22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2405 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2405  hypothetical protein  100 
 
 
100 aa  199  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.663215  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0186  hypothetical protein  83 
 
 
100 aa  173  7e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.492764  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3331  hypothetical protein  32.67 
 
 
112 aa  58.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.426882  normal  0.549116 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4436  regulatory protein MerR  34.88 
 
 
109 aa  48.9  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.465157  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3022  hypothetical protein  35.37 
 
 
114 aa  48.1  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0568  hypothetical protein  38.75 
 
 
116 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0186842 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1521  hypothetical protein  36.9 
 
 
118 aa  45.4  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1572  hypothetical protein  34.72 
 
 
104 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0815898 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02200  hypothetical protein  34.62 
 
 
106 aa  44.3  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1272  chaperone-modulator protein CbpM  41.07 
 
 
106 aa  43.5  0.0008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1224  hypothetical protein  41.07 
 
 
106 aa  43.5  0.0008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.654135  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0262  MerR family transcriptional regulator  26.47 
 
 
110 aa  43.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.143032  normal  0.721981 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3588  putative transcriptional regulator, MerR family  35.9 
 
 
106 aa  43.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0192393  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4639  hypothetical protein  41.82 
 
 
101 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0672421 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2788  hypothetical protein  37.65 
 
 
132 aa  42.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6287  hypothetical protein  35.8 
 
 
105 aa  42  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.518749  normal  0.816406 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6321  hypothetical protein  37.04 
 
 
101 aa  42  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1857  hypothetical protein  37.68 
 
 
105 aa  42  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000070649  normal  0.0310663 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4725  hypothetical protein  33.82 
 
 
101 aa  40.8  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00352238 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4847  hypothetical protein  33.82 
 
 
101 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.218293 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0426  hypothetical protein  39.29 
 
 
120 aa  40.4  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4904  hypothetical protein  40 
 
 
101 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00581256 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>