56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0116 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0116  hypothetical protein  100 
 
 
166 aa  332  1e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0097  hypothetical protein  91.57 
 
 
166 aa  306  8e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000663376 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1814  hypothetical protein  25.61 
 
 
151 aa  62  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0525  cytochrome c class I  33.96 
 
 
214 aa  58.2  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2415  hypothetical protein  30.1 
 
 
499 aa  57.4  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00358029  normal  0.14874 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2773  hypothetical protein  26.24 
 
 
151 aa  56.6  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000119865  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3473  cytochrome c family protein  29.36 
 
 
207 aa  54.7  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0349058  normal  0.204914 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2209  hypothetical protein  25.52 
 
 
200 aa  54.3  0.0000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0120932  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2443  cytochrome c class I  36.94 
 
 
143 aa  52.8  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.113106  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5668  cytochrome c class I  29.46 
 
 
203 aa  50.4  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0141  lead uptake protein, putative  28.37 
 
 
632 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  29.68 
 
 
647 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0225  quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit  27.55 
 
 
209 aa  49.7  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1241  hypothetical protein  27.96 
 
 
213 aa  50.1  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0292  hypothetical protein  27.63 
 
 
204 aa  49.3  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0554303  hitchhiker  0.00107443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  36.9 
 
 
647 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1422  hypothetical protein  25 
 
 
177 aa  48.5  0.00004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000667886  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5470  cytochrome c, class I  35.37 
 
 
631 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.0783661 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  33.64 
 
 
632 aa  48.1  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  28.57 
 
 
636 aa  48.1  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  27.69 
 
 
643 aa  47.8  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2710  hypothetical protein  29.41 
 
 
200 aa  47  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.198699 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0021  hypothetical protein  30.77 
 
 
175 aa  47  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1466  hypothetical protein  30.48 
 
 
193 aa  47.4  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0760  cytochrome c, class I  28.26 
 
 
101 aa  47  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.957716  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2320  cytochrome c, class I  32.86 
 
 
702 aa  46.2  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2760  cytochrome c, class I  32.86 
 
 
702 aa  46.2  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0292  iron permease FTR1  53.85 
 
 
629 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1874  cytochrome c class I  29.76 
 
 
220 aa  46.2  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0991365  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4143  hypothetical protein  29.52 
 
 
194 aa  45.8  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0163  hypothetical protein  29.91 
 
 
175 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.143101  normal  0.013868 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01295  hypothetical protein  29.52 
 
 
231 aa  45.4  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1883  iron permease FTR1  30.21 
 
 
645 aa  44.7  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.895356  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0885  cytochrome c, class I  26.04 
 
 
156 aa  44.7  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.457158  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1240  iron permease FTR1  32.79 
 
 
644 aa  44.3  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1041  hypothetical protein  30.12 
 
 
176 aa  43.5  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24091  normal  0.0488069 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1592  quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit  23.53 
 
 
205 aa  42.7  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1760  hypothetical protein  26 
 
 
394 aa  42.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00200685 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  30.49 
 
 
155 aa  43.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  30.85 
 
 
254 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5952  hypothetical protein  27.2 
 
 
175 aa  43.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  30.09 
 
 
649 aa  42.7  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  25.52 
 
 
304 aa  42.4  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112855  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0161  cytochrome c class I  28.74 
 
 
254 aa  42.4  0.003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000207523  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3866  cytochrome c class I  26.96 
 
 
388 aa  42  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3266  cytochrome c class I  26 
 
 
394 aa  41.6  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3000  hypothetical protein  26.37 
 
 
218 aa  41.2  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000963462 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4251  hypothetical protein  26 
 
 
394 aa  41.2  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0931386  normal  0.175621 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4115  hypothetical protein  26 
 
 
394 aa  41.2  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.675645  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5620  cytochrome c, mono-and diheme variant-like protein  36.84 
 
 
398 aa  41.2  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2038  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  25.34 
 
 
304 aa  41.2  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645844  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4148  cytochrome c, class I  35 
 
 
393 aa  40.8  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.782083  normal  0.108785 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3931  hypothetical protein  25.89 
 
 
212 aa  40.8  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119057  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4184  hypothetical protein  27.05 
 
 
173 aa  40.8  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35994  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5993  hypothetical protein  35 
 
 
652 aa  40.8  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3675  cytochrome c, class I  35 
 
 
393 aa  40.8  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.924475 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>