75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1213 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1213  hypothetical protein  100 
 
 
438 aa  891    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00120298  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1199  hypothetical protein  62.84 
 
 
461 aa  487  1e-136  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.756184 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2667  hypothetical protein  51.16 
 
 
420 aa  266  7e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2323  hypothetical protein  40.87 
 
 
421 aa  263  4e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0417  hypothetical protein  43.18 
 
 
416 aa  238  1e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1147  hypothetical protein  48.61 
 
 
541 aa  231  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1462  hypothetical protein  39.32 
 
 
434 aa  217  4e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0027345 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7194  hypothetical protein  42.38 
 
 
462 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.663693 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1695  hypothetical protein  44.78 
 
 
489 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2697  hypothetical protein  40.91 
 
 
458 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00350074  normal  0.0600961 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1393  hypothetical protein  42.64 
 
 
476 aa  211  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.458413  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4586  hypothetical protein  44.6 
 
 
498 aa  211  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4027  hypothetical protein  36.45 
 
 
501 aa  210  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5354  hypothetical protein  36.7 
 
 
444 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.16204  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3910  hypothetical protein  39.66 
 
 
501 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.318661  normal  0.57421 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5884  hypothetical protein  39.93 
 
 
466 aa  203  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3248  hypothetical protein  40.96 
 
 
473 aa  203  6e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00196068  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3819  hypothetical protein  40.18 
 
 
501 aa  202  7e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0173842 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0885  hypothetical protein  38.55 
 
 
541 aa  202  9e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3382  hypothetical protein  39.87 
 
 
488 aa  199  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0653251  normal  0.705051 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4649  hypothetical protein  43.46 
 
 
486 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1538  lipoprotein  36.62 
 
 
441 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.344103 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2937  hypothetical protein  37.8 
 
 
466 aa  195  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00304135  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3311  hypothetical protein  39.93 
 
 
483 aa  194  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.694942 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3946  hypothetical protein  41.92 
 
 
470 aa  193  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4346  hypothetical protein  39.58 
 
 
500 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.595421  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4142  hypothetical protein  39.58 
 
 
500 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3854  hypothetical protein  40.28 
 
 
490 aa  192  7e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4214  hypothetical protein  39.58 
 
 
500 aa  192  8e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2112  hypothetical protein  36.64 
 
 
484 aa  188  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2129  hypothetical protein  43.3 
 
 
428 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0542526  normal  0.106078 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1473  hypothetical protein  45.49 
 
 
436 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3962  hypothetical protein  29.63 
 
 
442 aa  184  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.514264  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3518  hypothetical protein  39.05 
 
 
481 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.574738  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1130  hypothetical protein  39.38 
 
 
511 aa  179  7e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3623  hypothetical protein  36.89 
 
 
463 aa  179  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.48231  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1484  hypothetical protein  47.95 
 
 
403 aa  177  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0540  hypothetical protein  36.34 
 
 
428 aa  170  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000234519  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1376  hypothetical protein  38.15 
 
 
466 aa  169  8e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1262  hypothetical protein  37.7 
 
 
486 aa  168  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0234925  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3041  hypothetical protein  37.59 
 
 
447 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2410  hypothetical protein  37.59 
 
 
489 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0859513  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00191  hypothetical protein  29.85 
 
 
440 aa  164  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0127  hypothetical protein  32.8 
 
 
585 aa  162  9e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.146537  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0664  putative outer membrane protein  34.86 
 
 
516 aa  161  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0121  hypothetical protein  33.44 
 
 
617 aa  160  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0226467  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0119  hypothetical protein  33.44 
 
 
617 aa  160  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0110  hypothetical protein  31.76 
 
 
617 aa  160  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0222206  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3485  conserved hypothetical protein  33.11 
 
 
617 aa  159  8e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00115  hypothetical protein  33.11 
 
 
617 aa  159  9e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0816115  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00116  hypothetical protein  33.11 
 
 
617 aa  159  9e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.102405  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3542  hypothetical protein  33.11 
 
 
617 aa  159  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346994  normal  0.280347 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0124  hypothetical protein  31.56 
 
 
617 aa  158  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00449065  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2257  hypothetical protein  37.41 
 
 
488 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0403  hypothetical protein  45.28 
 
 
478 aa  154  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.149014 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4077  hypothetical protein  43.51 
 
 
477 aa  145  9e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.844566  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01519  hypothetical protein  38.29 
 
 
605 aa  144  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1201  hypothetical protein  36.99 
 
 
682 aa  144  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00706806 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3637  hypothetical protein  36.17 
 
 
582 aa  143  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4476  hypothetical protein  36.17 
 
 
560 aa  143  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3890  hypothetical protein  36.17 
 
 
560 aa  143  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969879  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2000  hypothetical protein  32.91 
 
 
505 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.94208e-35 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2486  hypothetical protein  35.84 
 
 
755 aa  140  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.835018 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1648  hypothetical protein  40.18 
 
 
550 aa  139  8.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0755492  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2227  hypothetical protein  41.04 
 
 
508 aa  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000137583  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2200  hypothetical protein  35.06 
 
 
553 aa  136  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.920316  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3789  hypothetical protein  40 
 
 
459 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4634  hypothetical protein  43.31 
 
 
544 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149297  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3702  hypothetical protein  34.21 
 
 
415 aa  131  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3170  hypothetical protein  31.09 
 
 
547 aa  127  4.0000000000000003e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.257942 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1561  hypothetical protein  36.05 
 
 
649 aa  127  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.727046  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4037  hypothetical protein  35.68 
 
 
463 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0409  hypothetical protein  40.91 
 
 
527 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282348  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5201  hypothetical protein  37.56 
 
 
465 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2395  hypothetical protein  37.93 
 
 
455 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.165403  hitchhiker  0.00469847 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>