206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3495 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3495  ribonuclease BN  100 
 
 
342 aa  661    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.385493 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1249  ribonuclease BN  77.85 
 
 
360 aa  427  1e-118  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00563624  normal  0.0388032 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3555  ribonuclease BN  45.88 
 
 
354 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.862191  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2354  ribonuclease BN  39.51 
 
 
327 aa  212  9e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.803425  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1789  ribonuclease BN  44.29 
 
 
300 aa  208  1e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00331025  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3775  ribonuclease BN  42.81 
 
 
356 aa  207  2e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00242423  normal  0.45335 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1501  ribonuclease BN  40.86 
 
 
431 aa  194  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.639318  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2813  ribonuclease BN  43.25 
 
 
336 aa  193  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.934919 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6692  membrane protein-like protein  43.01 
 
 
324 aa  191  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.291028 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24410  predicted membrane protein  41.26 
 
 
402 aa  191  2e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2241  ribonuclease BN  44.8 
 
 
426 aa  189  8e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0518  ribonuclease BN  40 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1038  ribonuclease BN  44.28 
 
 
355 aa  182  1e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1838  ribonuclease BN  41.37 
 
 
404 aa  179  4.999999999999999e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0195892  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3072  ribonuclease BN  40.07 
 
 
361 aa  169  6e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0634792 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1751  ribonuclease BN  46.13 
 
 
355 aa  169  8e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.807347  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1887  hypothetical protein  41.97 
 
 
433 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.321613  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2180  ribonuclease BN  38.55 
 
 
321 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.111198  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2226  ribonuclease BN  38.55 
 
 
321 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2169  ribonuclease BN  38.55 
 
 
321 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.000149157  hitchhiker  0.00191818 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2454  ribonuclease BN  36.36 
 
 
344 aa  147  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.458983 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3945  ribonuclease BN  37.33 
 
 
323 aa  147  3e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12721  hypothetical protein  37.91 
 
 
324 aa  146  6e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.662031  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4597  ribonuclease BN, putative  28.09 
 
 
351 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.144363  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1597  ribonuclease BN, putative  30.92 
 
 
323 aa  99  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3781  ribonuclease BN  30.62 
 
 
321 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470929  normal  0.0277399 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2056  ribonuclease BN  30.85 
 
 
321 aa  95.9  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4141  putative ribonuclease BN  29.1 
 
 
320 aa  95.5  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2075  ribonuclease BN  30 
 
 
328 aa  95.1  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1198  putative ribonuclease BN  28.23 
 
 
322 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.405959  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4350  ribonuclease BN  26.67 
 
 
316 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4755  putative ribonuclease BN  28.52 
 
 
328 aa  94  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0442658  normal  0.0270595 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3912  ribonuclease BN, putative  26.01 
 
 
386 aa  93.2  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.561181  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4560  ribonuclease BN, putative  29.8 
 
 
318 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0395716  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4067  ribonuclease BN  29.8 
 
 
319 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1329  putative ribonuclease BN  29.8 
 
 
318 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0318  putative ribonuclease BN  28.96 
 
 
322 aa  92  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0281  YihY family protein  22.49 
 
 
283 aa  92  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1426  ribonuclease BN  28.3 
 
 
386 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.568651 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0272  YihY family protein  22.49 
 
 
283 aa  91.3  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.975594  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0389  putative ribonuclease BN  28.29 
 
 
289 aa  90.9  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28530  hypothetical protein  27.08 
 
 
299 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00021661 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2488  hypothetical protein  27.96 
 
 
299 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.718748  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19220  predicted membrane protein  27.92 
 
 
463 aa  90.1  5e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.234203  normal  0.518782 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0430  ribonuclease BN  30.04 
 
 
313 aa  90.1  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1831  ribonuclease BN, putative  25.26 
 
 
341 aa  89.7  7e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.630422  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3860  ribonuclease BN  28.28 
 
 
317 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1062  ribonuclease BN  27.88 
 
 
386 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1421  ribonuclease BN, putative  27.76 
 
 
392 aa  87.4  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4670  ribonuclease BN, putative  25.34 
 
