76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3563 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3563  hypothetical protein  100 
 
 		 89 aa  172  9.999999999999999e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00676266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1181  hypothetical protein  81.01 
 
 		 135 aa  129  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0245041  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1060  hypothetical protein  60.49 
 
 		 97 aa  95.5  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0185112  normal  0.0579872 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2205  protein of unknown function DUF448  60.26 
 
 		 139 aa  94  7e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000000579062  decreased coverage  0.000388749 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1516  hypothetical protein  54.76 
 
 		 113 aa  89.4  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.665046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7743  protein of unknown function DUF448  57.14 
 
 		 79 aa  88.6  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1369  hypothetical protein  55.68 
 
 		 110 aa  87.8  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.101372  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3967  NusA domain protein  61.11 
 
 		 524 aa  86.7  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.882559  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1326  hypothetical protein  63.16 
 
 		 110 aa  85.1  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.940508  normal  0.0110946 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14560  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  53.66 
 
 		 119 aa  83.2  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00191039  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1509  protein of unknown function DUF448  56.47 
 
 		 140 aa  83.2  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3191  hypothetical protein  51.22 
 
 		 121 aa  78.6  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0484854  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0777  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  50 
 
 		 93 aa  73.9  0.0000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.894427  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2490  protein of unknown function DUF448  48.28 
 
 		 128 aa  72.4  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2313  hypothetical protein  45.05 
 
 		 120 aa  68.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.13241  normal  0.0425099 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1140  hypothetical protein  55.38 
 
 		 87 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0164811 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1415  hypothetical protein  53.03 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00199803  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4040  hypothetical protein  46.75 
 
 		 120 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0434499  normal  0.402305 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3854  protein of unknown function DUF448  44.93 
 
 		 226 aa  64.7  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.785086  normal  0.0743558 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2064  hypothetical protein  47.06 
 
 		 147 aa  62.4  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2081  hypothetical protein  47.06 
 
 		 124 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2127  hypothetical protein  47.06 
 
 		 124 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.144756  decreased coverage  0.00998453 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1210  protein of unknown function DUF448  53.45 
 
 		 66 aa  60.5  0.000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0555311  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23460  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  47.89 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.215318  normal  0.0432341 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11470  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  33.96 
 
 		 121 aa  57.8  0.00000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0320056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1207  protein of unknown function DUF448  42.19 
 
 		 98 aa  57  0.00000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000602769  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1587  ribosomal protein L7Ae family protein  37.93 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00501586  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07830  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  35.62 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1433  protein of unknown function DUF448  39.44 
 
 		 93 aa  54.3  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00060627  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10310  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  42.86 
 
 		 101 aa  53.9  0.0000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.277899  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2820  protein of unknown function DUF448  43.28 
 
 		 243 aa  52.8  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.19991  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1714  protein of unknown function DUF448  53.33 
 
 		 81 aa  52  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1585  50S ribosomal protein L7AE  35.96 
 
 		 205 aa  50.8  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0618553  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1050  protein of unknown function DUF448  42 
 
 		 74 aa  48.9  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000103013  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2924  protein of unknown function DUF448  41.54 
 
 		 247 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2698  hypothetical protein  41.54 
 
 		 247 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.430127  normal  0.265509 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1664  protein of unknown function DUF448  39.68 
 
 		 95 aa  48.5  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000838952  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1048  hypothetical protein  35.71 
 
 		 247 aa  48.1  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0875  hypothetical protein  33.33 
 
 		 104 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00646034  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1442  protein of unknown function DUF448  52.63 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0268949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1048  hypothetical protein  42.42 
 
 		 93 aa  47.8  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000486204  unclonable  0.00000000911443 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1253  hypothetical protein  33.87 
 
 		 211 aa  47.4  0.00006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0962  hypothetical protein  40 
 
 		 200 aa  47.4  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.342649  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2296  protein of unknown function DUF448  36.14 
 
 		 234 aa  47.4  0.00006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0327098 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3678  protein of unknown function DUF448  33.33 
 
 		 89 aa  47.4  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000159696  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1301  protein of unknown function DUF448  32.35 
 
 		 197 aa  47.4  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000545277  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07000  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  46.15 
 
 		 113 aa  47  0.00009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.485696  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1327  hypothetical protein  26.74 
 
 		 94 aa  47  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3750  hypothetical protein  43.48 
 
 		 118 aa  47  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136006  unclonable  0.0000107528 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1353  hypothetical protein  26.74 
 
 		 94 aa  47  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1554  L7Ae family ribosomal protein  36.36 
 
 		 212 aa  46.6  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000328024  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2982  protein of unknown function DUF448  32.35 
 
 		 197 aa  46.2  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.54059e-28 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0834  hypothetical protein  26.74 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0898  hypothetical protein  36.99 
 
 		 93 aa  47  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0615724  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0984  hypothetical protein  31.82 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0693423  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0911  protein of unknown function DUF448  38.81 
 
 		 100 aa  45.4  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0995  protein of unknown function DUF448  39.06 
 
 		 95 aa  45.4  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000159922  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0993  hypothetical protein  29.17 
 
 		 92 aa  45.4  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000776447  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1900  hypothetical protein  37.5 
 
 		 197 aa  45.4  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0283041  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0748  hypothetical protein  40.32 
 
 		 200 aa  44.3  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213653  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1229  protein of unknown function DUF448  42.86 
 
 		 87 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.171349  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2090  protein of unknown function DUF448  38.81 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.458197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0608  protein of unknown function DUF448  36.36 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000166199  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0294  hypothetical protein  38.89 
 
 		 239 aa  42.7  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.211719  decreased coverage  0.00732343 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2076  hypothetical protein  37.1 
 
 		 217 aa  42.7  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1647  hypothetical protein  30.56 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00356058  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0709  protein of unknown function DUF448  34.72 
 
 		 98 aa  42.4  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2164  hypothetical protein  37.1 
 
 		 200 aa  42.7  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1161  protein of unknown function DUF448  44.23 
 
 		 87 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1442  protein of unknown function DUF448  41.07 
 
 		 91 aa  41.6  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0162227  normal  0.205781 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2776  hypothetical protein  30.59 
 
 		 91 aa  42  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000158399  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1101  hypothetical protein  42.31 
 
 		 87 aa  41.2  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1668  protein of unknown function DUF448  31.51 
 
 		 203 aa  41.2  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1133  hypothetical protein  34.12 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000628403  normal  0.789236 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0168  hypothetical protein  32.53 
 
 		 231 aa  40.4  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1474  protein of unknown function DUF448  54.35 
 
 		 101 aa  40.4  0.009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145328  unclonable  0.00000273772 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>