93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3230 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3230  hypothetical protein  100 
 
 
361 aa  734    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.233684 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5123  protein of unknown function DUF470  50.15 
 
 
342 aa  309  5.9999999999999995e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5764  hypothetical protein  45.65 
 
 
332 aa  289  6e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6311  hypothetical protein  43.36 
 
 
345 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3619  protein of unknown function DUF470  41.23 
 
 
328 aa  251  1e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4568  protein of unknown function DUF470  25.86 
 
 
839 aa  81.6  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3394  protein of unknown function DUF470  25.35 
 
 
850 aa  78.6  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0534  protein of unknown function DUF472  26.37 
 
 
454 aa  77  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52350  hypothetical protein  24.27 
 
 
881 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.890769 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  25 
 
 
867 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1140  hypothetical protein  24.78 
 
 
429 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2880  hypothetical protein  25.32 
 
 
875 aa  74.3  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.91223  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1194  hypothetical protein  24.14 
 
 
879 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.685135  normal  0.0802635 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18850  hypothetical protein  25.32 
 
 
876 aa  72  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.11879  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4591  hypothetical protein  23.62 
 
 
881 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3521  protein of unknown function DUF470  25 
 
 
867 aa  71.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0528845  normal 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4555  hypothetical protein  25.66 
 
 
346 aa  70.5  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  24.38 
 
 
869 aa  70.5  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1364  hypothetical protein  22.51 
 
 
857 aa  69.7  0.00000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1231  hypothetical protein  24.42 
 
 
880 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0755535  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4013  hypothetical protein  24.92 
 
 
880 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.144886 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0824  hypothetical protein  25.47 
 
 
568 aa  68.6  0.0000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.896168  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0644  protein of unknown function DUF470  26.6 
 
 
850 aa  68.2  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.166613  hitchhiker  0.000476142 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4377  hypothetical protein  24.09 
 
 
905 aa  67.8  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.947401  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3961  Protein regulated by acid pH  23.7 
 
 
870 aa  67.8  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1202  hypothetical protein  24.09 
 
 
880 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4813  protein of unknown function DUF470  22.8 
 
 
723 aa  67  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1396  hypothetical protein  24.3 
 
 
880 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3825  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  23.05 
 
 
859 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000241179 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4216  hypothetical protein  23.4 
 
 
880 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01770  oxacillin resistance-associated protein fmtc  26.2 
 
 
854 aa  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.61685  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1520  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  23.05 
 
 
859 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1388  hypothetical protein  22.75 
 
 
861 aa  65.1  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3991  hypothetical protein  24.3 
 
 
880 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  26.43 
 
 
864 aa  63.9  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2930  protein of unknown function DUF470  25.98 
 
 
854 aa  63.9  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.58792  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1448  hypothetical protein  25.41 
 
 
557 aa  63.5  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0328641 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  26.76 
 
 
896 aa  62.8  0.000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2725  hypothetical protein  25.58 
 
 
855 aa  62.4  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1626  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  22.16 
 
 
861 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1693  protein of unknown function DUF470  26.13 
 
 
844 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153321  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1558  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  22.16 
 
 
861 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000388659 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1375  virulence factor MprF  22.16 
 
 
861 aa  62  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1348  hypothetical protein  22.16 
 
 
861 aa  61.6  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1486  virulence factor MprF  22.16 
 
 
861 aa  61.6  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.272411  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2515  lysyl-tRNA synthetase  23.69 
 
 
1118 aa  61.6  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.889838  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1347  hypothetical protein  22.16 
 
 
861 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1590  virulence factor MprF  22.16 
 
 
861 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0815094  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1189  hypothetical protein  22.99 
 
 
858 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3199  hypothetical protein  23.51 
 
 
556 aa  61.2  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00757676 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2225  hypothetical protein  23.62 
 
 
335 aa  60.5  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1620  protein of unknown function DUF470  26.13 
 
 
844 aa  60.1  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1213  hypothetical protein  24.75 
 
 
863 aa  58.9  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1562  putative transmembrane protein  23.83 
 
 
866 aa  59.3  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.354089  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1005  protein of unknown function DUF470  21.08 
 
 
556 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0976  protein of unknown function DUF470  21.08 
 
 
556 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1243  hypothetical protein  23.92 
 
 
863 aa  54.7  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04799  hypothetical protein  21.92 
 
 
883 aa  53.9  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0255937 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4019  hypothetical protein  23.37 
 
 
864 aa  53.5  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133821  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4106  protein of unknown function DUF470  21.77 
 
 
877 aa  52.8  0.000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.628735 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3993  protein of unknown function DUF470  21.77 
 
 
877 aa  52.8  0.000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.463704 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2661  Lysyl-tRNA synthetase (class II)-like protein  27.5 
 
 
1098 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0688281  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3330  lysyl-tRNA synthetase  26.18 
 
 
1100 aa  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.27282  normal  0.711465 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3544  lysyl-tRNA synthetase  27.43 
 
 
1101 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.899884 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  20.3 
 
 
881 aa  50.8  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2033  transmembrane protein, LpiA-like  21.96 
 
 
850 aa  49.7  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.358436  normal  0.36986 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1037  hypothetical protein  20.42 
 
 
852 aa  49.7  0.00009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  26.01 
 
 
872 aa  49.3  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2233  protein of unknown function DUF470  27.01 
 
 
864 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4150  hypothetical protein  25.14 
 
 
864 aa  49.3  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155507  normal  0.123779 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2319  lysyl-tRNA synthetase  26.99 
 
 
1132 aa  48.9  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3190  hypothetical protein  20.66 
 
 
875 aa  48.5  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3970  lysyl-tRNA synthetase  29.24 
 
 
1113 aa  47.8  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0161  hypothetical protein  24.19 
 
 
356 aa  47.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4498  hypothetical protein  21.65 
 
 
889 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3572  protein of unknown function DUF470  22.73 
 
 
346 aa  47.4  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3871  hypothetical protein  21.65 
 
 
889 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2998  lysyl-tRNA synthetase  26.5 
 
 
1111 aa  47.4  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.604901  normal  0.107077 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5804  hypothetical protein  21.65 
 
 
889 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2983  lysyl-tRNA synthetase  26.81 
 
 
1112 aa  47  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3027  lysyl-tRNA synthetase  26.81 
 
 
1112 aa  47  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1351  hypothetical protein  21.48 
 
 
864 aa  46.2  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.880074  normal  0.100606 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1564  hypothetical protein  20.33 
 
 
569 aa  45.8  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.201819  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1845  FmtC domain-containing protein  20 
 
 
395 aa  45.8  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000138078  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0002  putative polyketide synthase  25.23 
 
 
1557 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1481  polyketide synthase  25.23 
 
 
1558 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.457199  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3932  hypothetical protein  22.49 
 
 
864 aa  45.1  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57988  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1396  polyketide synthase, type I  24.41 
 
 
1563 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4396  hypothetical protein  21.02 
 
 
864 aa  44.3  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195504  decreased coverage  0.0070818 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1522  hypothetical protein  22.68 
 
 
861 aa  44.3  0.003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  23.17 
 
 
850 aa  43.9  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  23.17 
 
 
850 aa  43.5  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000274946 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  23.17 
 
 
850 aa  43.1  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>