More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3176 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_4136  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.97 
 
 
845 aa  721    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000335113  hitchhiker  0.0000168171 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6081  Phenylalanine--tRNA ligase  53.33 
 
 
838 aa  777    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1322  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  50.79 
 
 
864 aa  707    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22370  phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit  51.06 
 
 
854 aa  679    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1109  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.11 
 
 
854 aa  666    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.387585 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2060  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  53.97 
 
 
831 aa  778    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1887  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  51.92 
 
 
861 aa  706    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.447501  normal  0.335084 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2146  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  53.52 
 
 
822 aa  759    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0841125  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5464  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  50.9 
 
 
825 aa  686    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.189593  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3032  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.99 
 
 
820 aa  699    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.538673  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5477  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  54.1 
 
 
834 aa  796    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.879135 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3532  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  48.21 
 
 
832 aa  655    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0996283  normal  0.503906 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3176  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 
848 aa  1620    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.388314  normal  0.465813 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25640  phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit  51.88 
 
 
838 aa  751    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.811582  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21840  phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit  48.19 
 
 
866 aa  645    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.310654  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1880  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  51.64 
 
 
861 aa  720    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.114017  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3065  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  52.63 
 
 
828 aa  730    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3163  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  50 
 
 
854 aa  694    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.467401  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2973  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  47.06 
 
 
832 aa  644    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.388025  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1734  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  71.92 
 
 
865 aa  1111    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.236213  decreased coverage  0.000664973 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1492  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  49.11 
 
 
847 aa  689    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000329891 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12300  phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit  47.6 
 
 
844 aa  691    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.447276  normal  0.250374 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3057  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  50.29 
 
 
827 aa  736    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.719284  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1630  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.55 
 
 
859 aa  663    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2842  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.41 
 
 
824 aa  692    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.150751  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1490  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  48.67 
 
 
847 aa  714    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.35538  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2408  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.91 
 
 
830 aa  644    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2377  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.19 
 
 
832 aa  664    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1512  normal  0.0708913 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2036  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  53.06 
 
 
859 aa  792    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1264  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  54.51 
 
 
824 aa  759    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.291757 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2466  phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit  49.12 
 
 
827 aa  687    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3017  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  47.06 
 
 
832 aa  644    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.599618 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0672  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.84 
 
 
873 aa  639    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3316  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  48.62 
 
 
828 aa  687    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.350397  normal  0.946576 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2988  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  47.06 
 
 
832 aa  641    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.353337  normal  0.0506436 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11667  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  46.98 
 
 
831 aa  634  1e-180  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000015239  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14470  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  48.9 
 
 
859 aa  625  1e-177  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.400508  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0818  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  41.63 
 
 
867 aa  595  1e-168  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1423  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  35.55 
 
 
804 aa  456  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0017592  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1620  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.95 
 
 
806 aa  450  1e-125  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.263312  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2056  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.4 
 
 
790 aa  448  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2303  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.62 
 
 
814 aa  442  1e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.978211  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1804  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  37.94 
 
 
793 aa  442  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1874  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.81 
 
 
801 aa  436  1e-121  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00584126  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1416  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.62 
 
 
801 aa  436  1e-120  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0211445  normal  0.563013 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2049  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.38 
 
 
794 aa  435  1e-120  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1717  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  35.69 
 
 
795 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00142202  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2620  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  35.57 
 
 
795 aa  429  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00723547  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1455  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.25 
 
 
789 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.105434  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2623  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  32.56 
 
 
801 aa  428  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.417959  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2395  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.19 
 
 
804 aa  429  1e-118  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.329068  normal  0.33512 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1825  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  35.57 
 
 
795 aa  429  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713489  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1520  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  35.31 
 
 
801 aa  424  1e-117  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0586149  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1995  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.77 
 
 
801 aa  424  1e-117  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.263135  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1662  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.76 
 
 
793 aa  423  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1884  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  40.66 
 
 
800 aa  426  1e-117  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.11459 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2315  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.99 
 
 
803 aa  425  1e-117  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000507205  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2765  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  32.82 
 
 
793 aa  422  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2638  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  32.59 
 
 
793 aa  421  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0368  phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit  35.44 
 
 
796 aa  422  1e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0220  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.18 
 
 
801 aa  421  1e-116  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.157049  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1750  phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit  41.61 
 
 
803 aa  417  9.999999999999999e-116  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000980534  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1582  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  35.16 
 
 
816 aa  418  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2298  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.49 
 
 
801 aa  418  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.184232  normal  0.594091 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2149  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.12 
 
 
795 aa  413  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.625217  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0763  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.79 
 
 
797 aa  414  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0698  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.92 
 
 
791 aa  410  1e-113  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.155841  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1956  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  35.29 
 
 
795 aa  412  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1995  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  33.81 
 
 
801 aa  410  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2225  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  33.69 
 
 
801 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000627818 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1377  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  38.91 
 
 
800 aa  406  1.0000000000000001e-112  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2048  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.89 
 
 
795 aa  404  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.424555  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2167  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.25 
 
 
792 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04690  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.45 
 
 
811 aa  401  9.999999999999999e-111  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343492 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2185  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.91 
 
 
795 aa  401  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.861692  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2431  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.71 
 
 
795 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175376  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1932  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.12 
 
 
795 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047761  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0917  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  37 
 
 
786 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2597  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.15 
 
 
795 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0200655  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01682  phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit  34.12 
 
 
795 aa  399  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0961927  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1929  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.12 
 
 
795 aa  399  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000518334  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2509  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  35.6 
 
 
792 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01671  hypothetical protein  34.12 
 
 
795 aa  399  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0686641  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11820  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.18 
 
 
825 aa  399  1e-109  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2672  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  35.47 
 
 
794 aa  397  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2067  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.52 
 
 
795 aa  398  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0223695  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1793  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.12 
 
 
795 aa  399  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000955232  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20470  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.27 
 
 
792 aa  398  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1918  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.12 
 
 
795 aa  399  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333448  normal  0.421493 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1054  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.26 
 
 
819 aa  398  1e-109  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2360  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.04 
 
 
812 aa  397  1e-109  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1893  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.32 
 
 
795 aa  397  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1955  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34.59 
 
 
795 aa  396  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.111711  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1477  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  34 
 
 
795 aa  398  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.020093  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28710  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  35.6 
 
 
792 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.458463  decreased coverage  0.000000000220958 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2592  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  34 
 
 
794 aa  396  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0126631 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2383  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  36 
 
 
792 aa  396  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295144  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1972  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  35.15 
 
 
793 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.025038 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1936  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  35.4 
 
 
792 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927196  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0215  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  33.06 
 
 
795 aa  393  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.468133  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>