 
296 aa  87.4  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0145  ribonuclease BN  27.24 
 
 
367 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.308506 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0523  ribonuclease BN, putative  27.87 
 
 
289 aa  87  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0395  ribonuclease BN  27.87 
 
 
289 aa  87  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0386  ribonuclease BN  27.87 
 
 
289 aa  87  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0383  ribonuclease BN  27.87 
 
 
289 aa  87  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0409  ribonuclease BN  27.87 
 
 
289 aa  87  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0523  YihY family protein  27.87 
 
 
289 aa  87  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0453  YihY family protein  27.96 
 
 
286 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1249  ribonuclease BN, putative  25.99 
 
 
356 aa  86.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.474718  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2397  hypothetical protein  26.01 
 
 
352 aa  86.3  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32910  Ribonuclease BN protein  28.83 
 
 
289 aa  85.5  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0395  putative ribonuclease BN  27.61 
 
 
289 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1073  ribonuclease BN  26.61 
 
 
328 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0474  YihY family protein  27.54 
 
 
288 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1250  ribonuclease BN  25.41 
 
 
291 aa  84.3  0.000000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4850  YihY family protein  27.54 
 
 
288 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2469  ribonuclease BN  24.73 
 
 
397 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2691  ribonuclease BN  24.73 
 
 
397 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.911328  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4345  ribonuclease BN  27.08 
 
 
331 aa  83.6  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0371842  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0751  ribonuclease BN, putative  27.78 
 
 
328 aa  83.2  0.000000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.232287  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4297  ribonuclease BN, putative  27.6 
 
 
384 aa  82.8  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0524586 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2060  ribonuclease BN, putative  28.33 
 
 
318 aa  82.4  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.670045  normal  0.582678 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2397  ribonuclease BN  26.26 
 
 
396 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0874  ribonuclease BN  29.79 
 
 
388 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0502515 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0834  ribonuclease BN  29.79 
 
 
388 aa  79.7  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.119787 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0418  ribonuclease BN  25.66 
 
 
277 aa  79  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00636408  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0529  YihY family protein  24.64 
 
 
274 aa  78.6  0.0000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0138  putative ribonuclease BN  25.83 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.674179  normal  0.0540864 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4751  putative ribonuclease BN  25.25 
 
 
330 aa  78.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.537612  hitchhiker  0.00670616 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0800  ribonuclease BN  27.54 
 
 
386 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.251545  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1440  ribonuclease BN  28.89 
 
 
317 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1318  putative ribonuclease BN  28.24 
 
 
324 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.258072  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2494  ribonuclease BN  27.85 
 
 
332 aa  77.8  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.12214  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1900  putative ribonuclease BN  28.88 
 
 
322 aa  77.8  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.213292  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0504  ribonuclease BN  22.58 
 
 
279 aa  77.4  0.0000000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0979638  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0983  ribonuclease BN  23.83 
 
 
414 aa  77  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.460306 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2660  ribonuclease BN family protein  27.81 
 
 
373 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00917  putative ribonuclease protein  26.52 
 
 
317 aa  75.5  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3110  ribonuclease BN  26.37 
 
 
347 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1115  ribonuclease BN  26.18 
 
 
347 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1265  ribonuclease BN  26.18 
 
 
347 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2184  putative ribonuclease BN  25.19 
 
 
276 aa  73.9  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00880085  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1381  putative ribonuclease BN  27.91 
 
 
296 aa  73.9  0.000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.528846  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3558  ribonuclease BN, putative  27.78 
 
 
325 aa  73.6  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17180  predicted membrane protein  31.42 
 
 
381 aa  72.8  0.000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0050  ribonuclease BN  26.61 
 
 
344 aa  72  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1336  putative ribonuclease BN  29.67 
 
 
377 aa  72.4  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.926948  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2132  ribonuclease BN  26.57 
 
 
375 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.066415  normal  0.616348 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0251  ribonuclease BN  29.78 
 
 
333 aa  70.9  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3592  ribonuclease BN  25.83 
 
 
360 aa  71.2  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>