  37.05 
 
 		 515 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2777  Poly(A) polymerase, PcnB  36.96 
 
 		 509 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0701742  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3314  polyA polymerase  37.05 
 
 		 515 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0507  polyA polymerase  37.05 
 
 		 515 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1092  polyA polymerase  37.05 
 
 		 515 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3271  poly(A) polymerase  37.05 
 
 		 515 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.264957  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2199  poly(A) polymerase  37.05 
 
 		 515 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.968524  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3304  poly(A) polymerase  37.05 
 
 		 515 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2627  poly(A) polymerase  36.27 
 
 		 512 aa  260  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3376  poly(A) polymerase  35.1 
 
 		 443 aa  259  7e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000590256  normal  0.326432 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0677  poly(A) polymerase  35.85 
 
 		 512 aa  257  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198476  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>