More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2860 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2860  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 1007 aa  1999    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.984065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2384  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  65.81 
 
 		 1132 aa  911    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.878673 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0389  sensor protein  41.88 
 
 		 1026 aa  439  1e-121  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.206732  normal  0.420146 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3193  hypothetical protein  38.85 
 
 		 817 aa  394  1e-108  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3255  histidine kinase  43.65 
 
 		 769 aa  380  1e-104  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.43957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1821  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.35 
 
 		 1049 aa  377  1e-103  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.284128 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0974  histidine kinase  37.72 
 
 		 950 aa  375  1e-102  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.137701  normal  0.407195 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3669  histidine kinase  37.4 
 
 		 854 aa  375  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.473559  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2939  putative sensor with HAMP domain  39 
 
 		 669 aa  376  1e-102  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0156  histidine kinase  37.92 
 
 		 905 aa  372  1e-101  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.541599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5990  sensor protein  37.64 
 
 		 1281 aa  367  1e-100  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.330888  normal  0.0251678 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1803  putative sensor with HAMP domain  32.15 
 
 		 973 aa  359  1.9999999999999998e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0110319  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3805  putative sensor with HAMP domain  37.09 
 
 		 821 aa  358  2.9999999999999997e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3337  putative sensor with HAMP domain  39.3 
 
 		 807 aa  358  2.9999999999999997e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.966356  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7862  putative sensor with HAMP domain  37.19 
 
 		 1560 aa  356  1e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.712713 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0644  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 		 1282 aa  355  2.9999999999999997e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1289  histidine kinase  39.26 
 
 		 801 aa  354  5e-96  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.130589  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0458  putative sensor with HAMP domain  36.89 
 
 		 1092 aa  351  4e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0813  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.64 
 
 		 1119 aa  346  1e-93  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067118 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2278  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.19 
 
 		 1268 aa  337  1e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.67551  normal  0.196392 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1808  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.7 
 
 		 957 aa  335  2e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0816  ATPase domain-containing protein  37.09 
 
 		 1164 aa  333  1e-89  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.480121  normal  0.16017 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2806  histidine kinase  51.34 
 
 		 797 aa  332  2e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0222704  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0304  histidine kinase  38.49 
 
 		 697 aa  331  5.0000000000000004e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0970  ATP-binding region ATPase domain-containing protein  34.19 
 
 		 1051 aa  328  3e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0961575 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0760  histidine kinase  36.32 
 
 		 1148 aa  327  7e-88  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0211999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1797  hypothetical protein  37.13 
 
 		 950 aa  323  9.999999999999999e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0356  hypothetical protein  35.62 
 
 		 735 aa  322  1.9999999999999998e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00751906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2444  ATP-binding region, ATPase-like  46.41 
 
 		 836 aa  319  2e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.277101  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2826  ATP-binding region, ATPase-like  34.43 
 
 		 1004 aa  318  3e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.869401 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0625  hypothetical protein  52.34 
 
 		 683 aa  317  6e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4266  histidine kinase  35.37 
 
 		 1031 aa  316  9.999999999999999e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.159285 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0940  signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 		 1077 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5418  putative sensor with HAMP domain  35.31 
 
 		 1060 aa  311  4e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1788  hypothetical protein  34.74 
 
 		 974 aa  310  1.0000000000000001e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3599  nitrate and nitrite sensing domain-containing protein  35.01 
 
 		 841 aa  310  1.0000000000000001e-82  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.487934 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02250  nitrate/nitrite-sensing histidine kinase with HAMP domain protein  46.97 
 
 		 991 aa  307  6e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8784  hypothetical protein  49.85 
 
 		 637 aa  306  2.0000000000000002e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3875  ATPase domain-containing protein  35.69 
 
 		 1022 aa  306  2.0000000000000002e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.122967  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0278  putative sensor with HAMP domain  44.88 
 
 		 854 aa  301  6e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2066  ATP-binding region ATPase domain protein  35.95 
 
 		 818 aa  299  2e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3980  sensor protein  36.41 
 
 		 843 aa  294  5e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0120875 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34290  nitrate/nitrite-sensing histidine kinase with HAMP domain protein  39.83 
 
 		 996 aa  292  3e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5172  putative sensor with HAMP domain  33.95 
 
 		 1023 aa  289  2e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34340  nitrate/nitrite-sensing histidine kinase with HAMP domain protein  30.76 
 
 		 879 aa  288  2.9999999999999996e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3048  putative sensor with HAMP domain  33.69 
 
 		 965 aa  282  2e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138126  normal  0.807901 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37470  nitrate/nitrite-sensing histidine kinase  47.33 
 
 		 839 aa  282  3e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3054  putative sensor with HAMP domain  45.81 
 
