More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4225 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_4189  putative transposase  100 
 
 
79 aa  162  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4225  putative transposase  100 
 
 
79 aa  162  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3079  hypothetical protein  92.21 
 
 
121 aa  147  4e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3438  putative transposase  72.37 
 
 
145 aa  120  9e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11935  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4463  transposase IS4 family protein  71.05 
 
 
188 aa  119  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4009  transposase, IS4  92.98 
 
 
256 aa  112  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3275  transposase IS4 family protein  52 
 
 
177 aa  84.3  5e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0285  transposase, IS4 family protein  53.95 
 
 
184 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0496  transposase, IS4 family protein  53.95 
 
 
184 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00295352  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25860  transposase  51.35 
 
 
303 aa  79  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00370  transposase  51.35 
 
 
303 aa  78.6  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.632263  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05130  transposase  51.35 
 
 
303 aa  78.6  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11059  transposase  50.68 
 
 
145 aa  78.2  0.00000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11174  transposase  50.68 
 
 
287 aa  77.4  0.00000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1979  transposase IS4 family protein  50 
 
 
304 aa  77  0.00000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.326913  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2685  transposase, IS4  45.21 
 
 
131 aa  72.8  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01990  putative Transposase, IS4  46.15 
 
 
124 aa  68.2  0.00000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14930  putative Transposase, IS4 family  44.87 
 
 
139 aa  67  0.00000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0216395  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06560  putative Transposase, IS4 family  44.87 
 
 
139 aa  67  0.00000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.180916  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15000  putative Transposase, IS4 family  44.87 
 
 
139 aa  67  0.00000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.09593  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23120  putative Transposase, IS4 family  44.87 
 
 
139 aa  67  0.00000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14820  putative Transposase, IS4 family  44.87 
 
 
139 aa  67  0.00000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0399604  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21800  putative Transposase, IS4 family  44.87 
 
 
139 aa  67  0.00000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.20472  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14750  putative Transposase, IS4 family  44.87 
 
 
139 aa  67  0.00000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.337332  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06540  putative Transposase IS4  43.59 
 
 
124 aa  65.1  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.231609  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20960  putative Transposase, IS4 family  51.32 
 
 
127 aa  64.3  0.0000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.592234  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13890  transposase family protein  51.32 
 
 
103 aa  64.3  0.0000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.417706  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00640  transposase family protein  54.05 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5459  transposase IS4 family protein  43.84 
 
 
365 aa  62  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00365854  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2506  IS4 family transposase  44.59 
 
 
158 aa  61.2  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0534  ISBm1, transposase orfB  52.08 
 
 
138 aa  58.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.162326  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0538  ISBm1, transposase orfB  52.08 
 
 
138 aa  58.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7095  transposase  44.12 
 
 
102 aa  58.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21600  transposase  47.22 
 
 
294 aa  58.2  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.507901  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6168  transposase  52.08 
 
 
254 aa  58.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6137  transposase  52.08 
 
 
254 aa  58.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.876431 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6118  transposase  52.08 
 
 
254 aa  58.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770853 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6478  transposase  52.08 
 
 
254 aa  58.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.525266 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7671  transposase  44.12 
 
 
131 aa  58.2  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807085  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6167  transposase  52.08 
 
 
254 aa  58.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3828  transposase  46.15 
 
 
260 aa  57.8  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1158  transposase  44.12 
 
 
138 aa  57.4  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1323  ISCc1, transposase OrfB  42.31 
 
 
101 aa  57  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0563  hypothetical protein  49.06 
 
 
159 aa  56.2  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0006  transposase, IS4  43.14 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.345636  normal  0.178212 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0180  transposase, IS4  43.14 
 
 
176 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.501437  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0215  IS4 family transposase  43.14 
 
 
75 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0435  transposase, IS4  43.14 
 
 
176 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264496  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0973  transposase, IS4  43.14 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.922887  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1015  transposase, IS4  43.14 
 
 
176 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.186494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1282  transposase, IS4  43.14 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.080194  normal  0.261741 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1290  IS4 family transposase  43.14 
 
 
75 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.34094 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1592  transposase, IS4  43.14 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.596907 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1934  transposase, IS4  43.14 
 
 
176 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2473  transposase, IS4  43.14 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2498  transposase, IS4  43.14 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.316567 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2824  transposase, IS4  43.14 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2861  transposase, IS4  43.14 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2923  transposase, IS4  43.14 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2924  IS4 family transposase  43.14 
 
 
75 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3013  transposase, IS4  43.14 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3037  transposase, IS4  43.14 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3116  transposase, IS4  43.14 
 
 
157 aa  56.2  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.206046  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0078  putative transposase  50 
 
 
75 aa  55.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1015  ISCc1, transposase OrfB  41.03 
 
 
67 aa  54.3  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2172  transposase  47.92 
 
 
254 aa  53.9  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10979  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0705  transposase  47.92 
 
 
254 aa  53.9  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0367  transposase  47.92 
 
 
254 aa  53.9  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.350235  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2604  transposase  47.92 
 
 
254 aa  53.9  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.656707  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2971  transposase  47.92 
 
 
254 aa  53.9  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.213916 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3060  hypothetical protein  42.25 
 
 
119 aa  53.9  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.382014 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2954  transposase  47.92 
 
 
254 aa  53.9  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3793  Transposase and inactivated derivatives-like protein  52.08 
 
 
252 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183907 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0047  transposase IS4  38.36 
 
 
177 aa  53.5  0.0000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.683119  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0621  transposase IS4  38.36 
 
 
177 aa  53.5  0.0000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0830  transposase IS4  38.36 
 
 
177 aa  53.5  0.0000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.172478  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2019  transposase IS4  38.36 
 
 
177 aa  53.5  0.0000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2650  transposase IS4  38.36 
 
 
177 aa  53.5  0.0000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2617  transposase, IS4 family protein  46 
 
 
113 aa  53.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.699065  normal  0.338204 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5015  IS4 family transposase  46.15 
 
 
123 aa  53.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0619203 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0836  IS4 family transposase  52.27 
 
 
75 aa  53.1  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.504655  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2631  transposase, IS4 family protein  46 
 
 
113 aa  53.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0670539  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4715  transposase, IS4 family protein  46 
 
 
113 aa  53.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.54309 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3104  putative transposase  46 
 
 
96 aa  53.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.660761  normal  0.0351076 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1589  hypothetical protein  36.99 
 
 
121 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.171898  normal  0.419285 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0006  putative transposase  36.99 
 
 
121 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2809  putative transposase  36.99 
 
 
121 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2661  putative transposase  36.99 
 
 
121 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.225009  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4349  putative transposase  36.99 
 
 
121 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.715691 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4302  transposase, IS4 family protein  46 
 
 
113 aa  52.4  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.657565  normal  0.592473 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3532  hypothetical protein  38.18 
 
 
129 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00922044  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4294  hypothetical protein  38.18 
 
 
129 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4300  hypothetical protein  38.18 
 
 
129 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5627  hypothetical protein  53.33 
 
 
255 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.751074  normal  0.528707 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0168  transposase, IS4 family protein  38.18 
 
 
201 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2133  transposase, IS4 family protein  38.18 
 
 
129 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2960  transposase, IS4 family protein  38.18 
 
 
336 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0662876 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0829  transposase, IS4 family protein  38.18 
 
 
129 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3540  hypothetical protein  38.18 
 
 
129 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.718907 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4381  transposase, IS4 family protein  44 
 
 
113 aa  52  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.537387  normal  0.716599 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>