More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3240 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0141  Radical SAM domain protein  67.24 
 
 
828 aa  1070    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3240  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
812 aa  1630    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.47861  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0300  radical SAM domain-containing protein  66.63 
 
 
842 aa  1083    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000298698  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0737  radical SAM domain-containing protein  44.93 
 
 
897 aa  667    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0730  Radical SAM domain protein  46.95 
 
 
898 aa  684    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2585  Fe-S oxidoreductase  52.38 
 
 
836 aa  786    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00679393  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3191  radical SAM family protein  74.72 
 
 
842 aa  1215    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0845541  hitchhiker  0.0000000000326362 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0470  Radical SAM domain protein  59.14 
 
 
828 aa  935    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0695  radical SAM family protein  47.07 
 
 
898 aa  694    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.609463  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0731  Radical SAM domain protein  47.07 
 
 
898 aa  686    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0158  Radical SAM domain protein  67.12 
 
 
828 aa  1070    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0097  radical SAM domain-containing protein  48.29 
 
 
817 aa  656    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1610  radical SAM domain-containing protein  47.83 
 
 
849 aa  674    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0351  radical SAM domain-containing protein  63.63 
 
 
826 aa  1026    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.247056  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0554  radical SAM family protein  54.94 
 
 
626 aa  608  9.999999999999999e-173  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3328  Radical SAM domain protein  50.94 
 
 
633 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00435818  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14150  Radical SAM domain protein  48.55 
 
 
626 aa  605  1.0000000000000001e-171  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000319843  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0512  Radical SAM domain protein  43.53 
 
 
852 aa  601  1e-170  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00242025  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1455  radical SAM domain-containing protein  52.32 
 
 
619 aa  597  1e-169  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4341  Radical SAM domain protein  49.65 
 
 
618 aa  598  1e-169  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.898209  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2538  radical SAM domain-containing protein  48.87 
 
 
624 aa  593  1e-168  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00569062  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2123  radical SAM domain-containing protein  50 
 
 
617 aa  591  1e-167  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0450793  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2192  Protein of unknown function DUF2344  42.31 
 
 
842 aa  591  1e-167  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1644  radical SAM domain-containing protein  42.1 
 
 
864 aa  592  1e-167  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0156  radical SAM family protein  48.52 
 
 
613 aa  591  1e-167  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1317  Radical SAM domain protein  47.29 
 
 
614 aa  587  1e-166  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1946  Radical SAM domain protein  53.86 
 
 
619 aa  580  1e-164  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0239  Beta tubulin, autoregulation binding site  44.11 
 
 
897 aa  578  1.0000000000000001e-163  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0547979 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1701  Elongator protein 3/MiaB/NifB  39.69 
 
 
860 aa  569  1e-161  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1616  hypothetical protein  48.17 
 
 
638 aa  559  1e-158  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0158  radical SAM domain-containing protein  49.11 
 
 
599 aa  541  9.999999999999999e-153  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.172348  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3784  Protein of unknown function DUF2344  38.18 
 
 
971 aa  542  9.999999999999999e-153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.539179  normal  0.106507 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0156  radical SAM domain-containing protein  49.11 
 
 
599 aa  539  9.999999999999999e-153  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0387  Radical SAM domain protein  40.35 
 
 
860 aa  540  9.999999999999999e-153  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1025  Radical SAM domain protein  38.9 
 
 
922 aa  536  1e-151  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2131  Radical SAM domain protein  45.18 
 
 
613 aa  538  1e-151  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2388  radical SAM domain-containing protein  46.14 
 
 
617 aa  533  1e-150  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.938561  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2100  radical SAM domain-containing protein  46.14 
 
 
617 aa  533  1e-150  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.232765  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2565  radical SAM domain-containing protein  43.43 
 
 
628 aa  534  1e-150  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0753  radical SAM domain-containing protein  46.21 
 
 
654 aa  529  1e-149  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16231  Fe-S oxidoreductase  37.42 
 
 
882 aa  527  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1280  radical SAM family protein  39.53 
 
 
879 aa  527  1e-148  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00695626  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0877  Elongator protein 3/MiaB/NifB  40.41 
 
 
872 aa  527  1e-148  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00856877 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0682  Radical SAM domain protein  40.1 
 
 
857 aa  525  1e-148  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.877734 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0662  Radical SAM domain protein  40.23 
 
 
856 aa  525  1e-147  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1629  radical SAM domain-containing protein  46.84 
 
 
611 aa  520  1e-146  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0670  hypothetical protein  39.28 
 
 
898 aa  521  1e-146  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1511  Radical SAM domain protein  45.96 
 
 
627 aa  518  1.0000000000000001e-145  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0525  Radical SAM domain protein  45.26 
 
 
657 aa  516  1.0000000000000001e-145  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.268937  normal  0.0105227 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1374  radical SAM domain-containing protein  46.55 
 
 
610 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0267  Radical SAM domain protein  39.53 
 
