More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_1041 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013411  GYMC61_1041  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
457 aa  945    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0494  arginine utilization regulatory protein RocR  45.88 
 
 
467 aa  395  1e-109  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0207155  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0403  arginine utilization regulatory protein  45.43 
 
 
467 aa  394  1e-108  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.580304  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0409  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  45.78 
 
 
467 aa  393  1e-108  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0545  arginine utilization regulatory protein RocR  45.66 
 
 
467 aa  390  1e-107  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.660554  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0464  arginine utilization regulatory protein RocR  45.43 
 
 
467 aa  389  1e-107  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0489  arginine utilization regulatory protein RocR  45.43 
 
 
467 aa  389  1e-107  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0545  arginine utilization regulatory protein RocR  45.43 
 
 
467 aa  390  1e-107  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000949535  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4828  arginine utilization regulatory protein RocR  45.21 
 
 
467 aa  388  1e-106  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00181095  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0407  arginine utilization regulatory protein  45.21 
 
 
467 aa  388  1e-106  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00327881  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0324  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.54 
 
 
487 aa  360  4e-98  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1165  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.41 
 
 
477 aa  313  4.999999999999999e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.243116  hitchhiker  0.00329602 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0314  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.08 
 
 
449 aa  276  4e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1687  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.47 
 
 
461 aa  272  7e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.113647  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2117  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.22 
 
 
459 aa  268  1e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.622531  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3043  arginine utilization regulatory protein RocR  37.44 
 
 
477 aa  268  2e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.585344  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2333  arginine utilization regulatory protein RocR  37 
 
 
461 aa  264  2e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2078  arginine utilization regulatory protein  36.78 
 
 
461 aa  265  2e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2407  arginine utilization regulatory protein RocR  37 
 
 
459 aa  264  2e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.830853  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.19 
 
 
687 aa  264  2e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2144  arginine utilization regulatory protein RocR  36.78 
 
 
461 aa  263  3e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.757971  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2082  arginine utilization regulatory protein  36.78 
 
 
461 aa  263  3e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2299  arginine utilization regulatory protein RocR  36.78 
 
 
461 aa  263  3e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2324  arginine utilization regulatory protein RocR  36.78 
 
 
459 aa  264  3e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2280  arginine utilization regulatory protein RocR  36.78 
 
 
459 aa  261  1e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.26 
 
 
688 aa  258  2e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.7 
 
 
494 aa  258  2e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2591  putative regulatory protein  32.77 
 
 
475 aa  256  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.43464 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.32 
 
 
581 aa  255  1.0000000000000001e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2549  putative regulatory protein  33.4 
 
 
475 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.996004  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2603  putative regulatory protein  33.4 
 
 
475 aa  253  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2712  putative regulatory protein  33.4 
 
 
475 aa  253  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.349156  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2503  putative regulatory protein  32.13 
 
 
475 aa  252  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1848  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.74 
 
 
424 aa  249  7e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0157719 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1727  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.77 
 
 
482 aa  246  6.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1683  transcriptional regulator  35.18 
 
 
588 aa  245  9.999999999999999e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0451023  normal  0.0113335 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.06 
 
 
575 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0978  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.26 
 
 
512 aa  234  3e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370959 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2861  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.55 
 
 
690 aa  232  1e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0447  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.26 
 
 
438 aa  232  1e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4072  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.83 
 
 
690 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3910  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.9 
 
 
690 aa  232  1e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.267937  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3919  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.9 
 
 
690 aa  231  1e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.346796  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4389  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.83 
 
 
690 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4187  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.9 
 
 
690 aa  232  1e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000332878 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.07 
 
 
457 aa  230  3e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0018  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.79 
 
 
562 aa  231  3e-59  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000232366  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.55 
 
 
457 aa  229  6e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.44 
 
 
544 aa  228  1e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4239  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.47 
 
 
690 aa  228  2e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.931391  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4297  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.26 
 
 
690 aa  227  4e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.12 
 
 
576 aa  225  2e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.535404 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4277  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.75 
 
 
704 aa  224  2e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0957  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.75 
 
 
690 aa  223  6e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0112868 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4008  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.69 
 
 
690 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.48 
 
 
703 aa  218  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.21 
 
 
582 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.55 
 
 
470 aa  219  1e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  33.51 
 
 
668 aa  218  2e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1684  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.97 
 
 
459 aa  218  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.45 
 
 
564 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  33.25 
 
 
668 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1270  Fis family transcriptional regulator  30.57 
 
 
464 aa  217  4e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.912527  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  33.26 
 
 
662 aa  217  4e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2365  two component signal transduction response regulator  33.41 
 
 
575 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2392  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.22 
 
 
652 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2710  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.77 
 
 
579 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.077579  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  38.87 
 
 
539 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  32.48 
 
 
586 aa  214  3.9999999999999995e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 
541 aa  213  5.999999999999999e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1580  transcriptional regulator  32.59 
 
 
464 aa  212  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0495  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.13 
 
 
456 aa  211  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1164  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.18 
 
 
501 aa  211  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.245431  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.29 
 
 
636 aa  211  3e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  31.62 
 
 
671 aa  210  4e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  38.36 
 
 
455 aa  210  5e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.82 
 
 
463 aa  210  5e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1428  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.89 
 
 
460 aa  210  6e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.44 
 
 
643 aa  209  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.75 
 
 
597 aa  209  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3903  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.27 
 
 
455 aa  209  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000574971 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.3 
 
 
519 aa  208  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.98 
 
 
561 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.77 
 
 
461 aa  208  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.62039e-17 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0489  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.77 
 
 
473 aa  208  2e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  36.36 
 
 
537 aa  207  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.69 
 
 
463 aa  207  3e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.25 
 
 
460 aa  207  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3819  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.98 
 
 
455 aa  207  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.785821  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1910  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.56 
 
 
562 aa  206  6e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000822204  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4192  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.06 
 
 
454 aa  206  6e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00227342  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2506  sensory box protein/sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  31.35 
 
 
564 aa  206  7e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.92979  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  38.99 
 
 
533 aa  206  7e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.21 
 
 
454 aa  206  7e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0702  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.13 
 
 
460 aa  206  9e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.14 
 
 
594 aa  206  9e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.92 
 
 
448 aa  205  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3158  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.16 
 
 
462 aa  205  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.27 
 
 
466 aa  205  1e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.91 
 
 
575 aa  205  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>