254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2644 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0763  helicase, putative  58.2 
 
 		 907 aa  1024    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.81938  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0438  helicase, putative  68.97 
 
 		 914 aa  1263    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0999  helicase, putative  46.3 
 
 		 896 aa  788    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.303006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02880  hypothetical protein  63.34 
 
 		 914 aa  1189    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2644  helicase, putative  100 
 
 		 902 aa  1866    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  26.64 
 
 		 744 aa  92.4  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  27.98 
 
 		 736 aa  86.7  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4969  helicase, putative  70.18 
 
 		 73 aa  85.9  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955104 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  26.96 
 
 		 728 aa  85.1  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  23.52 
 
 		 726 aa  83.2  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  23.69 
 
 		 735 aa  79  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  24.57 
 
 		 688 aa  78.2  0.0000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  26.75 
 
 		 731 aa  77  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  25.87 
 
 		 733 aa  75.9  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  24.12 
 
 		 736 aa  75.9  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  25.98 
 
 		 727 aa  75.1  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  25.06 
 
 		 738 aa  74.7  0.000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  25.87 
 
 		 733 aa  73.9  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  24.95 
 
 		 750 aa  72.8  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  26.97 
 
 		 731 aa  72.4  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  24.02 
 
 		 637 aa  69.3  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  22.43 
 
 		 728 aa  68.6  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  25 
 
 		 741 aa  67.4  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000501325  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  24.05 
 
 		 998 aa  67.4  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  24.13 
 
 		 952 aa  65.9  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  26.55 
 
 		 369 aa  65.5  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  22.7 
 
 		 728 aa  65.5  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25 
 
 		 744 aa  65.1  0.000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  26.13 
 
 		 825 aa  65.5  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  23.93 
 
 		 968 aa  65.1  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  23.7 
 
 		 952 aa  64.7  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  24.05 
 
 		 976 aa  64.7  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  24.05 
 
 		 976 aa  64.7  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2294  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  23.82 
 
 		 598 aa  63.9  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1856  glycosysltransferase  23.76 
 
 		 438 aa  63.9  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.51 
 
 		 580 aa  63.5  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  22.97 
 
 		 1025 aa  63.5  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  24.09 
 
 		 739 aa  63.5  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  26.5 
 
 		 369 aa  63.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  25 
 
 		 659 aa  63.5  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0527  AAA ATPase  25.06 
 
 		 517 aa  63.2  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.55626  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  25.88 
 
 		 733 aa  63.2  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2085  exodeoxyribonuclease V  25 
 
 		 732 aa  63.2  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  27.3 
 
 		 373 aa  63.5  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  24.82 
 
 		 744 aa  63.2  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  27.41 
 
 		 728 aa  63.2  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  26.27 
 
 		 722 aa  62.8  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  23.56 
 
 		 768 aa  62.8  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.22 
 
 		 580 aa  62.8  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4627  RecD/TraA family helicase  21.65 
 
 		 871 aa  62.8  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0750551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  27.3 
 
 		 373 aa  62.8  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0914  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.22 
 
 		 580 aa  62.8  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  25.49 
 
 		 369 aa  62.8  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3190  RecD/TraA family helicase  25.43 
 
 		 710 aa  62.4  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.56818  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  24.69 
 
 		 369 aa  62  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2305  AAA ATPase  24.23 
 
 		 747 aa  62  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476827  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  24.94 
 
 		 369 aa  61.6  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  26.8 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2723  helicase, RecD/TraA family  25.42 
 
 		 724 aa  61.2  0.00000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  21.23 
 
 		 727 aa  60.5  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  23.52 
 
 		 1034 aa  60.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  24.88 
 
 		 397 aa  60.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  22.62 
 
 		 742 aa  60.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.11 
 
 		 555 aa  60.8  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  22.14 
 
 		 982 aa  60.1  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  23.8 
 
 		 762 aa  60.1  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  21.56 
 
 		 579 aa  59.7  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  23.27 
 
 		 985 aa  59.7  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  24.69 
 
 		 726 aa  59.7  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  24.76 
 
 		 728 aa  59.3  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  26.8 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.04 
 
 		 769 aa  59.3  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  23.99 
 
 		 742 aa  58.9  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0253  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.46 
 
 		 584 aa  58.9  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  23.3 
 
 		 551 aa  58.9  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0906  ATP-dependent DNA helicase RecD/TraA  25.37 
 
 		 740 aa  58.5  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.618422  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  24.04 
 
 		 737 aa  58.5  0.0000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  25.35 
 
 		 728 aa  58.5  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  22.64 
 
 		 710 aa  58.5  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  24.52 
 
 		 736 aa  58.2  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1852  ATPase  23.85 
 
 		 745 aa  58.5  0.0000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  24.01 
 
 		 725 aa  58.5  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  22.67 
 
 		 1039 aa  58.5  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  23.81 
 
 		 740 aa  58.2  0.0000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  24.92 
 
 		 726 aa  58.2  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  26.79 
 
 		 728 aa  57.8  0.0000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0062  TPR domain-containing protein  23 
 
 		 680 aa  57  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  23.33 
 
 		 369 aa  57.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  23.74 
 
 		 754 aa  57.4  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  28.01 
 
 		 792 aa  57.4  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  23.62 
 
 		 738 aa  57  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  24.48 
 
 		 740 aa  56.6  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  23.72 
 
 		 731 aa  57  0.000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  29.74 
 
 		 1014 aa  57  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  22.85 
 
 		 738 aa  56.6  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1903  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  25 
 
 		 833 aa  57  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_718  predicted protein  31.94 
 
 		 772 aa  56.2  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0625209  normal  0.543331 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  23.9 
 
 		 599 aa  55.8  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  25.95 
 
 		 375 aa  55.8  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  25.07 
 
 		 749 aa  56.2  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>