More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3232 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3232  major facilitator transporter  100 
 
 
395 aa  758    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.904986 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0535  major facilitator transporter  32.49 
 
 
403 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0328031  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2873  major facilitator transporter  26.23 
 
 
395 aa  93.6  6e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.896526  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1951  major facilitator superfamily transporter  29.54 
 
 
440 aa  92  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  28.19 
 
 
392 aa  90.1  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3462  major facilitator transporter  31.2 
 
 
412 aa  90.1  7e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0107746 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02460  expressed protein  26.44 
 
 
551 aa  89  1e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4405  major facilitator transporter  32.39 
 
 
421 aa  84.3  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.9798  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1430  major facilitator transporter  25.74 
 
 
410 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1853  major facilitator superfamily MFS_1  29.44 
 
 
387 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000358317  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0710  major facilitator superfamily MFS_1  32.96 
 
 
404 aa  82.4  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1708  major facilitator transporter  31.6 
 
 
423 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.841617  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3626  major facilitator superfamily MFS_1  26.14 
 
 
414 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1729  major facilitator transporter  31.6 
 
 
423 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3242  major facilitator superfamily MFS_1  32.99 
 
 
401 aa  82  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1354  multidrug-efflux transporter  32.76 
 
 
370 aa  82  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1776  major facilitator superfamily transporter  31.6 
 
 
423 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.436677  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0296  arabinose efflux permease-like protein  26.46 
 
 
411 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135127 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2915  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.76 
 
 
458 aa  79.3  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230559  hitchhiker  0.00656628 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2216  major facilitator transporter  31.45 
 
 
466 aa  78.2  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.762949 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09090  arabinose efflux permease family protein  28.72 
 
 
434 aa  78.2  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0241408  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0502  major facilitator transporter  25.83 
 
 
387 aa  77.4  0.0000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05310  arabinose efflux permease family protein  30.34 
 
 
400 aa  75.1  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1385  major facilitator superfamily MFS_1  30.66 
 
 
429 aa  75.5  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0095  major facilitator superfamily MFS_1  28.07 
 
 
395 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4203  major facilitator transporter  32.43 
 
 
506 aa  73.6  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.318181  normal  0.987085 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0954  major facilitator superfamily MFS_1  25.33 
 
 
435 aa  73.6  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26870  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.45 
 
 
534 aa  72.4  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.287743  normal  0.830336 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1888  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.77 
 
 
505 aa  72.8  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.170605  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1009  major facilitator superfamily MFS_1  29.69 
 
 
460 aa  72  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00165429 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5139  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30 
 
 
519 aa  72  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.306727  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0509  major facilitator superfamily permease  26.58 
 
 
403 aa  72  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1388  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.38 
 
 
483 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4335  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.38 
 
 
483 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0693  major facilitator superfamily permease  25.82 
 
 
405 aa  71.2  0.00000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.883245  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6960  EmrB/QacA family drug resistance transporter  29.8 
 
 
528 aa  70.5  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148929  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2378  major facilitator superfamily MFS_1  29.23 
 
 
415 aa  70.5  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3221  major facilitator transporter  29.57 
 
 
416 aa  70.1  0.00000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00772282 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1482  major facilitator superfamily MFS_1  27.34 
 
 
403 aa  70.1  0.00000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.000899768  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1006  major facilitator superfamily MFS_1  32.81 
 
 
407 aa  70.1  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0353  quinolone resistance protein NorA  26.33 
 
 
387 aa  69.7  0.00000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.390077  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0719  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  26.23 
 
 
388 aa  69.7  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0735  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  26.23 
 
 
388 aa  69.7  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5185  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  31.58 
 
 
525 aa  69.7  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.804488  normal  0.490544 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4425  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.72 
 
 
483 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146647  normal  0.357206 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0906  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.21 
 
 
510 aa  68.9  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.431531  normal  0.0779201 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1028  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.16 
 
 
483 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.634124  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4171  major facilitator superfamily MFS_1  25.26 
 
 
415 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1063  major facilitator transporter  28.86 
 
