222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2823 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2823  L-proline dehydrogenase  100 
 
 
309 aa  603  9.999999999999999e-173  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1081  Proline dehydrogenase  57.73 
 
 
307 aa  315  5e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.962352  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0480  L-proline dehydrogenase  51.97 
 
 
316 aa  306  3e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8354  Proline dehydrogenase  54.42 
 
 
309 aa  299  5e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0078  Proline dehydrogenase  51.3 
 
 
308 aa  295  8e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.540911 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0434  L-proline dehydrogenase  55.63 
 
 
311 aa  291  8e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24480  L-proline dehydrogenase  49.17 
 
 
319 aa  285  7e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4460  Proline dehydrogenase  50.81 
 
 
306 aa  281  8.000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0342  proline dehydrogenase  52.27 
 
 
305 aa  281  9e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0992788  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5760  Proline dehydrogenase  48.05 
 
 
306 aa  280  3e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3097  proline dehydrogenase  49.84 
 
 
308 aa  279  4e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0345843  normal  0.274193 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4025  L-proline dehydrogenase  46.98 
 
 
318 aa  279  6e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4100  L-proline dehydrogenase  46.98 
 
 
318 aa  279  6e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.422146  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4255  L-proline dehydrogenase  46.98 
 
 
318 aa  279  6e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.136465 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0248  L-proline dehydrogenase  48.1 
 
 
317 aa  278  7e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.529478  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1424  Proline dehydrogenase  53.42 
 
 
311 aa  277  1e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0568562  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11212  proline dehydrogenase  51.35 
 
 
329 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0207588  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0409  proline dehydrogenase  51.48 
 
 
306 aa  271  7e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302013 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4525  proline dehydrogenase  50 
 
 
320 aa  271  1e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.324934  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1511  proline dehydrogenase  48.69 
 
 
302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0201  Proline dehydrogenase  48.09 
 
 
317 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4483  Proline dehydrogenase  50.49 
 
 
306 aa  266  4e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.224084 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0646  Proline dehydrogenase  47.73 
 
 
308 aa  258  9e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.807142 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1295  Proline dehydrogenase  49.13 
 
 
317 aa  254  2.0000000000000002e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.140087  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02730  L-proline dehydrogenase  48.39 
 
 
308 aa  249  3e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.655288  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0088  L-proline dehydrogenase  47.08 
 
 
308 aa  239  4e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2428  proline dehydrogenase  49.08 
 
 
360 aa  221  8e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.342567 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0599  Proline dehydrogenase  38.36 
 
 
306 aa  205  1e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1338  L-proline dehydrogenase  36.13 
 
 
306 aa  187  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0183  Proline dehydrogenase  41.9 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6745  Proline dehydrogenase  43.37 
 
 
286 aa  179  7e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.989214  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0851  proline dehydrogenase  39.15 
 
 
310 aa  175  9e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.435625  normal  0.094276 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3090  Proline dehydrogenase  34.55 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2939  Proline dehydrogenase  33.45 
 
 
305 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3124  Proline dehydrogenase  40.4 
 
 
307 aa  171  1e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.206513  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2640  Proline dehydrogenase  37.94 
 
 
307 aa  169  4e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5148  proline dehydrogenase family protein  33.82 
 
 
305 aa  169  5e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4879  proline dehydrogenase family protein  33.82 
 
 
305 aa  169  5e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4721  proline dehydrogenase  33.82 
 
 
305 aa  169  5e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4736  proline dehydrogenase  33.82 
 
 
305 aa  169  5e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5253  proline dehydrogenase family protein  33.82 
 
 
305 aa  169  5e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0498834  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5121  proline dehydrogenase family protein  33.82 
 
 
305 aa  169  5e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0091  proline dehydrogenase family protein  33.82 
 
 
305 aa  169  5e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5159  proline dehydrogenase family protein  33.82 
 
 
305 aa  169  5e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5153  proline dehydrogenase family protein  33.82 
 
 
305 aa  168  8e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4838  proline dehydrogenase  33.09 
 
 
305 aa  167  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2524  Proline dehydrogenase  39.21 
 
 
307 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.30854  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0351  Proline dehydrogenase  38.83 
 
 
279 aa  156  5.0000000000000005e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0346031  normal  0.177758 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3600  proline dehydrogenase  31.65 
 
