124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3987 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3987  regulatory protein TetR  100 
 
 		 71 aa  142  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.934886  normal  0.80843 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7123  TetR family transcriptional regulator  88.06 
 
 		 200 aa  121  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8533  putative transcriptional regulator, TetR family  73.21 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00958176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2237  transcriptional regulator, TetR family  56.94 
 
 		 214 aa  77.4  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00985462  hitchhiker  0.00000967235 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3877  TetR family transcriptional regulator  59.65 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.208498 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  61.4 
 
 		 202 aa  66.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0291  putative transcriptional regulator, TetR family  58.93 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5092  putative transcriptional regulator, TetR family  61.54 
 
 		 206 aa  63.5  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.318569  normal  0.657816 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1156  TetR family transcriptional regulator  61.4 
 
 		 192 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00478832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0780  transcriptional regulator, TetR family  54.1 
 
 		 205 aa  61.6  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00331259  decreased coverage  0.000414604 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1157  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.225528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0350  TetR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.378963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0102  transcriptional regulator, TetR family  62.5 
 
 		 192 aa  59.3  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0384  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4216  transcriptional regulator, TetR family  49.3 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  60.42 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  58.49 
 
 		 208 aa  58.2  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5385  transcriptional regulator, TetR family  58.33 
 
 		 213 aa  58.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0901691 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  52.54 
 
 		 208 aa  58.2  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0409  TetR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 192 aa  57.4  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0418  TetR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 192 aa  57.4  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.602911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0397  TetR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 192 aa  57.4  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.188282 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  60.42 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5173  TetR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.319514 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1677  transcriptional regulator, TetR family  60.42 
 
 		 257 aa  55.5  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.981661 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4473  putative transcriptional regulator, TetR family  48.65 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.446518  normal  0.220039 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2044  transcriptional regulator, TetR family  46.43 
 
 		 217 aa  54.3  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713085  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1155  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 223 aa  54.7  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.931412 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5284  transcriptional regulator, TetR family  50.82 
 
 		 217 aa  53.9  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4757  TetR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 247 aa  53.5  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5636  transcriptional regulator, TetR family  57.45 
 
 		 202 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.500793 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4397  transcriptional regulator, TetR family  59.57 
 
 		 209 aa  52.4  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0053  transcriptional regulator, TetR family  47.37 
 
 		 212 aa  51.6  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1728  TetR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 214 aa  51.6  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3172  transcriptional regulator, TetR family  48.33 
 
 		 198 aa  51.6  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3095  transcriptional regulator, TetR family  44.07 
 
 		 192 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000942813  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5563  transcriptional regulator, TetR family  43.48 
 
 		 246 aa  51.2  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.811394 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3846  transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 		 206 aa  50.4  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213396  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0667  transcriptional regulator, TetR family  59.65 
 
 		 209 aa  50.8  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1291  transcriptional regulator, TetR family  65 
 
 		 190 aa  50.4  0.000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.170651  normal  0.326718 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5023  TetR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 202 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0907  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 202 aa  50.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06680  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 200 aa  49.7  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2488  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 215 aa  49.7  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.930531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  52.73 
 
 		 248 aa  50.1  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6288  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 237 aa  48.9  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4988  transcriptional regulator, TetR family  58.7 
 
 		 246 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23360  transcriptional regulator, tetR family  56.25 
 
 		 206 aa  49.3  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.445238  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  42.25 
 
 		 216 aa  48.5  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1928  transcriptional regulator, TetR family  47.46 
 
 		 235 aa  48.9  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8148  putative transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 221 aa  48.5  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.882729 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2833  transcriptional regulator, TetR family  42.62 
 
 		 224 aa  48.9  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.889648 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4839  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 215 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0941729 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4457  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 215 aa  47.8  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4544  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 215 aa  47.8  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2883  transcriptional regulator, TetR family  46.77 
 
 		 195 aa  47.8  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.256454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3845  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 209 aa  47.8  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00359694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5175  putative transcriptional regulator, TetR family  48.94 
 
 		 205 aa  47.8  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0125916  hitchhiker  0.00846982 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 204 aa  47.4  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2609  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 204 aa  47.4  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0227  transcriptional regulator, TetR family  57.5 
 
 		 247 aa  46.6  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.543112  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5054  putative transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 201 aa  46.6  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.613298 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0267  transcriptional regulator, TetR family  53.06 
 
 		 217 aa  45.4  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.173198  hitchhiker  0.00351225 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4318  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 214 aa  45.4  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.419772 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3328  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 226 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 203 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2308  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 200 aa  45.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.594902 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4463  transcriptional regulator, TetR family  55.32 
 
 		 204 aa  46.2  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0257  transcriptional regulator, TetR family  53.49 
 
 		 183 aa  45.4  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.115958 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2525  transcriptional regulator, TetR family  58.7 
 
 		 200 aa  45.8  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7250  transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 		 252 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3806  transcriptional regulator, TetR family  36.23 
 
 		 209 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.238661 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 201 aa  44.7  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3919  transcriptional regulator, TetR family  36.23 
 
 		 209 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2672  TetR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 217 aa  44.7  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 211 aa  44.7  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3949  transcriptional regulator, TetR family  53.19 
 
 		 210 aa  44.3  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0865952  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2165  putative transcriptional regulator, TetR family  47.92 
 
 		 215 aa  43.9  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.367605  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2071  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 206 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14590  transcriptional regulator, tetR family  41.38 
 
 		 200 aa  43.9  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0786  putative transcriptional regulator, TetR family  51.11 
 
 		 215 aa  43.9  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000169887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 251 aa  43.5  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4515  TetR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 221 aa  43.9  0.0009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1764  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 211 aa  43.5  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.162555 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5460  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1276  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 241 aa  43.5  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.296602  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2236  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 211 aa  43.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.226682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3184  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 207 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.13539  normal  0.42811 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2116  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 192 aa  43.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4877  transcriptional regulator, TetR family  46.81 
 
 		 201 aa  42.7  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1275  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 200 aa  43.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1028  regulatory protein TetR  44.68 
 
 		 262 aa  43.5  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.190494  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1647  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 215 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4128  transcriptional regulator, TetR family  42.59 
 
 		 218 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3333  transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 		 202 aa  42.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.202273 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4864  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 236 aa  42.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4296  transcriptional regulator, TetR family  44.23 
 
 		 212 aa  42.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0100  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 218 aa  42  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0488762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  41.18 
 
 		 221 aa  42  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1989  transcriptional regulator, TetR family  48.98 
 
 		 216 aa  42  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>