More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4102 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_4102  Acyl-CoA dehydrogenase  100 
 
 
381 aa  753    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6489  ccyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  46.67 
 
 
387 aa  275  1.0000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4142  Acyl-CoA dehydrogenase  47.92 
 
 
377 aa  265  8e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.715753  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1234  putative hydrolase  44.02 
 
 
370 aa  224  3e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3845  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  31.37 
 
 
391 aa  166  5.9999999999999996e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.414034  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5094  acyl-CoA dehydrogenase type 2  29.39 
 
 
394 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.195483 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4709  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  29.39 
 
 
394 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4795  acyl-CoA dehydrogenase type 2  29.39 
 
 
394 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2133  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  32 
 
 
396 aa  146  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.422165  normal  0.537266 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13603  oxidoreductase  29.24 
 
 
394 aa  142  9e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.601758 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1633  acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain-containing protein  29.91 
 
 
402 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.464804 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5306  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  29.53 
 
 
421 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5308  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.53 
 
 
394 aa  138  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0842748 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2635  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.33 
 
 
392 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.430531  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0920  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  28.03 
 
 
394 aa  138  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.897315  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1463  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.65 
 
 
394 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2605  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  29.78 
 
 
392 aa  137  5e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2649  acyl-CoA dehydrogenase type 2  29.78 
 
 
392 aa  137  5e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2776  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.99 
 
 
388 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.576785  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0696  hypothetical protein  28.49 
 
 
406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.103838  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2060  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal type2  30.53 
 
 
415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000186324  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2671  acyl-CoA dehydrogenase type 2  27.83 
 
 
390 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00505359  normal  0.0674396 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1536  acyl-CoA dehydrogenase type 2  29.89 
 
 
397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307066  hitchhiker  0.00234859 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0937  putative pigment protein  30.36 
 
 
409 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5779  hypothetical protein  28.81 
 
 
405 aa  127  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5725  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  33.47 
 
 
410 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2879  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.32 
 
 
390 aa  125  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5026  acyl-CoA dehydrogenase type 2  29.64 
 
 
410 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.931169  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3018  putative acyl-CoA dehydrogenase  28.97 
 
 
390 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.394232  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3744  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.77 
 
 
390 aa  122  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3090  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.91 
 
 
404 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0412654  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1413  Acyl-CoA dehydrogenase-like  29.01 
 
 
397 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.465411  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3505  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.05 
 
 
389 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0636117  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3508  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  27.14 
 
 
388 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.115117  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32180  acyl-CoA dehydrogenase protein  26.86 
 
 
389 aa  114  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3648  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.12 
 
 
399 aa  114  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3406  Acyl-CoA dehydrogenase  30.17 
 
 
409 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0705  putative oxidoreductase, MmfH  28.16 
 
 
385 aa  112  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000202929  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1567  Acyl-CoA dehydrogenase-like  29.48 
 
 
418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.029301  normal  0.0603177 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6104  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  28.87 
 
 
394 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2312  acyl-CoA dehydrogenase type 2  27.68 
 
 
404 aa  109  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0231485 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1564  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.34 
 
 
387 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1900  acyl-CoA dehydrogenase type 2  36.15 
 
 
388 aa  108  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2129  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.22 
 
 
407 aa  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.556044  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3704  acyl-CoA dehydrogenase type 2  27.2 
 
 
370 aa  105  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4461  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.56 
 
 
392 aa  104  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.159742 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1594  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  30.06 
 
 
387 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1618  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.06 
 
 
387 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4447  acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  28.94 
 
 
398 aa  103  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0206  acyl-CoA dehydrogenase type 2  27.2 
 
 
391 aa  103  7e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3188  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.13 
 
 
389 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3521  acyl-CoA dehydrogenase type 2  31.51 
 
 
397 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0664779 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3337  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.97 
 
 
400 aa  100  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6974  acyl-CoA dehydrogenase-like protein  26.84 
 
 
393 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.503826 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2708  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.2 
 
 
390 aa  100  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1542  hypothetical protein  30.36 
 
 
413 aa  100  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0941275  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5351  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.41 
 
 
397 aa  99.8  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.901542  normal  0.800296 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2500  Acyl-CoA dehydrogenase-like  29.74 
 
 
397 aa  98.6  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284322  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1828  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.86 
 
 
389 aa  97.1  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.463674  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1010  Acyl-CoA dehydrogenase  33.48 
 
 
405 aa  96.3  8e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0902  hypothetical protein  24.18 
 
 
402 aa  96.3  9e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000160111  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5083  acyl-CoA dehydrogenase type 2  29.86 
 
 
397 aa  95.1  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.267797 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2837  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.25 
 
 
399 aa  94.7  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.360168  normal  0.755858 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3615  acyl-CoA dehydrogenase type 2  29.68 
 
 
397 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0960663  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3905  acyl-CoA dehydrogenase type 2  29.68 
 
 
397 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.936592 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0323  phenol hydroxylase, putative  29.92 
 
 
398 aa  93.2  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.932551  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1773  GTP cyclohydrolase II  31.1 
 
 
636 aa  92.8  9e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000841591 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4200  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.65 
 
 
393 aa  91.3  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.729166  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2892  acyl-CoA dehydrogenase type 2  24.36 
 
 
393 aa  89.7  7e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.846301 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2207  acyl-CoA dehydrogenase type 2  31.98 
 
 
389 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.853509  normal  0.40701 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1020  Acyl-CoA dehydrogenase-like  25.6 
 
 
361 aa  89.4  9e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000439336  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2161  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  29.48 
 
 
392 aa  89.4  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4548  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.41 
 
 
393 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.277841 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2089  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.2 
 
 
392 aa  85.5  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.878616  normal  0.0250211 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4184  acyl-CoA dehydrogenase type 2  32.29 
 
 
388 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.229185 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7405  Acyl-CoA dehydrogenase  27.27 
 
 
429 aa  85.5  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0209  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.37 
 
 
391 aa  84.7  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0933  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.36 
 
 
397 aa  84  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.517943 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0309  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.76 
 
 
393 aa  83.2  0.000000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0318  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  25.48 
 
 
393 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.193328  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0328  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.48 
 
 
393 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.105819 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4154  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  27.85 
 
 
440 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.233252 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3519  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  25.51 
 
 
394 aa  80.9  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.734065  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4068  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.99 
 
 
434 aa  80.9  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0717814  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0333  hypothetical protein  25.51 
 
 
393 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15060  oxidoreductase  24.85 
 
 
397 aa  80.1  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0529359  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0738  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.58 
 
 
386 aa  80.1  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.28274 
 
 
-
 
NC_003296  RS05205  hypothetical protein  26.34 
 
 
393 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0918769  normal  0.0217925 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3748  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.32 
 
 
403 aa  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3691  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.32 
 
 
403 aa  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3894  Acyl-CoA dehydrogenase-like  32.13 
 
 
386 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13111  hypothetical protein  27.9 
 
 
376 aa  76.3  0.0000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2720  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.5 
 
 
414 aa  75.5  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.186309  normal  0.570475 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0240  Acyl-CoA dehydrogenase-like  26.25 
 
 
413 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4703  acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  24 
 
 
393 aa  75.9  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7417  oxidoreductase  28.01 
 
 
383 aa  75.9  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.177501  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6977  acyl-CoA dehydrogenase  27.58 
 
 
415 aa  75.5  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.392428 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4091  acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  26.92 
 
 
392 aa  74.3  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5077  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.17 
 
 
399 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177468  normal  0.184833 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3681  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  27.4 
 
 
442 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>