119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2988 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2988  peptidoglycan binding domain-containing protein  100 
 
 
249 aa  499  1e-140  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.382188 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2508  peptidoglycan binding domain-containing protein  63.28 
 
 
256 aa  273  1.0000000000000001e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0275667  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3809  NLP/P60 protein  54.84 
 
 
496 aa  84  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.100771  normal  0.247532 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3084  Lytic transglycosylase catalytic  41 
 
 
623 aa  65.5  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0730  peptidoglycan binding domain-containing protein  56.6 
 
 
1089 aa  60.1  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2834  peptidoglycan binding domain-containing protein  38.98 
 
 
166 aa  59.3  0.00000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0426204  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4365  transglycosylase-like  32.42 
 
 
225 aa  58.9  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.684543 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0215  transglycosylase domain-containing protein  31.89 
 
 
227 aa  58.9  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3347  peptidoglycan binding domain-containing protein  44.12 
 
 
629 aa  57.8  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0042  spore cortex-lytic enzyme  54.39 
 
 
228 aa  57  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.415977  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11020  peptidase M23B  53.06 
 
 
324 aa  56.2  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.185646  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2188  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  52.94 
 
 
549 aa  55.5  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  47.17 
 
 
2277 aa  55.1  0.0000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0968  stage II sporulation D domain-containing protein  47.69 
 
 
462 aa  54.7  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00176967  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5192  peptidoglycan binding domain-containing protein  50 
 
 
322 aa  54.3  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000000016794  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18550  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  47.17 
 
 
225 aa  54.3  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03060  Spore cortex-lytic enzyme SleB  49.09 
 
 
239 aa  53.5  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37540  PG-binding-1 domain-containing protein  47.54 
 
 
276 aa  53.5  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.111379  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1663  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  54 
 
 
283 aa  53.1  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39690  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54 
 
 
382 aa  52.8  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.587198 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2969  peptidoglycan binding domain-containing protein  48.98 
 
 
274 aa  52.4  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1812  peptidoglycan binding domain-containing protein  56 
 
 
77 aa  52.4  0.000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00132339  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1953  cell wall hydrolase, SleB  48.21 
 
 
234 aa  51.6  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1886  peptidoglycan binding domain-containing protein  53.06 
 
 
635 aa  51.2  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4849  spore cortex-lytic enzyme  48.21 
 
 
228 aa  51.6  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2115  SCP-like extracellular  46.94 
 
 
349 aa  51.2  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.147298  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2175  spore cortex-lytic enzyme  48.15 
 
 
270 aa  52  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09540  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  48.08 
 
 
280 aa  52  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.623217  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4768  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  50.94 
 
 
245 aa  50.8  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2734  peptidoglycan binding domain-containing protein  47.92 
 
 
300 aa  50.8  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.230692  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2153  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.45 
 
 
319 aa  50.8  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000738312  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1560  spore cortex-lytic enzyme  51.72 
 
 
225 aa  51.2  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7088  cell wall hydrolase/autolysin  48 
 
 
379 aa  50.8  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2464  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  46.3 
 
 
201 aa  50.8  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000202368  normal  0.0272444 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1949  cell wall hydrolase, SleB  52 
 
 
224 aa  50.1  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000201814  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0939  peptidoglycan binding domain-containing protein  41.82 
 
 
310 aa  50.1  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5126  peptidoglycan-binding domain 1 protein  57.5 
 
 
200 aa  50.1  0.00003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.283972  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1970  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  47.92 
 
 
160 aa  50.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.607803 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7330  cell wall hydrolase/autolysin  42.59 
 
 
409 aa  50.1  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.680147  normal  0.468389 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0945  peptidoglycan-binding domain 1 protein  49.09 
 
 
260 aa  50.1  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.572838  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0449  spore cortex-lytic enzyme  44.44 
 
 
267 aa  49.7  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1188  peptidoglycan binding domain-containing protein  55.56 
 
 
321 aa  49.7  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4565  Transglycosylase domain protein  46.3 
 
 
224 aa  49.7  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.651995  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0267  peptidoglycan binding domain-containing protein  58.82 
 
 
317 aa  49.7  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.252847  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5404  peptidoglycan binding domain-containing protein  48.15 
 
 
398 aa  49.3  0.00006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5493  peptidoglycan binding domain-containing protein  48.15 
 
 
398 aa  49.3  0.00006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.306054  normal  0.340156 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5780  peptidoglycan binding domain-containing protein  48.15 
 
 
398 aa  49.3  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.103235  normal  0.0225993 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6248  NLP/P60 protein  48.08 
 
