165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2649 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2649  hypothetical protein  100 
 
 
498 aa  1031    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0340038  normal  0.0581443 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8013  hypothetical protein  65.3 
 
 
524 aa  675    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3374  amine oxidase  73.36 
 
 
512 aa  769    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1637  hypothetical protein  66.33 
 
 
516 aa  678    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.252141 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4898  hypothetical protein  88.24 
 
 
494 aa  884    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00550747  normal  0.0440629 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3497  amine oxidase  50.5 
 
 
507 aa  496  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.281636  normal  0.0813869 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4196  amine oxidase  48.65 
 
 
496 aa  485  1e-136  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.956515 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2236  hypothetical protein  50.2 
 
 
500 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0391032 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3095  hypothetical protein  49.7 
 
 
500 aa  464  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0984  amine oxidase  49.4 
 
 
520 aa  461  9.999999999999999e-129  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2861  hypothetical protein  48.68 
 
 
511 aa  460  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.245537 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4465  amine oxidase  47.87 
 
 
480 aa  456  1e-127  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0374  hypothetical protein  49.22 
 
 
500 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.10021  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2880  hypothetical protein  49.49 
 
 
511 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0436694 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0991  hypothetical protein  41.62 
 
 
519 aa  398  1e-109  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.97338  hitchhiker  0.00393632 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0045  hypothetical protein  39.63 
 
 
472 aa  380  1e-104  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.00889429  hitchhiker  0.00142526 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0064  hypothetical protein  37.82 
 
 
549 aa  358  9.999999999999999e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2934  hypothetical protein  38.1 
 
 
538 aa  352  1e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1201  hypothetical protein  39.21 
 
 
537 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0031  Protoporphyrinogen oxidase-like protein  36.79 
 
 
1033 aa  336  5.999999999999999e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000538665  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0109  FAD dependent oxidoreductase  38.73 
 
 
539 aa  333  6e-90  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1706  hypothetical protein  35.29 
 
 
465 aa  276  7e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.186838  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1418  FAD dependent oxidoreductase  34.07 
 
 
450 aa  273  4.0000000000000004e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.804281  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3582  hypothetical protein  36.29 
 
 
463 aa  270  4e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.932394  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3655  hypothetical protein  36.29 
 
 
463 aa  270  4e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3587  hypothetical protein  36.08 
 
 
463 aa  269  1e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.584997  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4750  hypothetical protein  34.71 
 
 
436 aa  265  1e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0902  hypothetical protein  27.23 
 
 
465 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.787196  normal  0.0359011 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1446  amine oxidase  26.39 
 
 
446 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.14723  normal  0.0175327 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0942  amine oxidase  26.58 
 
 
449 aa  134  3e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15931  normal  0.877558 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0966  UDP-galactopyranose mutase  26.12 
 
 
447 aa  131  3e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2036  amine oxidase, flavin-containing  22.96 
 
 
459 aa  130  7.000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0065  protoporphyrinogen oxidase  22.55 
 
 
459 aa  124  4e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7546  FAD dependent oxidoreductase  27.72 
 
 
489 aa  124  5e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2937  amine oxidase  26.94 
 
 
448 aa  119  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.13546  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2150  amine oxidase  24.24 
 
 
1293 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.017557  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0121  amine oxidase  26.22 
 
 
436 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.406547  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2305  glycosyl transferase family 2  24.17 
 
 
722 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0138852  normal  0.273361 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1076  amine oxidase  26.23 
 
 
437 aa  111  3e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2101  amine oxidase  24.16 
 
 
452 aa  110  7.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8137  Protoporphyrinogen oxidase-like protein  25.41 
 
 
491 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.163406  normal  0.434149 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0204  amine oxidase  26.36 
 
 
435 aa  104  4e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.420312  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1142  amine oxidase  22.91 
 
 
428 aa  104  4e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0375  hypothetical protein  25.43 
 
 
428 aa  103  8e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.427757  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00060  conserved expressed protein  23.52 
 
 
538 aa  98.6  2e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0591276  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03112  conserved hypothetical protein  22.97 
 
 
532 aa  93.2  1e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.630535  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1512  amine oxidase, flavin-containing  21.41 
 
 
454 aa  92.8  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.118585  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0893  amine oxidase  23.21 
 
 
431 aa  89  2e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000373233 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0862  UDP-galactopyranose mutase  22.2 
 
 
424 aa  78.2  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.804118  normal  0.0706079 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2685  amine oxidase, flavin-containing  21.33 
 
 
449 aa  77.4  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.327813  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0481  hypothetical protein  23.53 
 