 		 829 aa  282  3e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3228  sensor protein  32.12 
 
 		 817 aa  279  2e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2050  ATP-binding region, ATPase-like  46.83 
 
 		 763 aa  274  6e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.797326  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5272  histidine kinase  32.37 
 
 		 1047 aa  273  1e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1433  ATP-binding region, ATPase-like  44.27 
 
 		 795 aa  266  2e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3126  hypothetical protein  33.28 
 
 		 805 aa  265  3e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.51395 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0272  putative sensor with HAMP domain  29.65 
 
 		 1402 aa  262  3e-68  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.152127 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0171  histidine kinase  31.93 
 
 		 1152 aa  261  7e-68  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.370967  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4130  histidine kinase  30.46 
 
 		 832 aa  261  7e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2844  histidine kinase  32.5 
 
 		 794 aa  258  3e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.27066  normal  0.363063 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3314  putative sensor with HAMP domain  32.97 
 
 		 1000 aa  256  1.0000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2200  putative sensor with HAMP domain  40.94 
 
 		 769 aa  256  2.0000000000000002e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.930898  hitchhiker  0.000377518 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2045  ATP-binding region, ATPase-like  41.51 
 
 		 687 aa  251  3e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3692  putative sensor with HAMP domain-containing protein  31.48 
 
 		 814 aa  251  6e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22058  normal  0.92604 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0310  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 		 1034 aa  249  1e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.284011  normal  0.0972051 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5183  histidine kinase  33.44 
 
 		 863 aa  245  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.343613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 851 aa  242  2e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.99336  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1206  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 851 aa  242  2e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.962465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1536  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.46 
 
 		 860 aa  243  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.310149 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1216  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 851 aa  242  2e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0769481 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3175  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.64 
 
 		 1435 aa  240  1e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00114048  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01800  HAMP domain-containing histidine kinase  39.78 
 
 		 1310 aa  239  2e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13401  hypothetical protein  30.9 
 
 		 876 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00581352  normal  0.147663 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1514  histidine kinase  36.73 
 
 		 895 aa  214  5.999999999999999e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.483804 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0757  ATPase domain-containing protein  30.06 
 
 		 798 aa  214  7e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5599  histidine kinase  30.35 
 
 		 764 aa  214  7.999999999999999e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3381  histidine kinase  38.51 
 
 		 799 aa  212  3e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0645358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2445  putative sensor with HAMP domain  31.28 
 
 		 1076 aa  212  4e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.448379 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0699  sensor protein  29.17 
 
 		 839 aa  209  1e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.21511  normal  0.286322 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1145  ATP-binding region ATPase domain-containing protein  48.84 
 
 		 670 aa  209  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4889  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.97 
 
 		 803 aa  208  4e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.03086 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3848  histidine kinase HAMP region domain protein  43.88 
 
 		 733 aa  204  9e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.629022  normal  0.0726472 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4330  ATP-binding region, ATPase-like  38.1 
 
 		 516 aa  187  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0363  ATP-binding region ATPase domain protein  47.26 
 
 		 769 aa  180  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2534  ATP-binding region ATPase domain protein  41.94 
 
 		 436 aa  165  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1060  ATP-binding region ATPase domain protein  45.37 
 
 		 484 aa  165  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.497874 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0489  histidine kinase  36.75 
 
 		 832 aa  155  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5487  ATPase domain-containing protein  34.96 
 
 		 600 aa  150  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.556771  normal  0.482475 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2807  ATP-binding region, ATPase-like  43.17 
 
 		 465 aa  150  1.0000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.592977  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06940  signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 		 412 aa  149  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.520688  normal  0.077784 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5470  histidine kinase  39.72 
 
 		 575 aa  144  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4816  ATP-binding region ATPase domain protein  35.45 
 
 		 630 aa  139  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33051  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2755  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 		 453 aa  134  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.136018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33570  histidine kinase  36.48 
 
 		 524 aa  126  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112009  normal  0.643392 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1437  ATP-binding region ATPase domain protein  36.29 
 
 		 485 aa  125  3e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.95356  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1138  ATP-binding region ATPase domain protein  39.33 
 
 		 539 aa  115  5e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.127728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4180  ATP-binding region ATPase domain protein  33.33 
 
 		 458 aa  108  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.412198  normal  0.250223 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0989  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  21.88 
 
 		 720 aa  81.3  0.00000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2282  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.59 
 
 		 664 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.330304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0983  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  19.88 
 
 		 720 aa  70.9  0.0000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3695  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.07 
 
 		 930 aa  68.2  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1114  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.01 
 
 		 700 aa  64.7  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.655641 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5712  histidine kinase  32.41 
 
 		 483 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.478101  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>