186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3935 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3935  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 174 aa  347  3e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00534901 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2615  transcriptional regulator, TetR family  41.87 
 
 		 216 aa  97.4  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8965  putative transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 		 173 aa  75.1  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2209  putative transcriptional regulator, TetR family  36.13 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.594451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4348  TetR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 174 aa  72  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3964  regulatory protein, TetR  47.83 
 
 		 174 aa  70.1  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2757  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 179 aa  70.1  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.331612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6201  transcriptional regulator, TetR family  56.52 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0829103  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0597  TetR family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 194 aa  69.7  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1452  transcriptional regulator, TetR family  48.61 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6123  transcriptional regulator, TetR family  55.88 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.417481  normal  0.0113351 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2344  TetR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 195 aa  67.8  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.914652  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3327  transcriptional regulator, TetR family  54.29 
 
 		 185 aa  68.2  0.00000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.11213  normal  0.13372 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4437  TetR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 192 aa  67.8  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3360  putative transcriptional regulator, TetR family  41.49 
 
 		 195 aa  67.4  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0575014  normal  0.0807522 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0606  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 194 aa  67  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.288267  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3849  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 		 211 aa  67  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.782429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0619  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 194 aa  67  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.594999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1133  transcriptional regulator, TetR family  56.67 
 
 		 206 aa  67  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.660169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2182  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5792  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6450  putative transcriptional regulator, TetR family  51.43 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000363867  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4823  transcriptional regulator, TetR family  52.05 
 
 		 219 aa  65.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4153  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 201 aa  65.9  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3643  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 193 aa  65.1  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.259475 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2714  transcriptional regulator, TetR family  50.75 
 
 		 183 aa  64.3  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000000526113  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2539  TetR family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.480569  hitchhiker  0.0000324052 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3313  transcriptional regulator, TetR family  43.3 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0137945 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2786  regulatory protein TetR  30.21 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4328  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5011  putative transcriptional regulator, TetR family  29.83 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_003296  RS05498  putative transcription regulator protein  45.83 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.806773 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0144  transcriptional regulator, TetR family  54.55 
 
 		 192 aa  62.4  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2460  transcriptional regulator TetR family  43.42 
 
 		 231 aa  62.4  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.337543  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2095  transcriptional regulator, TetR family  47.14 
 
 		 194 aa  62  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.546455  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2402  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 259 aa  61.6  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0404395  hitchhiker  0.00830545 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0331  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4423  regulatory protein TetR  51.61 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310024  normal  0.345836 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2527  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0257  transcriptional regulator, TetR family  47.83 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0512  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5174  putative transcriptional regulator, TetR family  39.76 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0107413  hitchhiker  0.00860579 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1139  TetR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.564798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3889  transcriptional regulator, TetR family  49.25 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.110513  normal  0.292317 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2583  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2145  regulatory protein TetR  49.28 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4782  transcriptional regulator, TetR family  48.44 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.682663 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5863  transcriptional regulator, TetR family  41.03 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.602897  normal  0.34108 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1469  regulatory protein TetR  54.1 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.520835 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4514  TetR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 202 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.603185  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0435  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 184 aa  57.4  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3163  putative transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4327  regulatory protein, TetR  38.26 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.809003  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5119  transcriptional regulator, TetR family  44.29 
 
 		 189 aa  56.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.891225  normal  0.419875 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6680  transcriptional regulator, TetR family  45.31 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.933684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4743  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.832036  normal  0.727268 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5172  transcriptional regulator, TetR family  46.48 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2868  TetR family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0239599 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2770  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0403  transcriptional regulator, TetR family  46.58 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472446  normal  0.522596 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7965  transcriptional regulator, TetR family  51.79 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1060  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1543  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 236 aa  55.1  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.470889 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0528  TetR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 192 aa  54.7  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2446  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 229 aa  54.7  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.8444  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4273  regulatory protein TetR  39.83 
 
 		 190 aa  54.3  0.0000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.532743  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2753  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 197 aa  54.3  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.920315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6198  transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 		 193 aa  54.3  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.533125  normal  0.545762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0143  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 266 aa  54.3  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170765  normal  0.0134311 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6635  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 214 aa  54.3  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0327  TetR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 211 aa  54.3  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3089  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 194 aa  53.5  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.544244  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3286  transcriptional regulator, TetR family  33.07 
 
 		 192 aa  53.9  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0523  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 184 aa  53.9  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2443  transcriptional regulator, TetR family  51.67 
 
 		 229 aa  53.9  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0220439  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6690  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 250 aa  53.9  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0401  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 245 aa  52.8  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0464223  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0034  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2194  regulatory protein, TetR  41.18 
 
 		 218 aa  52.8  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0043  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00545933 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0024  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.823038 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0142  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 184 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2647  transcriptional regulator, TetR family  45.31 
 
 		 217 aa  53.1  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3217  TetR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4122  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 204 aa  53.1  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.937449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1050  transcriptional regulator, TetR family  46.48 
 
 		 193 aa  53.1  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0767  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 227 aa  52.8  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.148012 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0551  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 213 aa  53.1  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2557  transcriptional regulator, TetR family  37.23 
 
 		 186 aa  52.4  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2165  transcriptional regulator, TetR family  47.83 
 
 		 188 aa  52.8  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.289199  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5801  regulatory protein TetR  46.97 
 
 		 190 aa  52.4  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.813515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2004  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 193 aa  52.4  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.028996  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3736  transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 		 210 aa  52  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1788  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 194 aa  51.6  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0329  transcriptional regulator, TetR family  48.57 
 
 		 196 aa  51.2  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.330162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8507  putative transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 		 199 aa  51.6  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4064  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 196 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.528803  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0423  transcriptional regulator, TetR family  46.38 
 
 		 184 aa  51.2  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.567311  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0763  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.711774 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>