 
305 aa  155  1e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4054  Proline dehydrogenase  37.81 
 
 
279 aa  154  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2923  L-proline dehydrogenase  38.25 
 
 
306 aa  153  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0662  Proline dehydrogenase  37.37 
 
 
331 aa  145  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1324  proline dehydrogenase  31.29 
 
 
333 aa  142  9.999999999999999e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.26467  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1854  proline dehydrogenase  31.67 
 
 
333 aa  142  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1819  proline dehydrogenase  31.67 
 
 
333 aa  142  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1107  Proline dehydrogenase  36.59 
 
 
277 aa  140  3e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.000219006  normal  0.0483795 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1150  Proline dehydrogenase  36.88 
 
 
290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.906847  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0949  Proline dehydrogenase  35.97 
 
 
295 aa  132  7.999999999999999e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2929  Proline dehydrogenase  35.92 
 
 
278 aa  122  8e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0496  Proline dehydrogenase  38.79 
 
 
279 aa  121  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1500  L-proline dehydrogenase  33.8 
 
 
306 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.49139  normal  0.510796 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2465  proline dehydrogenase  30.63 
 
 
319 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0346  proline dehydrogenase  28 
 
 
318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.417715  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1959  delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  28.97 
 
 
1001 aa  99.8  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0833  aldehyde dehydrogenase  27.24 
 
 
996 aa  96.3  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.286586  normal  0.902377 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3332  proline dehydrogenase  31.07 
 
 
323 aa  95.1  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254194  normal  0.274801 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3209  delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  29.75 
 
 
1001 aa  88.6  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1366  proline dehydrogenase superfamily protein  31 
 
 
321 aa  87.8  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5008  proline dehydrogenase  25.88 
 
 
271 aa  85.9  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2942  L-proline dehydrogenase / delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  28.92 
 
 
993 aa  85.1  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3446  L-proline dehydrogenase / delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  28.45 
 
 
993 aa  81.6  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1002  delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  28.62 
 
 
991 aa  80.9  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0261182 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0054  L-proline dehydrogenase / delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  26.67 
 
 
1003 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0070  putative delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  27.61 
 
 
1006 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3142  delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  28.4 
 
 
990 aa  79.3  0.00000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2146  delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  27.69 
 
 
1013 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2411  delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  27.39 
 
 
1004 aa  79.3  0.00000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0350749  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4428  bifunctional proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  25.81 
 
 
1040 aa  78.2  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07096  bifunctional proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  26.09 
 
 
1043 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1378  Aldehyde Dehydrogenase  29.82 
 
 
975 aa  77  0.0000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1806  delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  26.2 
 
 
1004 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00285483 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1871  putative delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  27.33 
 
 
1002 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00392052  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3512  L-proline dehydrogenase / delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  26.2 
 
 
1003 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0715  aldehyde dehydrogenase  29.48 
 
 
1028 aa  71.6  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.740521 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0169  bifunctional proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  26.09 
 
 
1039 aa  72  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0936263  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001017  proline dehydrogenase (Proline oxidase)/delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  24.93 
 
 
1043 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.135188  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1564  bifunctional proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  27.93 
 
 
1071 aa  67.8  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000721596 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54170  bifunctional proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  28.41 
 
 
1060 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4737  bifunctional proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  28.41 
 
 
1060 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284554  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1044  bifunctional proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  30.58 
 
 
1030 aa  66.6  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.566511 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1655  bifunctional proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  26.37 
 
 
1050 aa  66.2  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3765  delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  29.39 
 
 
1318 aa  66.2  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2369  trifunctional transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  27.78 
 
 
1323 aa  66.2  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.557702  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2268  trifunctional transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  27.78 
 
 
1323 aa  65.9  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2037  trifunctional transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  27.78 
 
 
1323 aa  65.9  0.0000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.851494 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1543  bifunctional proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  26.92 
 
 
1276 aa  65.9  0.0000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.386484  normal  0.38403 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0114  delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  28.12 
 
 
991 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.951346  normal  0.654894 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0117  delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  28.12 
 
 
991 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1661  bifunctional proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  26.65 
 
 
1050 aa  64.7  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01024  hypothetical protein  28.48 
 
 
1320 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>