 
407 aa  68.9  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4014  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.81 
 
 
504 aa  69.3  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.223084 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4215  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.62 
 
 
529 aa  67.8  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.269985  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2030  major facilitator transporter  33.96 
 
 
474 aa  67.8  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.275978  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2778  major facilitator superfamily MFS_1  31.95 
 
 
547 aa  68.2  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.581095  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2459  major facilitator superfamily MFS_1  35.21 
 
 
516 aa  67.8  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0209  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.57 
 
 
524 aa  67.8  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1514  major facilitator superfamily MFS_1  30.74 
 
 
393 aa  67.8  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0113  major facilitator superfamily permease  26.2 
 
 
387 aa  67.8  0.0000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000201698  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2027  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.51 
 
 
505 aa  67.4  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.585594  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5021  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.8 
 
 
478 aa  67.4  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.796578 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0840  major facilitator superfamily MFS_1  26.12 
 
 
413 aa  67  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2674  major facilitator transporter  26.88 
 
 
426 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0041  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.04 
 
 
530 aa  66.2  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.216862  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0033  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  27.08 
 
 
541 aa  66.2  0.0000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2754  major facilitator superfamily MFS_1  28.49 
 
 
430 aa  65.9  0.000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4118  major facilitator transporter  26.39 
 
 
416 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0207731  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3381  major facilitator transporter  34.21 
 
 
466 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1278  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.03 
 
 
472 aa  65.9  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0926  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  29.51 
 
 
522 aa  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0678644  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0224  major facilitator superfamily MFS_1  32.86 
 
 
489 aa  66.2  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2543  major facilitator superfamily MFS_1  29.78 
 
 
396 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.636273  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2817  major facilitator transporter  27.67 
 
 
426 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.850013  normal  0.439964 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0879  major facilitator superfamily MFS_1  26.51 
 
 
395 aa  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1730  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.8 
 
 
478 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.599699 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0796  major facilitator transporter  27.81 
 
 
391 aa  65.1  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  25.96 
 
 
416 aa  65.5  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4479  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.09 
 
 
505 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0952  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  31.65 
 
 
540 aa  65.1  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.05909  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2280  major facilitator transporter  27.42 
 
 
419 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.398896  normal  0.849447 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0017  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.14 
 
 
528 aa  65.1  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5135  major facilitator transporter  27.84 
 
 
422 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.203092 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2166  major facilitator superfamily MFS_1  34.1 
 
 
485 aa  64.7  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0144549  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0592  major facilitator superfamily MFS_1  31.92 
 
 
383 aa  65.5  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0179102 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0223  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.19 
 
 
500 aa  65.5  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.677245 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4300  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  27.49 
 
 
504 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4004  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.7 
 
 
498 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.074494 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2468  putative transport protein  27.67 
 
 
390 aa  64.3  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7524  major facilitator superfamily MFS_1  28.19 
 
 
503 aa  64.7  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.47136  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8279  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.48 
 
 
680 aa  64.7  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270413  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07351  conserved hypothetical protein  36.52 
 
 
466 aa  64.3  0.000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.227764 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4096  major facilitator transporter  31.28 
 
 
416 aa  64.3  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.25734  normal  0.218815 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1058  major facilitator transporter  34.44 
 
 
471 aa  64.3  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.111803  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2415  major facilitator superfamily transporter  28.42 
 
 
467 aa  63.9  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.468126  normal  0.261135 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0422  major facilitator transporter  26.05 
 
 
397 aa  63.9  0.000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.186179  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7831  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.88 
 
 
502 aa  63.9  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0429863 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7777  transporter  29.02 
 
 
480 aa  63.9  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2059  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  28.42 
 
 
480 aa  63.5  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2356  major facilitator superfamily MFS_1  30.82 
 
 
453 aa  63.5  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000435033  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2678  major facilitator superfamily MFS_1  35.67 
 
 
408 aa  63.5  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0390  hypothetical protein  30.37 
 
 
526 aa  63.5  0.000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00612987  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1743  EmrB/QacA family drug resistance transporter  29.79 
 
 
519 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.14993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>