More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4545 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_4545  60 kDa inner membrane insertion protein  100 
 
 
462 aa  929    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.374078  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7338  60 kDa inner membrane insertion protein  64.66 
 
 
461 aa  591  1e-168  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.655276  normal  0.710284 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5093  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  41.83 
 
 
385 aa  238  1e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4590  60 kDa inner membrane insertion protein  40.85 
 
 
370 aa  238  2e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000213459  hitchhiker  0.000511998 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5108  60 kDa inner membrane insertion protein  40.07 
 
 
338 aa  224  3e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.3246  unclonable  0.0000000218761 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3114  hypothetical protein  40.07 
 
 
308 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00051538  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6484  60 kDa inner membrane insertion protein  39.78 
 
 
366 aa  206  6e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0489623  normal  0.0985763 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4697  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.86 
 
 
363 aa  203  4e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.164692  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2158  60 kDa inner membrane insertion protein  42.75 
 
 
315 aa  202  8e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9387  Preprotein translocase subunit YidC-like protein  38.11 
 
 
316 aa  193  7e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.171326  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4982  60 kDa inner membrane insertion protein  38.11 
 
 
351 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0831  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.2 
 
 
376 aa  189  7e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.983915 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3727  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  34.78 
 
 
384 aa  186  9e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0259418 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4510  60 kDa inner membrane insertion protein  41.22 
 
 
337 aa  185  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00390743 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5412  60 kDa inner membrane insertion protein  33.7 
 
 
385 aa  181  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6075  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.15 
 
 
374 aa  181  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0948503  normal  0.176118 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7097  60 kDa inner membrane insertion protein  34.31 
 
 
358 aa  182  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.123004  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4865  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  39.62 
 
 
314 aa  178  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00439173  hitchhiker  0.00579415 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3593  60 kDa inner membrane insertion protein  38.71 
 
 
318 aa  178  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.694867  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5786  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.63 
 
 
367 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.411114  normal  0.0214928 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3376  60 kDa inner membrane insertion protein  36.06 
 
 
314 aa  178  2e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39770  preprotein translocase subunit YidC  34.19 
 
 
346 aa  176  9e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00795721  normal  0.66233 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_38030  preprotein translocase subunit YidC  34.91 
 
 
365 aa  175  9.999999999999999e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4861  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  30.64 
 
 
411 aa  174  3.9999999999999995e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13956  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.61 
 
 
366 aa  172  1e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3934  60 kDa inner membrane insertion protein  34.95 
 
 
324 aa  172  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000149067 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5410  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.7 
 
 
367 aa  169  9e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0005  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.7 
 
 
367 aa  169  9e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.118578  normal  0.0820348 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4169  60 kDa inner membrane insertion protein  34.54 
 
 
324 aa  168  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.746972  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2731  60 kDa inner membrane insertion protein  33.94 
 
 
334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.450801  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2555  60 kDa inner membrane insertion protein  36.94 
 
 
315 aa  162  9e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000456374  normal  0.353956 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4222  60 kDa inner membrane insertion protein  37.87 
 
 
382 aa  160  5e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127281  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4240  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  32.18 
 
 
390 aa  157  5.0000000000000005e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.148163  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_27010  preprotein translocase subunit YidC  32.24 
 
 
350 aa  156  8e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9053  60 kDa inner membrane insertion protein  35.69 
 
 
328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0282585  normal  0.514683 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31950  preprotein translocase subunit YidC  33.46 
 
 
366 aa  149  7e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2751  60 kDa inner membrane insertion protein  35.07 
 
 
266 aa  144  3e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00963122 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1908  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  35.48 
 
 
287 aa  141  3e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.339589  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3047  60 kDa inner membrane insertion protein  33.58 
 
 
275 aa  139  8.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00000560041  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23450  preprotein translocase subunit YidC  33.12 
 
 
332 aa  139  1e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.46 
 
 
584 aa  121  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0662479 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1623  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.6 
 
 
517 aa  118  1.9999999999999998e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  30 
 
 
575 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4620  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.87 
 
 
581 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2760  60 kDa inner membrane insertion protein  30.64 
 
 
341 aa  117  6e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644122  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1393  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  31.33 
 
