More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2993 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2993  S-adenosylmethionine synthetase  100 
 
 
401 aa  793    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285331 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1857  S-adenosylmethionine synthetase  74.56 
 
 
399 aa  608  1e-173  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.41268  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3004  S-adenosylmethionine synthetase  74.81 
 
 
397 aa  605  9.999999999999999e-173  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000578039  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1065  S-adenosylmethionine synthetase  74.81 
 
 
397 aa  605  9.999999999999999e-173  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1864  S-adenosylmethionine synthetase  73.32 
 
 
399 aa  605  9.999999999999999e-173  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2818  Methionine adenosyltransferase  74.44 
 
 
395 aa  597  1e-169  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.575493 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5342  S-adenosylmethionine synthetase  73.68 
 
 
399 aa  595  1e-169  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339579  normal  0.683287 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3094  S-adenosylmethionine synthetase  73.07 
 
 
397 aa  588  1e-167  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0289909  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1716  S-adenosylmethionine synthetase  73.57 
 
 
398 aa  587  1e-166  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.123594  hitchhiker  0.00797673 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3161  S-adenosylmethionine synthetase  72.07 
 
 
396 aa  583  1.0000000000000001e-165  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.153387  hitchhiker  0.00000474907 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1363  S-adenosylmethionine synthetase  73.07 
 
 
395 aa  580  1e-164  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.176558  normal  0.04012 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3192  S-adenosylmethionine synthetase  72.82 
 
 
398 aa  578  1e-164  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000568371  normal  0.539174 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1290  S-adenosylmethionine synthetase  72.07 
 
 
417 aa  571  1.0000000000000001e-162  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.134908  normal  0.0680854 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2989  Methionine adenosyltransferase  73.3 
 
 
399 aa  572  1.0000000000000001e-162  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4159  S-adenosylmethionine synthetase  71.32 
 
 
397 aa  570  1e-161  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0297831  normal  0.258747 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3124  S-adenosylmethionine synthetase  70.9 
 
 
398 aa  570  1e-161  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.110006  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2348  S-adenosylmethionine synthetase  70.5 
 
 
403 aa  565  1e-160  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.233249  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15650  methionine adenosyltransferase  70.25 
 
 
400 aa  564  1e-160  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.148398  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3103  S-adenosylmethionine synthetase  70.86 
 
 
401 aa  561  1.0000000000000001e-159  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0169073  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27040  methionine adenosyltransferase  71.1 
 
 
399 aa  558  1e-158  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.593252  normal  0.387061 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5235  S-adenosylmethionine synthetase  71.61 
 
 
400 aa  554  1e-157  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2575  S-adenosylmethionine synthetase  69.08 
 
 
407 aa  555  1e-157  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.136519  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2414  S-adenosylmethionine synthetase  69.06 
 
 
402 aa  553  1e-156  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.295636  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2373  S-adenosylmethionine synthetase  69.06 
 
 
402 aa  553  1e-156  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2420  S-adenosylmethionine synthetase  69.06 
 
 
402 aa  553  1e-156  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11421  S-adenosylmethionine synthetase  69.25 
 
 
403 aa  549  1e-155  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0291702  normal  0.38734 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2670  S-adenosylmethionine synthetase  67.25 
 
 
402 aa  536  1e-151  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.178907  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18060  methionine adenosyltransferase  69.5 
 
 
397 aa  531  1e-149  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0593613  normal  0.705478 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1718  S-adenosylmethionine synthetase  69.41 
 
 
400 aa  528  1e-149  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.388889  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3737  S-adenosylmethionine synthetase  66.5 
 
 
402 aa  530  1e-149  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.193212 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2439  S-adenosylmethionine synthetase  70.08 
 
 
396 aa  529  1e-149  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523841  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1853  S-adenosylmethionine synthetase  68.92 
 
 
399 aa  525  1e-148  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0451389  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12750  methionine adenosyltransferase  66.42 
 
 
405 aa  523  1e-147  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0223394 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1315  S-adenosylmethionine synthetase  65.42 
 
 
398 aa  509  1e-143  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.119396  normal  0.284127 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2256  S-adenosylmethionine synthetase  66.5 
 
 
411 aa  507  9.999999999999999e-143  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0616987  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1692  S-adenosylmethionine synthetase  65.5 
 
 
397 aa  501  1e-141  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.753186  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2045  S-adenosylmethionine synthetase  66 
 
 
407 aa  501  1e-141  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00317671 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1993  S-adenosylmethionine synthetase  66.5 
 
 
411 aa  503  1e-141  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000306332 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12520  methionine adenosyltransferase  64.59 
 
 
420 aa  498  1e-140  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.260949  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14830  methionine adenosyltransferase  64.57 
 
 
402 aa  496  1e-139  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.000117882  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0087  S-adenosylmethionine synthetase  60.95 
 
 
396 aa  494  1e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000221578  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2251  methionine adenosyltransferase  62.31 
 
 
397 aa  491  1e-137  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000460807  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3096  methionine adenosyltransferase  63.37 
 
 
397 aa  486  1e-136  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1071  S-adenosylmethionine synthetase  63.34 
 
 
393 aa  482  1e-135  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0298396  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2574  S-adenosylmethionine synthetase  62.97 
 
 
395 aa  483  1e-135  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0485425  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2084  methionine adenosyltransferase  62.16 
 
 
395 aa  479  1e-134  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.191002  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09860  Methionine adenosyltransferase  61.9 
 
 
402 aa  478  1e-134  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0125  S-adenosylmethionine synthetase  61.4 
 
 
396 aa  479  1e-134  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00105717  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3565  S-adenosylmethionine synthetase  62.25 
 
