22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3884 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3884  CopG domain protein DNA-binding domain protein  100 
 
 
59 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3801  CopG domain protein DNA-binding domain protein  96.61 
 
 
59 aa  114  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4175  CopG/DNA-binding domain-containing protein  75.41 
 
 
61 aa  90.1  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0217937  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3364  hypothetical protein  72.58 
 
 
101 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0056  CopG-like DNA-binding protein  69.84 
 
 
63 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0468  hypothetical protein  79.55 
 
 
60 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.243553  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1587  hypothetical protein  63.83 
 
 
71 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0040985  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0898  CopG/DNA-binding domain-containing protein  61.22 
 
 
74 aa  61.6  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000639023  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0157  hypothetical protein  47.27 
 
 
58 aa  52  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1042  CopG domain protein DNA-binding domain protein  50 
 
 
53 aa  50.8  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.118983 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0531  hypothetical protein  38 
 
 
58 aa  48.5  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3221  CopG domain protein DNA-binding domain protein  47.83 
 
 
54 aa  47.4  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436517  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2417  hypothetical protein  47.06 
 
 
64 aa  47.4  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2937  CopG domain protein DNA-binding domain protein  40 
 
 
91 aa  45.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307395  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1569  CopG family transcriptional regulator  58.33 
 
 
71 aa  45.4  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.684865  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0787  CopG/DNA-binding domain-containing protein  52.5 
 
 
101 aa  45.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3659  CopG/DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
73 aa  44.7  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1356  hypothetical protein  47.73 
 
 
62 aa  44.3  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.275188  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1285  CopG domain protein DNA-binding domain protein  43.1 
 
 
91 aa  43.5  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.81302e-17 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2929  hypothetical protein  45.45 
 
 
62 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0797  hypothetical protein  45.95 
 
 
141 aa  40.8  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3362  hypothetical protein  36.36 
 
 
52 aa  40.8  0.007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000002572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>