70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0088 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0088  heterodisulfide reductase subunit  100 
 
 		 309 aa  635    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80358  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3428  heterodisulfide reductase subunit  74.84 
 
 		 305 aa  496  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0147  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  72.7 
 
 		 315 aa  488  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3585  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  72.7 
 
 		 315 aa  488  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0027  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  66.12 
 
 		 314 aa  441  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0028  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  65.47 
 
 		 314 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0866  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  64.38 
 
 		 308 aa  419  1e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1111  hydrogenase, iron-sulfur binding protein, putative  36.95 
 
 		 276 aa  210  3e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.346236 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0400  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  37.42 
 
 		 300 aa  205  8e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1258  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.59 
 
 		 276 aa  204  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17790  4Fe-4S protein  35.47 
 
 		 284 aa  204  2e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1304  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.42 
 
 		 276 aa  203  3e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1031  hydrogenase, iron-sulfur binding protein, putative  34.69 
 
 		 278 aa  202  6e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1279  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  34.48 
 
 		 317 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.290847 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0814  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  36.75 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000592821 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1198  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.91 
 
 		 277 aa  196  6e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.94097  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0852  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  38.44 
 
 		 318 aa  195  7e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1355  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.33 
 
 		 320 aa  192  4e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.420984  normal  0.358131 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0139  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.11 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0146  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.11 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1972  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.96 
 
 		 316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2660  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.55 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.403976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3528  hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit, putative  33.77 
 
 		 320 aa  169  6e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2101  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  34.11 
 
 		 482 aa  168  9e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.212274  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1211  hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit, putative  32.78 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0567  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.92 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0829  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  32.21 
 
 		 494 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.330153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0325  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  32.12 
 
 		 501 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.393409 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2313  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.69 
 
 		 318 aa  159  8e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0194  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.69 
 
 		 318 aa  159  8e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1331  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.9 
 
 		 318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1832  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  25.79 
 
 		 425 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000318663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1797  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.52 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.812757  normal  0.948328 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1330  formate dehydrogenase  26.42 
 
 		 370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.342648  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2147  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.12 
 
 		 261 aa  109  7.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0195  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  26 
 
 		 417 aa  108  8.000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0550447  decreased coverage  0.000288361 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0419  Formate dehydrogenase  25.14 
 
 		 382 aa  102  9e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.272376 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0822  formate dehydrogenase  25.94 
 
 		 379 aa  101  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1562  formate dehydrogenase, beta subunit (F420)  24.93 
 
 		 401 aa  99.4  8e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1144  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  21.88 
 
 		 375 aa  97.8  2e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.592396  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0577  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  22.96 
 
 		 374 aa  97.4  3e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2346  Formate dehydrogenase  24.78 
 
 		 380 aa  96.7  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1138  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  22.44 
 
 		 375 aa  88.6  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0813  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  22.79 
 
 		 375 aa  88.2  2e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0607  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  36.63 
 
 		 387 aa  87.4  3e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0980  Formate dehydrogenase  21.9 
 
 		 355 aa  86.7  5e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000894314  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3237  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  24.13 
 
 		 392 aa  85.5  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0217745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1537  formate dehydrogenase, beta subunit (F420)  22.44 
 
 		 375 aa  84  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0761099  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1044  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  35.64 
 
 		 412 aa  82.4  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0606051  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0577  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  33.33 
 
 		 413 aa  81.6  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.32789 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1377  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  32.29 
 
 		 387 aa  80.1  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  decreased coverage  0.00118672  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1378  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  37.62 
 
 		 412 aa  79.7  0.00000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2020  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  33.66 
 
 		 414 aa  79  0.00000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0542  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  32 
 
 		 387 aa  79  0.00000000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0296  formate dehydrogenase, beta subunit (F420)  32.29 
 
 		 387 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.510341  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1623  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  32.35 
 
 		 421 aa  78.2  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0462  formate dehydrogenase, beta subunit (F420)  31.62 
 
 		 414 aa  77.8  0.0000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.522633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0924  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  30.92 
 
 		 417 aa  77.4  0.0000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000000725534 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1058  hypothetical protein  36.63 
 
 		 412 aa  77  0.0000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.550841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1814  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  29.75 
 
 		 414 aa  74.7  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2022  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  30.46 
 
 		 383 aa  66.6  0.0000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.307444  normal  0.958202 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1380  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  30.16 
 
 		 383 aa  65.9  0.0000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1303  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  26.55 
 
 		 337 aa  44.7  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0147  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.04 
 
 		 334 aa  42.7  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0140  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.04 
 
 		 334 aa  42.7  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1257  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.55 
 
 		 337 aa  43.1  0.007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1112  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  27.45 
 
 		 337 aa  42.7  0.008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.338031 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0070  iron-sulfur cluster binding protein  34.15 
 
 		 479 aa  42.7  0.008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0085  iron-sulfur cluster binding protein  34.15 
 
 		 479 aa  42.7  0.009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0111  iron-sulfur cluster binding protein  34.15 
 
 		 479 aa  42.7  0.009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>