 
403 aa  481  1e-134  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814506  normal  0.982729 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0160  S-adenosylmethionine synthetase  62.44 
 
 
405 aa  478  1e-133  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.754463  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0445  S-adenosylmethionine synthetase  61.25 
 
 
395 aa  475  1e-133  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000309499  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1756  S-adenosylmethionine synthetase  60.95 
 
 
395 aa  472  1e-132  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000785421  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0686  S-adenosylmethionine synthetase  60.61 
 
 
396 aa  471  1e-132  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000273015  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1171  S-adenosylmethionine synthetase  59.8 
 
 
395 aa  472  1e-132  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000972386  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1133  S-adenosylmethionine synthetase  59.8 
 
 
395 aa  472  1e-132  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000111198  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2777  S-adenosylmethionine synthetase  61.25 
 
 
403 aa  472  1e-132  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000102854  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3549  S-adenosylmethionine synthetase  61.6 
 
 
403 aa  472  1e-132  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.642541  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2330  methionine adenosyltransferase  59.2 
 
 
396 aa  470  1.0000000000000001e-131  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1877  S-adenosylmethionine synthetase  60.25 
 
 
398 aa  469  1.0000000000000001e-131  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0489  S-adenosylmethionine synthetase  60.99 
 
 
405 aa  470  1.0000000000000001e-131  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1841  S-adenosylmethionine synthetase  60.25 
 
 
398 aa  469  1.0000000000000001e-131  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3891  S-adenosylmethionine synthetase  60.05 
 
 
396 aa  468  1.0000000000000001e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00109689  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1352  S-adenosylmethionine synthetase  59 
 
 
399 aa  466  9.999999999999999e-131  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0659  S-adenosylmethionine synthetase  61.5 
 
 
403 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1234  S-adenosylmethionine synthetase  59.36 
 
 
396 aa  465  9.999999999999999e-131  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3981  S-adenosylmethionine synthetase  59.8 
 
 
396 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000348916  hitchhiker  0.00000146833 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1928  S-adenosylmethionine synthetase  60.1 
 
 
389 aa  459  9.999999999999999e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.10598e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3116  S-adenosylmethionine synthetase  59.8 
 
 
391 aa  453  1.0000000000000001e-126  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.292647 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4886  S-adenosylmethionine synthetase  59.55 
 
 
399 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4914  S-adenosylmethionine synthetase  59.8 
 
 
399 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.11754  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4660  S-adenosylmethionine synthetase  59.55 
 
 
399 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4500  S-adenosylmethionine synthetase  59.8 
 
 
399 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4517  S-adenosylmethionine synthetase  59.55 
 
 
399 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.536795  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4904  S-adenosylmethionine synthetase  59.8 
 
 
399 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000363625  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1332  S-adenosylmethionine synthetase  58.71 
 
 
389 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000124955  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4357  S-adenosylmethionine synthetase  62.07 
 
 
410 aa  452  1.0000000000000001e-126  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.808224  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1725  S-adenosylmethionine synthetase  60.4 
 
 
402 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.710096  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3252  S-adenosylmethionine synthetase  58.35 
 
 
384 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0015174  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5017  S-adenosylmethionine synthetase  59.55 
 
 
399 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00446313  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0894  S-adenosylmethionine synthetase  58.1 
 
 
395 aa  452  1.0000000000000001e-126  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000969915  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4877  S-adenosylmethionine synthetase  59.8 
 
 
399 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000842328  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3263  S-adenosylmethionine synthetase  58.6 
 
 
384 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0673019  normal  0.240242 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3328  S-adenosylmethionine synthetase  58.85 
 
 
384 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.196348  normal  0.570149 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0363  S-adenosylmethionine synthetase  59.8 
 
 
399 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000052915  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2642  S-adenosylmethionine synthetase  59.49 
 
 
391 aa  451  1.0000000000000001e-126  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1135  S-adenosylmethionine synthetase  58.4 
 
 
397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3729  S-adenosylmethionine synthetase  60.96 
 
 
408 aa  454  1.0000000000000001e-126  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.582078  normal  0.310239 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3336  S-adenosylmethionine synthetase  58.6 
 
 
384 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.216224  normal  0.254076 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1880  S-adenosylmethionine synthetase  58.85 
 
 
387 aa  451  1e-125  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1306  S-adenosylmethionine synthetase  60.24 
 
 
421 aa  451  1e-125  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.883498  normal  0.454571 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3874  methionine adenosyltransferase  57.14 
 
 
396 aa  451  1e-125  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000696498  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1290  S-adenosylmethionine synthetase  58.35 
 
 
389 aa  448  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.00000000000000134106  hitchhiker  0.0000021958 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1470  S-adenosylmethionine synthetase  61.96 
 
 
412 aa  451  1e-125  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274097  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4594  S-adenosylmethionine synthetase  59.8 
 
 
399 aa  451  1e-125  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.791965  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3437  S-adenosylmethionine synthetase  58.56 
 
 
399 aa  448  1e-125  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.109386  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3433  S-adenosylmethionine synthetase  58.35 
 
 
384 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223184 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4244  S-adenosylmethionine synthetase  58.1 
 
 
384 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.908743  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2521  S-adenosylmethionine synthetase  57.93 
 
 
388 aa  445  1.0000000000000001e-124  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.53813 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3084  S-adenosylmethionine synthetase  58.1 
 
 
384 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.383726  hitchhiker  0.000161028 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3346  S-adenosylmethionine synthetase  58.1 
 
 
384 aa  447  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.274047  decreased coverage  0.00210424 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>