More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4412 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_4412  geranylgeranyl reductase  100 
 
 
426 aa  815    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0475548  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0162  geranylgeranyl reductase  67.46 
 
 
392 aa  478  1e-133  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.555099  normal  0.0738774 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  48.08 
 
 
382 aa  299  8e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2391  geranylgeranyl reductase  46.1 
 
 
375 aa  270  4e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  34.26 
 
 
378 aa  145  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  36.17 
 
 
375 aa  139  1e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  27.3 
 
 
387 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  33.03 
 
 
384 aa  126  8.000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  26.11 
 
 
376 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  30.21 
 
 
379 aa  109  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  25.41 
 
 
370 aa  102  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  28.11 
 
 
382 aa  102  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  30.3 
 
 
389 aa  101  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  32.23 
 
 
384 aa  100  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  30.77 
 
 
380 aa  100  5e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1604  geranylgeranyl reductase  28.75 
 
 
391 aa  99  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  30.38 
 
 
380 aa  96.3  8e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  31.94 
 
 
368 aa  96.3  9e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  31.52 
 
 
384 aa  95.9  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  25.33 
 
 
368 aa  94.7  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  27.98 
 
 
393 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  26.18 
 
 
373 aa  93.6  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  34.56 
 
 
376 aa  94  5e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05461  NAD binding site  22.77 
 
 
377 aa  94  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  30.03 
 
 
393 aa  94  5e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  32.33 
 
 
418 aa  93.2  8e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  25.42 
 
 
385 aa  92.8  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  35.65 
 
 
419 aa  92.8  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  29.35 
 
 
379 aa  92.4  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  28.49 
 
 
398 aa  92.8  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  31.49 
 
 
403 aa  91.7  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05761  NAD binding site  22.51 
 
 
377 aa  90.1  6e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.680324  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  32.11 
 
 
400 aa  89.7  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  27.88 
 
 
379 aa  89.7  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  31.12 
 
 
430 aa  89  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  28.04 
 
 
423 aa  87.8  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  29.03 
 
 
380 aa  87.8  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  31.03 
 
 
424 aa  87.8  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  30.13 
 
 
362 aa  86.7  6e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  29.73 
 
 
425 aa  87  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  27.8 
 
 
374 aa  85.9  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  31.92 
 
 
431 aa  85.1  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  29.77 
 
 
423 aa  84.7  0.000000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  30.69 
 
 
423 aa  84  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2299  geranylgeranyl reductase  28.27 
 
 
374 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.650791  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05771  NAD binding site  24.02 
 
 
376 aa  81.6  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.161819  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  32.3 
 
 
400 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0064  geranylgeranyl reductase  25.59 
 
 
373 aa  82  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.535363  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05841  NAD binding site  21.99 
 
 
377 aa  82  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.188024  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  27.94 
 
 
435 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  27.12 
 
 
398 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  27.08 
 
 
408 aa  81.3  0.00000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  32.81 
 
 
413 aa  80.9  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  28.62 
 
 
380 aa  80.9  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  26.51 
 
 
398 aa  80.9  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  27.85 
 
 
426 aa  80.9  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  28.34 
 
 
380 aa  80.9  0.00000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0520  NAD binding site  22.89 
 
 
377 aa  80.1  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  29.06 
 
 
431 aa  80.1  0.00000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  29.9 
 
 
434 aa  79.7  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1852  NAD binding site  23.06 
 
 
376 aa  79.3  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  27.43 
 
 
434 aa  79  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  28.18 
 
 
430 aa  78.2  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  27.5 
 
 
376 aa  77.8  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  32.49 
 
 
341 aa  77.4  0.0000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  23.98 
 
 
390 aa  77  0.0000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1199  geranylgeranyl reductase  33.93 
 
 
423 aa  76.6  0.0000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  33.13 
 
 
383 aa  76.6  0.0000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  26.77 
 
 
406 aa  76.3  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05221  NAD binding site  25.2 
 
 
375 aa  76.3  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  31.78 
 
 
445 aa  75.9  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  31.21 
 
 
394 aa  76.3  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  23.24 
 
 
390 aa  75.1  0.000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0164  geranylgeranyl reductase  25.08 
 
 
443 aa  75.1  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.620405  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  30.61 
 
 
443 aa  75.5  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  26.38 
 
 
406 aa  75.5  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  26.49 
 
 
376 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  25.08 
 
 
445 aa  75.1  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07961  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  25.08 
 
 
443 aa  75.1  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.253418  normal  0.790247 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  28.39 
 
 
394 aa  74.7  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  33.64 
 
 
402 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  27.48 
 
 
362 aa  74.3  0.000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  27.36 
 
 
405 aa  73.9  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  31.58 
 
 
401 aa  73.6  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  27.04 
 
 
401 aa  72.8  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  28.45 
 
 
411 aa  72.8  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  24.11 
 
 
384 aa  72.4  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  27.83 
 
 
406 aa  72.4  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  24.46 
 
 
391 aa  71.6  0.00000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  25.58 
 
 
395 aa  71.6  0.00000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  31.34 
 
 
440 aa  71.6  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  30 
 
 
444 aa  71.2  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  27.24 
 
 
405 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000608264  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  29.41 
 
 
407 aa  70.9  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5035  FAD dependent oxidoreductase  24.48 
 
 
374 aa  71.2  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.378834 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  26.43 
 
 
449 aa  70.5  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  28.61 
 
 
393 aa  70.5  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  28.61 
 
 
393 aa  70.5  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  29.38 
 
 
409 aa  70.5  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  28.61 
 
 
393 aa  70.1  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>