 
532 aa  117  6e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5637  OxaA-like protein precursor  29.8 
 
 
255 aa  116  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.951297  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0705  60 kDa inner membrane insertion protein  36.21 
 
 
268 aa  116  8.999999999999998e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00153536  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.13 
 
 
560 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3431  OxaA-like protein precursor  30.58 
 
 
256 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000222653  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5322  OxaA-like protein precursor  29.41 
 
 
255 aa  114  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.409244 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_3334  Oxa1 family transporter: 60 KD inner membrane protein OxaA-like protein  32.27 
 
 
271 aa  114  3e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.890029  normal  0.0824042 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5612  inner membrane protein, 60 kDa  29.57 
 
 
562 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  29.57 
 
 
551 aa  114  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  0.00000000260158 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3757  protein translocase subunit yidC  29.48 
 
 
556 aa  114  5e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.189784 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0817  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.2 
 
 
632 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6369  putative inner membrane protein translocase component YidC  30 
 
 
578 aa  113  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5134  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.57 
 
 
563 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0578  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.16 
 
 
600 aa  113  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.1977  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5613  OxaA-like protein precursor  30.04 
 
 
258 aa  113  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.508196  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4026  OxaA-like protein precursor  29.41 
 
 
255 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.677321  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  29.06 
 
 
562 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73410  putative inner membrane protein translocase component YidC  30 
 
 
578 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.431479  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2388  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.7 
 
 
566 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00758023  hitchhiker  0.00000120585 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5596  OxaA-like protein precursor  29.02 
 
 
255 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5339  OxaA-like protein precursor  29.02 
 
 
255 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131872  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5167  OxaA-like protein precursor  29.02 
 
 
255 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000191232  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5183  OxaA-like protein precursor  29.02 
 
 
255 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000628839  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  31.28 
 
 
547 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5736  OxaA-like protein precursor  29.02 
 
 
255 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.557445  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1196  60 kDa inner membrane insertion protein  32.76 
 
 
313 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00000975332  decreased coverage  0.000283466 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3965  60 kDa inner membrane insertion protein  31.09 
 
 
330 aa  111  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.255718  normal  0.0997602 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0133  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.02 
 
 
541 aa  111  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0580569  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5279  OxaA-like protein precursor  28.63 
 
 
255 aa  111  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.127032  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52450  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.14 
 
 
557 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0006  putative inner membrane protein translocase component YidC  27.83 
 
 
560 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5213  putative inner membrane protein translocase component YidC  27.83 
 
 
560 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5444  putative inner membrane protein translocase component YidC  27.83 
 
 
560 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5309  putative inner membrane protein translocase component YidC  27.83 
 
 
560 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.910149  normal  0.0868042 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  30.68 
 
 
552 aa  110  7.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2367  protein translocase subunit yidC  30.04 
 
 
291 aa  110  8.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000622766  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5673  OxaA-like protein precursor  29.02 
 
 
255 aa  109  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1439  preprotein translocase subunit  27.7 
 
 
335 aa  108  1e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1427  60 kDa inner membrane insertion protein  30.51 
 
 
345 aa  109  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.739034  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1361  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.91 
 
 
607 aa  108  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914877  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.69 
 
 
567 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2394  protein translocase subunit yidC  28.08 
 
 
536 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000698908  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2597  60 kDa inner membrane insertion protein  28.15 
 
 
553 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.953083  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2473  putative inner membrane protein translocase component YidC  27.39 
 
 
564 aa  107  4e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000743267 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  27.73 
 
 
570 aa  107  5e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1023  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.08 
 
 
610 aa  107  6e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2514  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.87 
 
 
541 aa  107  6e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130871  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3074  hypothetical protein  29.66 
 
 
556 aa  107  6e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0964  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.08 
 
 
610 aa  107  6e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2930  hypothetical protein  29.66 
 
 
556 aa  107  7e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2144  putative inner membrane protein translocase component YidC  27.39 
 
 
565 aa  106  7e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00651842  unclonable  0.00000165557 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0448  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.09 
 
 
544 aa  107  7e-22  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1831  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.95 
 
 
518 aa  106  8e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4264  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.34 
 
 
543 aa  106  9e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00254597  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4035  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.75 
 
 
543 aa  106  9e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.247258  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>