49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3176 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3176  lysM domain-containing protein  100 
 
 		 305 aa  630  1e-180  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0951  conserved hypothetical protein, secreted  36.87 
 
 		 216 aa  92.8  7e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1651  cell wall hydrolase/autolysin  29.33 
 
 		 1504 aa  79.7  0.00000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12758  hypothetical protein  33.33 
 
 		 214 aa  79.3  0.00000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.213877  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0015  hypothetical protein  34.32 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4492  hypothetical protein  32.32 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.774509  normal  0.236612 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1018  hypothetical protein  33.13 
 
 		 2767 aa  60.1  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.556407 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02660  Peptidoglycan-binding LysM  51.92 
 
 		 191 aa  58.5  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0704  peptidoglycan-binding LysM  36.23 
 
 		 411 aa  53.9  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  54 
 
 		 307 aa  53.5  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  40.3 
 
 		 341 aa  52.4  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0425  peptidoglycan-binding LysM  37.8 
 
 		 159 aa  52  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00647142  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1069  peptidoglycan-binding LysM  44.83 
 
 		 168 aa  50.8  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.1908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2934  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  40 
 
 		 391 aa  50.1  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1073  Peptidoglycan-binding LysM  44 
 
 		 221 aa  49.3  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  47.83 
 
 		 327 aa  49.3  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2149  peptidoglycan-binding LysM  30.95 
 
 		 709 aa  48.5  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2089  Peptidase M23  43.86 
 
 		 751 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000016694 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3195  peptidoglycan-binding LysM  32.65 
 
 		 754 aa  47.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000999045  decreased coverage  0.00000682898 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  48.15 
 
 		 509 aa  47.8  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1312  peptidoglycan-binding LysM  39.73 
 
 		 235 aa  47.4  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2270  Peptidase M23  42.65 
 
 		 727 aa  47  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000539525  unclonable  0.00000000807187 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  47.62 
 
 		 338 aa  47  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  32.05 
 
 		 409 aa  47  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2207  Peptidase M23  42.65 
 
 		 727 aa  47  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0300  Allergen V5/Tpx-1 related  41.67 
 
 		 205 aa  46.6  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.022059  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1111  glycoside hydrolase family 18  31.11 
 
 		 426 aa  46.6  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4610  peptidase M23  36.67 
 
 		 788 aa  46.2  0.0006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.0000163265  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1982  LysM domain-containing protein  46.94 
 
 		 184 aa  45.8  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  43.14 
 
 		 470 aa  45.4  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0060  Peptidase M23  39.29 
 
 		 320 aa  45.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00481353  hitchhiker  0.00293385 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2121  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  46.67 
 
 		 259 aa  45.4  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2205  peptidase M23B  38.46 
 
 		 450 aa  44.7  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.0000000218447  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0598  peptidoglycan-binding LysM  46.81 
 
 		 590 aa  44.7  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  unclonable  0.0000000000165223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1357  rare lipoprotein A  46 
 
 		 199 aa  45.1  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.24818 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1214  peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 1130 aa  44.3  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2074  NLP/P60 protein  40.82 
 
 		 295 aa  44.7  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.591046  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  50 
 
 		 1556 aa  44.7  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1583  peptidoglycan-binding LysM  41.3 
 
 		 142 aa  44.3  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4268  peptidoglycan-binding LysM  52.17 
 
 		 132 aa  43.9  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000954581  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21410  Peptidoglycan-binding LysM  46.67 
 
 		 530 aa  43.5  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1285  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  42.55 
 
 		 376 aa  43.5  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03671  hypothetical protein  37.04 
 
 		 287 aa  43.1  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.651012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2634  peptidoglycan-binding LysM  44 
 
 		 302 aa  43.1  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258799 
 
 
-
 
NC_002950  PG2150  LysM domain-containing protein  31.82 
 
 		 501 aa  43.1  0.006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2387  gamma-D-glutamyl-{L}-meso-diaminopimelate peptidase I. metallo peptidase. MEROPS family M14C  51.11 
 
 		 423 aa  42.7  0.007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21400  Peptidoglycan-binding LysM  45.65 
 
 		 500 aa  42.7  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  45.28 
 
 		 797 aa  42.7  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2039  Peptidase M23  30.16 
 
 		 414 aa  42.4  0.01  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0205491  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>