84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1274 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1274  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 319 aa  660    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.330948  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1772  radical SAM family protein  90.33 
 
 		 300 aa  570  1e-161  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.138508  normal  0.113699 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1859  radical SAM domain-containing protein  73.33 
 
 		 300 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.54951  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2526  radical SAM domain-containing protein  73.18 
 
 		 318 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.252975  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2082  radical SAM  69 
 
 		 308 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1899  Radical SAM domain protein  71.57 
 
 		 309 aa  427  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.735258  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2309  Radical SAM domain protein  69 
 
 		 302 aa  412  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1368  radical SAM domain-containing protein  49.52 
 
 		 334 aa  306  4.0000000000000004e-82  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0299345  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1956  Radical SAM domain protein  50.53 
 
 		 301 aa  305  7e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1149  radical SAM domain protein  49.21 
 
 		 334 aa  302  6.000000000000001e-81  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000033704  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1179  radical SAM domain-containing protein  49.68 
 
 		 334 aa  300  2e-80  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0438654  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1372  radical SAM domain-containing protein  50.87 
 
 		 298 aa  296  3e-79  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1225  Radical SAM domain protein  46.96 
 
 		 301 aa  292  5e-78  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0616  radical SAM domain-containing protein  51.26 
 
 		 296 aa  292  7e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1667  radical SAM domain-containing protein  47.51 
 
 		 312 aa  291  1e-77  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0368  radical SAM family protein  49.29 
 
 		 315 aa  290  3e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000743683  normal  0.888767 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2282  radical SAM domain-containing protein  45.63 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4313  radical SAM domain-containing protein  50 
 
 		 305 aa  285  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4174  radical SAM domain-containing protein  48.98 
 
 		 305 aa  283  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000899263  hitchhiker  0.0000122101 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1696  radical SAM domain-containing protein  46.05 
 
 		 336 aa  281  1e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1289  radical SAM domain-containing protein  46.38 
 
 		 298 aa  277  1e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1072  radical SAM domain-containing protein  47.89 
 
 		 306 aa  274  2.0000000000000002e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1745  Radical SAM domain protein  42.81 
 
 		 303 aa  268  7e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0609211 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1947  Radical SAM domain protein  46.04 
 
 		 283 aa  267  2e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1949  radical SAM domain-containing protein  41.67 
 
 		 319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1488  Radical SAM domain protein  46.71 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.441842  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3220  radical SAM family protein  44.56 
 
 		 312 aa  252  6e-66  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0910246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1076  Radical SAM domain protein  40.58 
 
 		 327 aa  250  2e-65  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0110  Radical SAM domain protein  44.93 
 
 		 296 aa  246  4e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.389889  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1790  Radical SAM domain protein  44.33 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0815  radical SAM domain-containing protein  41.36 
 
 		 320 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0883393  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0838  radical SAM domain-containing protein  41.36 
 
 		 320 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3427  radical SAM domain-containing protein  44.24 
 
 		 313 aa  241  1e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2121  radical SAM domain-containing protein  48.44 
 
 		 326 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000152404  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1063  radical SAM domain-containing protein  38.49 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1251  radical SAM domain-containing protein  38.49 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.269935  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1143  radical SAM domain-containing protein  42.6 
 
 		 287 aa  237  2e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0661  Radical SAM domain protein  40.28 
 
 		 320 aa  233  3e-60  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07611  pyruvate formate lyase activating enzyme, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G15630)  40.13 
 
 		 373 aa  219  6e-56  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00159546  normal  0.16163 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1701  radical SAM domain-containing protein  40.07 
 
 		 295 aa  216  5.9999999999999996e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1152  Radical SAM domain protein  39.93 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.429756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0526  Radical SAM domain protein  40.5 
 
 		 344 aa  208  1e-52  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0095894  unclonable  0.0000000400012 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16130  pyruvate formate lyase activating protein-like uncharacterized Fe-S protein  39.57 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000206983 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0003  radical SAM domain-containing protein  39.05 
 