 
874 aa  511  1e-143  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148371  decreased coverage  0.00763103 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2463  radical SAM domain-containing protein  46.8 
 
 
640 aa  506  9.999999999999999e-143  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.123021 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7274  Fe-S oxidoreductase  46.09 
 
 
636 aa  507  9.999999999999999e-143  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.867612  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1544  Radical SAM domain protein  46.55 
 
 
640 aa  504  1e-141  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0496911  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3459  radical SAM domain-containing protein  46.17 
 
 
663 aa  499  1e-140  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.525782  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2185  Elongator protein 3/MiaB/NifB  45.63 
 
 
644 aa  499  1e-139  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.972123  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0485  radical SAM family protein  40.11 
 
 
910 aa  498  1e-139  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.363594  normal  0.576766 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1216  radical SAM family protein  47.07 
 
 
679 aa  495  9.999999999999999e-139  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.837024  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5483  Radical SAM domain-containing protein  44.09 
 
 
653 aa  494  9.999999999999999e-139  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0312  Elongator protein 3/MiaB/NifB  38.47 
 
 
887 aa  491  1e-137  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3863  radical SAM domain-containing protein  44.37 
 
 
661 aa  491  1e-137  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.721561  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7280  Radical SAM domain protein  46.17 
 
 
645 aa  490  1e-137  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1585  Radical SAM domain protein  44.43 
 
 
642 aa  490  1e-137  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.458582  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3484  radical SAM domain-containing protein  44.2 
 
 
663 aa  489  1e-137  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1202  Radical SAM domain protein  46.8 
 
 
600 aa  492  1e-137  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1233  Radical SAM domain protein  43.38 
 
 
597 aa  488  1e-136  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1176  Radical SAM domain protein  45.69 
 
 
655 aa  489  1e-136  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2030  Elongator protein 3/MiaB/NifB  38.21 
 
 
894 aa  481  1e-134  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3383  Radical SAM domain protein  44.6 
 
 
645 aa  482  1e-134  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.660882  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5264  radical SAM domain-containing protein  45.98 
 
 
677 aa  479  1e-133  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1263  Radical SAM domain protein  44.85 
 
 
681 aa  466  9.999999999999999e-131  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0245777  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0676  Radical SAM domain protein  42.06 
 
 
621 aa  456  1e-127  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00732227  normal  0.444552 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14180  Fe-S oxidoreductase  41.03 
 
 
626 aa  448  1.0000000000000001e-124  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0179  radical SAM domain-containing protein  40.66 
 
 
591 aa  444  1e-123  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.11642  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06130  Fe-S oxidoreductase  41.91 
 
 
626 aa  436  1e-120  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000171239 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0978  radical SAM domain-containing protein  41.98 
 
 
600 aa  426  1e-117  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1639  Radical SAM domain protein  32.85 
 
 
803 aa  425  1e-117  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3475  radical SAM domain-containing protein  34.9 
 
 
613 aa  305  3.0000000000000004e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00430694  normal  0.324644 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1241  Radical SAM domain protein  33.04 
 
 
551 aa  301  3e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0874851  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3781  Radical SAM domain protein  36.17 
 
 
589 aa  300  7e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3698  Radical SAM domain protein  36.17 
 
 
589 aa  299  1e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.360742  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3640  radical SAM family protein  36 
 
 
589 aa  296  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3961  radical SAM domain-containing protein  34.34 
 
 
566 aa  287  4e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000506678  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0418  radical SAM family protein  35.71 
 
 
557 aa  287  5e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3766  radical SAM domain-containing protein  36.13 
 
 
593 aa  287  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2195  Fe-S oxidoreductase  33.45 
 
 
573 aa  284  6.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.113281  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0586  radical SAM family protein  31.35 
 
 
544 aa  268  4e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0560  Radical SAM domain protein  33.39 
 
 
557 aa  263  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.12594e-30 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3436  Radical SAM domain protein  34.21 
 
 
537 aa  260  6e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000587564 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0327  radical SAM domain-containing protein  33.39 
 
 
544 aa  259  1e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00004315  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0348  radical SAM domain-containing protein  33.83 
 
 
544 aa  259  2e-67  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000123778  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3062  radical SAM domain-containing protein  33.83 
 
 
563 aa  258  4e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.477497  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0548  Radical SAM domain protein  33.52 
 
 
557 aa  258  4e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.011862  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_288  radical SAM domain protein  32.71 
 
 
559 aa  254  4.0000000000000004e-66  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000164247  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4678  radical SAM domain-containing protein  29.38 
 
 
543 aa  254  6e-66  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.863222  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4039  Radical SAM domain protein  31.15 
 
 
538 aa  253  1e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.461651 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3282  radical SAM domain-containing protein  33.4 
 
 
563 aa  253  1e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0422762  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4437  Radical SAM domain protein  32.07 
 
 
537 aa  251  4e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.07608 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4375  Radical SAM domain protein  31.88 
 
 
537 aa  248  2e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3512  radical SAM family protein  31.49 
 
 
540 aa  246  8e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.170838  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>