 
450 aa  75.9  0.000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.0000175856  decreased coverage  0.00000000723889 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0216  UDP-galactopyranose mutase  21.44 
 
 
452 aa  74.7  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1928  FAD dependent oxidoreductase  22.06 
 
 
460 aa  73.6  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0140  hypothetical protein  23.04 
 
 
432 aa  66.6  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.63632  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1072  hypothetical protein  26.09 
 
 
421 aa  65.1  0.000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00830956 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2149  hypothetical protein  24.32 
 
 
429 aa  65.1  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.226037  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4100  Protoporphyrinogen oxidase-like protein  22.24 
 
 
467 aa  64.7  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105834  normal  0.0160826 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4165  UDP-galactopyranose mutase  25.23 
 
 
373 aa  58.9  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.367331 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1312  amine oxidase  29.87 
 
 
446 aa  57  0.0000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0501  hypothetical protein  22.9 
 
 
437 aa  56.2  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2574  amine oxidase  42.03 
 
 
455 aa  56.2  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.278816  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4000  hypothetical protein  30.81 
 
 
383 aa  55.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0842  UDP-galactopyranose mutase  25.86 
 
 
383 aa  53.9  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000837318 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1741  UDP-galactopyranose mutase  26.7 
 
 
391 aa  53.9  0.000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0779  UDP-galactopyranose mutase  25.86 
 
 
383 aa  53.9  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.110856  normal  0.152549 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0544  amine oxidase  38.55 
 
 
525 aa  53.9  0.000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00189501  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0876  UDP-galactopyranose mutase  25.86 
 
 
383 aa  54.3  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.1789 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1374  UDP-galactopyranose mutase  26.04 
 
 
372 aa  53.9  0.000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2040  UDP-galactopyranose mutase  26.04 
 
 
366 aa  53.5  0.000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00394808  normal  0.0793604 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2901  hypothetical protein  19.37 
 
 
427 aa  53.5  0.000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000885481  normal  0.0535803 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1402  UDP-galactopyranose mutase  25.86 
 
 
396 aa  53.1  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0219  UDP-galactopyranose mutase  29.31 
 
 
380 aa  52.4  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40191  amine oxidase  34.82 
 
 
468 aa  52  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.389508  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3047  O-antigen synthesis protein WbyH  18.92 
 
 
427 aa  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0665883  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2265  UDP-galactopyranose mutase  26.29 
 
 
384 aa  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1552  hypothetical protein  21.33 
 
 
435 aa  51.6  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.113177  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0346  amine oxidase  44.64 
 
 
494 aa  51.6  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1143  UDP-galactopyranose mutase  26.9 
 
 
372 aa  51.2  0.00004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000571156  hitchhiker  0.00000314352 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1556  UDP-galactopyranose mutase  27.49 
 
 
383 aa  51.2  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  25.89 
 
 
507 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17731  phytoene dehydrogenase  43.75 
 
 
501 aa  51.2  0.00005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1586  protoporphyrinogen oxidase  33.33 
 
 
482 aa  50.8  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.149602  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1658  UDP-galactopyranose mutase  42.42 
 
 
501 aa  50.8  0.00006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5059  UDP-galactopyranose mutase  26.63 
 
 
367 aa  50.4  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2342  amine oxidase  39.19 
 
 
505 aa  50.4  0.00008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1621  UDP-galactopyranose mutase  25.15 
 
 
367 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0464676  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2737  C-3',4' desaturase CrtD  48.21 
 
 
499 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000928862  unclonable  0.00000000408673 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3374  C-3',4' desaturase CrtD  48.21 
 
 
499 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1381  UDP-galactopyranose mutase  30.51 
 
 
463 aa  49.3  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.399176  normal  0.525187 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  41.07 
 
 
938 aa  49.3  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0404  FAD dependent oxidoreductase  25 
 
 
443 aa  48.9  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0826  protoporphyrinogen oxidase  21.83 
 
 
473 aa  49.3  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.981055  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0717  UDP-galactopyranose mutase  24.55 
 
 
365 aa  49.3  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  41.07 
 
 
508 aa  49.3  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  50 
 
 
525 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0319  amine oxidase  25.44 
 
 
489 aa  48.5  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3019  UDP-galactopyranose mutase  27.84 
 
 
381 aa  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.195146  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0435  FAD dependent oxidoreductase  39.19 
 
 
347 aa  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.164811  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4795  hypothetical protein  21.65 
 
 
419 aa  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173425  normal  0.558478 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0991  protoporphyrinogen oxidase  22.38 
 
 
473 aa  48.1  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>