64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5834 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_5834  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
78 aa  160  7e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.577316 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0771  putative transcriptional regulator  93.59 
 
 
78 aa  152  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.707589  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1754  DNA binding domain-containing protein  76.12 
 
 
79 aa  104  4e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.988357  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1818  DNA binding domain protein, excisionase family  71.64 
 
 
71 aa  103  6e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08700  DNA-binding protein, excisionase family  71.62 
 
 
76 aa  100  5e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.687814 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1213  DNA binding domain-containing protein  60.81 
 
 
81 aa  98.2  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.134195  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1373  DNA binding domain protein, excisionase family  63.64 
 
 
76 aa  97.1  7e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.150452  normal  0.608201 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20560  hypothetical protein  75 
 
 
79 aa  94  5e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2321  DNA binding domain protein, excisionase family  74.19 
 
 
74 aa  94  7e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.842741  hitchhiker  0.0000766281 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0975  DNA binding domain-containing protein  64.29 
 
 
76 aa  93.2  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.339599  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3803  putative transcriptional regulator  68.66 
 
 
75 aa  91.7  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0056722  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0912  excision promoter, Xis  61.97 
 
 
76 aa  90.9  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.5021 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4273  DNA binding domain protein, excisionase family  69.49 
 
 
91 aa  81.3  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.156451  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2501  Prophage CP4-57 regulatory  57.97 
 
 
69 aa  80.9  0.000000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1256  DNA binding domain protein, excisionase family  69.09 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0879674 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14660  DNA-binding protein, excisionase family  65.57 
 
 
74 aa  79.3  0.00000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2433  DNA binding domain protein, excisionase family  64.81 
 
 
71 aa  72.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0216773 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2702  DNA binding domain-containing protein  64.81 
 
 
71 aa  72.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.265646  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4404  DNA binding domain-containing protein  49.33 
 
 
96 aa  73.2  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00533805  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4229  DNA binding domain-containing protein  48 
 
 
96 aa  72  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.0000299969  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4635  DNA binding domain protein, excisionase family  44.12 
 
 
98 aa  62.8  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0271  excisionase/Xis, DNA-binding  40.68 
 
 
139 aa  50.8  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000397414  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0344  DNA binding domain protein, excisionase family  38.18 
 
 
56 aa  48.5  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01114  hypothetical protein  42.59 
 
 
56 aa  48.1  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3301  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 
84 aa  46.6  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3099  excision promoter, Xis  36.36 
 
 
70 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1237  putative transcriptional regulator  38.89 
 
 
74 aa  46.2  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2780  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 
57 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0923797  normal  0.386289 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8339  excision promoter, Xis  37.04 
 
 
74 aa  45.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2705  excisionase/Xis, DNA-binding  37.04 
 
 
77 aa  45.4  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.34571  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4353  putative transcriptional regulator  40.32 
 
 
74 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0537  hypothetical protein  38.89 
 
 
67 aa  44.3  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0484  DNA binding domain-containing protein  30.36 
 
 
67 aa  44.3  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.111356  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0912  DNA binding domain protein, excisionase family  37.04 
 
 
78 aa  44.3  0.0006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4450  DNA binding domain protein, excisionase family  38.89 
 
 
67 aa  44.3  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2744  DNA binding domain protein, excisionase family  39.22 
 
 
78 aa  43.9  0.0007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.587836  hitchhiker  0.00613887 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0413  DNA binding domain-containing protein  35.09 
 
 
69 aa  43.5  0.0009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229992 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0612  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 
66 aa  43.5  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274045  normal  0.0916726 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0244  DNA binding domain-containing protein  35.19 
 
 
85 aa  43.5  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00265398  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0251  excisionase family DNA binding domain-containing protein  37.04 
 
 
67 aa  42.7  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23187  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02760  DNA-binding protein, excisionase family  37.04 
 
 
71 aa  42.7  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5007  DNA binding domain protein, excisionase family  37.04 
 
 
67 aa  42.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0520811  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5607  MerR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
333 aa  42.4  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2614  phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 
75 aa  42.7  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1532  DNA binding domain-containing protein  33.93 
 
 
201 aa  42.7  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  unclonable  0.0000000035753  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1790  DNA binding domain-containing protein  31.17 
 
 
155 aa  41.6  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0661  DNA binding domain protein, excisionase family  33.96 
 
 
80 aa  42  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1923  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 
65 aa  42  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.151509  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1004  DNA binding domain protein, excisionase family  33.33 
 
 
82 aa  42  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0343  DNA binding domain-containing protein  33.33 
 
 
69 aa  42  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.683411  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3263  excision promoter, Xis  36 
 
 
75 aa  41.2  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6523  prophage CP4-57 regulatory  47.92 
 
 
69 aa  41.6  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1737  DNA binding domain protein, excisionase family  44.68 
 
 
315 aa  41.2  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4561  DNA binding domain protein, excisionase family  35.82 
 
 
335 aa  40.8  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000373649  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1600  excisionase/Xis, DNA-binding protein  42.86 
 
 
71 aa  40.8  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.607243  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6742  DNA binding domain protein, excisionase family  35.85 
 
 
70 aa  40.8  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3553  phage transcriptional regulator, AlpA  40.38 
 
 
126 aa  40.8  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.654297  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2677  DNA binding domain protein, excisionase family  36.07 
 
 
248 aa  40.4  0.008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000367572  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1759  hypothetical protein  35.82 
 
 
70 aa  40.4  0.008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1182  phage transcriptional regulator, AlpA  40.38 
 
 
72 aa  40.4  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.592067  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0057  hypothetical protein  37.74 
 
 
333 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.027225  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2531  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 
66 aa  40  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  hitchhiker  0.000129846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15570  hypothetical protein  38.46 
 
 
66 aa  40  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000408648  unclonable  2.14199e-22 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3029  DNA binding domain protein, excisionase family  38.46 
 
 
137 aa  40  0.01  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.029266 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>