More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2674 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2674  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 746 aa  1431    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.559823  normal  0.558712 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1580  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  43.99 
 
 		 636 aa  477  1e-133  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0850  N-6 DNA methylase  42.49 
 
 		 675 aa  415  1e-114  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.149563 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1917  N-6 DNA methylase  42.06 
 
 		 673 aa  380  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00444003  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2731  N-6 DNA methylase  37.33 
 
 		 626 aa  348  2e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.427246 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1637  N-6 DNA methylase  37.03 
 
 		 625 aa  320  5e-86  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.579596 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1912  N-6 DNA methylase  38.12 
 
 		 691 aa  306  1.0000000000000001e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0212938  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0261  hypothetical protein  36.56 
 
 		 680 aa  300  5e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.746292  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0961  N-6 DNA methylase  34.72 
 
 		 677 aa  296  7e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2689  N-6 DNA methylase  35.31 
 
 		 709 aa  273  6e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.227134 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1409  N-6 DNA methylase  35.53 
 
 		 698 aa  271  4e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1349  putative type I restriction system adenine methylase  37.23 
 
 		 558 aa  205  2e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0019  N-6 DNA methylase  26.67 
 
 		 501 aa  107  8e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00151011 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0039  N-6 DNA methylase  26.67 
 
 		 501 aa  107  9e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.250679  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  34.05 
 
 		 498 aa  102  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2453  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.86 
 
 		 538 aa  100  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.53896  normal  0.845275 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2789  N-6 DNA methylase  31.9 
 
 		 532 aa  100  1e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.206405 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1222  N-6 DNA methylase  32.69 
 
 		 519 aa  99.4  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  28.14 
 
 		 503 aa  98.6  3e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  26.25 
 
 		 499 aa  98.6  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  29.76 
 
 		 498 aa  97.8  7e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  28.78 
 
 		 497 aa  97.4  8e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1120  type I restriction-modification system specificity subunit  30.28 
 
 		 527 aa  97.1  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0224  Type I restriction-modification system, M subunit  27.72 
 
 		 519 aa  96.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0005  type I restriction-modification system, M subunit  28.57 
 
 		 528 aa  95.9  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  32.11 
 
 		 498 aa  95.5  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  32.07 
 
 		 504 aa  94.7  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1858  N-6 DNA methylase  28.16 
 
 		 540 aa  94.7  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  30.17 
 
 		 499 aa  94.4  8e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1086  type I restriction-modification system, M subunit  27.39 
 
 		 576 aa  93.6  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0286  N4/N6-methyltransferase family protein  26.73 
 
 		 569 aa  93.6  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2908  N-6 DNA methylase  27.39 
 
 		 523 aa  94  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  31.65 
 
 		 500 aa  93.2  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3148  N-6 DNA methylase  32.86 
 
 		 540 aa  92.4  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.303766 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  31.28 
 
 		 505 aa  91.7  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4777  N-6 DNA methylase  30.62 
 
 		 517 aa  92  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.797401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  28.08 
 
 		 510 aa  91.3  6e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2909  N4/N6-methyltransferase family protein  28.92 
 
 		 515 aa  91.3  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0483  N-6 DNA methylase  27.27 
 
 		 568 aa  90.9  7e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283562  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  19.94 
 
 		 510 aa  91.3  7e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  31.9 
 
 		 496 aa  90.1  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2418  N-6 DNA methylase  30 
 
 		 525 aa  90.1  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.572428  normal  0.0719197 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2793  type I restriction-modification system, M subunit  30 
 
 		 525 aa  90.1  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3758  N-6 DNA methylase  31.4 
 
 		 511 aa  90.5  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.921564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1940  N-6 DNA methylase  29.67 
 
 		 535 aa  90.1  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0625168  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3300  N-6 DNA methylase  31.25 
 
 		 537 aa  89  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500405 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4006  N-6 DNA methylase  30.23 
 
 		 514 aa  88.6  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1539  type I restriction-modification system, M subunit  29.86 
 
 		 500 aa  87.4  9e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000154488  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  31.28 
 
 		 547 aa  86.7  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2743  type I restriction system adenine methylase  31.78 
 
 		 518 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2248  N-6 DNA methylase  31.28 
 
 		 521 aa  84  0.000000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0522014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2017  N-6 DNA methylase  31.63 
 
 		 517 aa  83.2  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.54323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  30.35 
 
 		 495 aa  82.8  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0032  N-6 DNA methylase  27.75 
 
 		 544 aa  82.4  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.885751  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3380  N-6 DNA methylase  28.3 
 
 		 570 aa  82.4  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.368642  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0988  N-6 DNA methylase  29.82 
 
 		 527 aa  81.6  0.00000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  31.22 
 
 		 587 aa  81.3  0.00000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1809  hypothetical protein  26.42 
 
 		 849 aa  80.5  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  29.72 
 
 		 544 aa  79.7  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  32.12 
 
 		 534 aa  79.7  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  28.38 
 
 		 535 aa  80.1  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  30.65 
 
 		 535 aa  79.7  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3006  N-6 DNA methylase  29.25 
 
 		 520 aa  79  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.809429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  28.7 
 
 		 537 aa  78.6  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  35.36 
 
 		 775 aa  78.6  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  28.7 
 
 		 537 aa  78.6  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  30.41 
 
 		 493 aa  78.2  0.0000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3080  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.02 
 
 		 549 aa  78.2  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.801077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  31.09 
 
 		 503 aa  78.2  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  30.15 
 
 		 540 aa  77.8  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  30.77 
 
 		 537 aa  77.4  0.0000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1096  N-6 DNA methylase  30.6 
 
 		 543 aa  77.4  0.0000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  28.65 
 
 		 508 aa  77  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  30.21 
 
 		 508 aa  76.6  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1016  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  26.15 
 
 		 680 aa  76.6  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1102  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  30.56 
 
 		 548 aa  77  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.358797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  34.31 
 
 		 633 aa  77  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  29.41 
 
 		 585 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  26.95 
 
 		 799 aa  76.6  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3128  N-6 DNA methylase  29.25 
 
 		 518 aa  76.6  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.465456  decreased coverage  0.00982418 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  30.77 
 
 		 508 aa  75.5  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  26.98 
 
 		 494 aa  75.9  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  28.72 
 
 		 810 aa  75.9  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3440  N-6 DNA methylase  22.75 
 
 		 629 aa  75.9  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000836739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  30.77 
 
 		 523 aa  75.5  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  26.92 
 
 		 574 aa  75.5  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3767  N-6 DNA methylase  28.5 
 
 		 564 aa  75.1  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  27.98 
 
 		 518 aa  74.7  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4240  N-6 DNA methylase  26.91 
 
 		 567 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.386659  hitchhiker  0.00142847 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  25.1 
 
 		 496 aa  74.7  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  29.07 
 
 		 492 aa  74.7  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  30.35 
 
 		 537 aa  74.7  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  32.5 
 
 		 574 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  27.73 
 
 		 504 aa  73.9  0.000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7556  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  29.82 
 
 		 544 aa  73.6  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  29.29 
 
 		 495 aa  73.9  0.00000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1359  N-6 DNA methylase  22.54 
 
 		 529 aa  73.2  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.315285 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2509  site-specific DNA-methyltransferase  28.27 
 
 		 540 aa  73.6  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.847656  normal  0.642426 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  32 
 
 		 574 aa  72.8  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  27.73 
 
 		 708 aa  73.2  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>