61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_1079 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_1079  Hpt protein  100 
 
 		 384 aa  768    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.57713e-26 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3181  multi-sensor hybrid histidine kinase  90.69 
 
 		 817 aa  436  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.182241  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1667  histidine kinase  30.89 
 
 		 537 aa  124  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0824698 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1928  sensor histidine kinase/response regulator  33.48 
 
 		 793 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 		 721 aa  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  33.47 
 
 		 721 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 		 977 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1949  two component hybrid histidine kinase/sensor response regulator  29.92 
 
 		 833 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0779  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 		 754 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3744  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 		 479 aa  99.4  9e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0408317  normal  0.996792 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1570  Signal transduction histidine kinase-like  29.32 
 
 		 666 aa  96.7  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.733845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.27 
 
 		 486 aa  95.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0161289 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3450  Hpt sensor hybrid histidine kinase  39.55 
 
 		 718 aa  86.3  8e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000325842 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0811  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.88 
 
 		 724 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.86 
 
 		 1078 aa  80.1  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4006  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.36 
 
 		 782 aa  77  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0664  ATP-binding region, ATPase-like protein  25.82 
 
 		 853 aa  77  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2463  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.08 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.735637  normal  0.0793518 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2314  histidine kinase  26.67 
 
 		 487 aa  72.4  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.421015  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2370  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.13 
 
 		 899 aa  72  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.382891  normal  0.337313 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2575  sensor histidine kinase/response regulator  36.36 
 
 		 850 aa  64.3  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.59 
 
 		 682 aa  63.5  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4600  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.76 
 
 		 670 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0221313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4466  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.76 
 
 		 670 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00396259  normal  0.48891 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.12 
 
 		 637 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00518109  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2787  Hpt sensor hybrid histidine kinase  23.97 
 
 		 909 aa  58.2  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0319908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.87 
 
 		 703 aa  57.4  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.35 
 
 		 929 aa  56.6  0.0000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.4 
 
 		 681 aa  55.1  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1549  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 		 1199 aa  53.9  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  43.48 
 
 		 982 aa  53.1  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1355  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.75 
 
 		 895 aa  52.8  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.89 
 
 		 781 aa  52.4  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01894  hypothetical protein  25.13 
 
 		 663 aa  52.4  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00344016  normal  0.44222 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1550  putative PAS/PAC sensor protein  28.16 
 
 		 556 aa  52.4  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.21 
 
 		 1118 aa  50.1  0.00006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3445  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 		 717 aa  50.4  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0985  Hpt domain-containing protein  29.63 
 
 		 128 aa  49.7  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2818  Hpt protein  32.91 
 
 		 127 aa  49.7  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0345931 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4499  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 		 674 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.278807  normal  0.486911 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2078  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 		 990 aa  48.1  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.553649  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 		 676 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 		 676 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0906179 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1505  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.18 
 
 		 818 aa  47  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1668  sensory box histidine kinase/response regulator  30.91 
 
 		 115 aa  47  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00154762  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0957  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 		 676 aa  46.6  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1592  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.63 
 
 		 823 aa  46.6  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000214692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.54 
 
 		 1004 aa  46.2  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.54 
 
 		 1059 aa  46.2  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02508  probable sensor/response hybrid, putative  29.76 
 
 		 120 aa  46.2  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.850593  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.62 
 
 		 1692 aa  46.2  0.001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4089  PAS  35.82 
 
 		 678 aa  43.9  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.465781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2452  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.11 
 
 		 1177 aa  44.3  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4395  sensory box histidine kinase  35.82 
 
 		 678 aa  43.9  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.54023  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.53 
 
 		 818 aa  43.5  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4037  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  24.19 
 
 		 659 aa  43.5  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57170  putative two-component sensor  37.88 
 
 		 698 aa  43.1  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.59 
 
 		 993 aa  43.1  0.008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1381  Signal transduction histidine kinase-like protein  26.43 
 
 		 1468 aa  43.1  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.770562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 		 1240 aa  43.1  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4423  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 		 678 aa  42.7  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>