 
285 aa  49.3  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0809629  normal  0.153407 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0604  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.33 
 
 
326 aa  49.3  0.00006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.66709  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0285  hypothetical protein  50 
 
 
292 aa  48.5  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.888906 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1153  transglycosylase domain-containing protein  27.94 
 
 
266 aa  48.5  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.478792 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6069  peptidoglycan binding domain-containing protein  46.3 
 
 
395 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.123389 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13950  hydrolase  46.3 
 
 
406 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4855  cell wall hydrolase/autolysin  48.15 
 
 
396 aa  48.1  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3195  cell wall hydrolase, SleB  45.45 
 
 
234 aa  47.4  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0837  peptidoglycan binding domain-containing protein  46.3 
 
 
395 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.265707  normal  0.357261 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1897  spore cortex-lytic enzyme SleB  46.3 
 
 
247 aa  47.8  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0572878  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1443  Zinc D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  44.83 
 
 
242 aa  47.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0153  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  39.51 
 
 
665 aa  47.8  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1225  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  44.68 
 
 
234 aa  47.4  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5403  cell wall hydrolase/autolysin  46.3 
 
 
383 aa  47.8  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2755  peptidoglycan binding domain-containing protein  50 
 
 
170 aa  46.2  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1197  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.74 
 
 
667 aa  46.6  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3497  peptidoglycan-binding domain 1 protein  46.43 
 
 
182 aa  46.2  0.0004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2683  NLP/P60 protein  45.28 
 
 
232 aa  46.6  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.65308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2387  gamma-D-glutamyl-{L}-meso-diaminopimelate peptidase I. metallo peptidase. MEROPS family M14C  50 
 
 
423 aa  46.2  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2880  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  42 
 
 
137 aa  46.2  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.248233  normal  0.229872 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1872  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  55.56 
 
 
268 aa  46.2  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.322765  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4725  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  50 
 
 
433 aa  46.2  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4538  cell wall hydrolase/autolysin  42.59 
 
 
438 aa  45.8  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4788  peptidoglycan binding domain-containing protein  46.3 
 
 
163 aa  45.8  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.907058  normal  0.534786 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1726  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  53.66 
 
 
224 aa  45.4  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0528889  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0039  spore cortex-lytic enzyme  40.22 
 
 
242 aa  45.4  0.0008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2356  glycoside hydrolase family 25  40.82 
 
 
297 aa  44.7  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000423175  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0756  hypothetical protein  45.45 
 
 
204 aa  45.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.444213  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1960  peptidoglycan binding domain-containing protein  51.92 
 
 
360 aa  45.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4844  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.28 
 
 
266 aa  44.7  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.38175  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0199  peptidoglycan binding domain-containing protein  41.51 
 
 
266 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  0.116846 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05880  cell wall hydrolase SleB  50 
 
 
229 aa  44.7  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.84059e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30050  putative peptidoglycan-binding domain-containing protein  35.16 
 
 
246 aa  45.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0031896  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26310  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  40.24 
 
 
372 aa  45.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2284  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.83 
 
 
198 aa  44.3  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.586079  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1518  hypothetical protein  50 
 
 
241 aa  44.7  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0912  periplasmic protease  35.8 
 
 
482 aa  44.3  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00173688 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4194  peptidoglycan binding domain-containing protein  44.44 
 
 
528 aa  43.9  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2152  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.22 
 
 
356 aa  44.3  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000936807  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5193  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  45.31 
 
 
356 aa  43.9  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000362844  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0221  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  39.39 
 
 
447 aa  43.5  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0446157  normal  0.633026 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5086  cell wall hydrolase/autolysin  46 
 
 
383 aa  43.5  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.86 
 
 
327 aa  43.5  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0750  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  59.46 
 
 
531 aa  43.5  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03950  putative peptidoglycan-binding domain-containing protein  42.86 
 
 
303 aa  43.5  0.003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.759104 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0330  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  40.74 
 
 
792 aa  43.9  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2562  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  44.44 
 
 
253 aa  42.7  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00268297  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2518  spore cortex-lytic enzyme  44.44 
 
 
253 aa  42.7  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2748  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  44.44 
 
 
253 aa  42.7  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1440  peptidoglycan binding domain-containing protein  41.51 
 
 
275 aa  42.7  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2760  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  44.44 
 
 
259 aa  42.7  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542492  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0303  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  43.86 
 
 
232 aa  43.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.220204  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2532  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  44.44 
 
 
253 aa  42.7  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000946366 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>