 		 286 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0003  radical SAM domain-containing protein  39.05 
 
 		 286 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2506  radical SAM domain-containing protein  36.64 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000358558  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09130  pyruvate formate lyase activating protein-like uncharacterized Fe-S protein  35.76 
 
 		 326 aa  169  5e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0210847  normal  0.81477 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0881  radical SAM domain-containing protein  36.31 
 
 		 374 aa  152  7e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.607875  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0987  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 371 aa  150  3e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.499392 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1947  radical SAM domain-containing protein  33.55 
 
 		 372 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0826  radical SAM domain-containing protein  31.17 
 
 		 373 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0283607 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0925  radical SAM domain-containing protein  33.23 
 
 		 355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1370  radical SAM domain-containing protein  32.79 
 
 		 373 aa  144  2e-33  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3602  formate acetyltransferase activating enzyme  32.69 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.795374  normal  0.163348 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2404  radical SAM family Fe-S protein  24.03 
 
 		 353 aa  53.1  0.000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0041  radical SAM domain-containing protein  26.47 
 
 		 362 aa  50.8  0.00003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.821324  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1995  radical SAM domain-containing protein  25.97 
 
 		 405 aa  50.8  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2294  radical SAM family protein  24.62 
 
 		 332 aa  49.7  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4120  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 		 372 aa  49.7  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246389  normal  0.424935 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0217  radical SAM domain-containing protein  23.05 
 
 		 356 aa  49.3  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0779  radical SAM domain-containing protein  26.09 
 
 		 336 aa  48.1  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000436315  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1455  Radical SAM domain protein  24.66 
 
 		 333 aa  47.8  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1815  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 364 aa  47  0.0004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1761  Radical SAM domain protein  24.32 
 
 		 337 aa  47  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0383887 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0761  Radical SAM domain protein  24.68 
 
 		 340 aa  46.6  0.0006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00535967  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2854  radical SAM domain-containing protein  27.14 
 
 		 337 aa  46.6  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2456  Radical SAM domain protein  23.83 
 
 		 337 aa  45.8  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0917  Radical SAM domain protein  26.19 
 
 		 324 aa  44.7  0.002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1722  pyruvate formate-lyase activating enzyme  30.83 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.461343  normal  0.162758 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1963  Radical SAM domain protein  28.34 
 
 		 334 aa  45.1  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0105086  decreased coverage  0.00565461 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1999  radical SAM domain-containing protein  21.69 
 
 		 351 aa  45.1  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.156539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1006  radical SAM family protein  25.32 
 
 		 336 aa  44.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0539  radical SAM domain-containing protein  25.37 
 
 		 376 aa  43.9  0.003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00688869  normal  0.395603 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0463  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 		 332 aa  44.3  0.003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.838883  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0731  Radical SAM domain protein  26 
 
 		 342 aa  43.5  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00683582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0338  radical SAM domain-containing protein  24.27 
 
 		 348 aa  43.9  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.364245  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2555  Radical SAM domain protein  24.91 
 
 		 366 aa  43.9  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.466932  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1167  radical SAM family protein  22.76 
 
 		 294 aa  43.5  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000619352  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1712  Radical SAM domain protein  19.62 
 
 		 351 aa  43.1  0.006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.465127  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1625  radical SAM domain-containing protein  27.95 
 
 		 363 aa  42.7  0.008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2681  Radical SAM domain protein  26.79 
 
 		 314 aa  42.7  0.009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0480916  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2551  pyruvate formate-lyase activating enzyme-like protein  25.46 
 
 		 354 aa  42.7  0.009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592966  normal  0.73651 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0044  Radical SAM domain protein  24.49 
 
 		 343 aa  42.4  0.01  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.671161  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0388  Radical SAM domain protein  21.85 
 
 		 339 aa  42.4  0.01  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00103201  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>