More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2622 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2622  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
144 aa  284  2e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0868161 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2677  AraC family transcriptional regulator  82.47 
 
 
147 aa  160  6e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.968923  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1284  transcriptional regulator, AraC family  80.41 
 
 
150 aa  159  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113344 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  87.36 
 
 
139 aa  155  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4177  AraC family transcriptional regulator  89.69 
 
 
147 aa  152  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.0005743  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  82.02 
 
 
146 aa  152  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  82.02 
 
 
146 aa  152  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  82.02 
 
 
146 aa  152  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2229  helix-turn-helix domain-containing protein  84.09 
 
 
160 aa  152  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0489  transcriptional regulator, AraC family  84.54 
 
 
147 aa  147  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0110  transcriptional regulator, AraC family  60.61 
 
 
148 aa  147  4e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2645  AraC family transcriptional regulator  65.83 
 
 
156 aa  147  5e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2425  transcriptional regulator, AraC family  81.61 
 
 
147 aa  144  4.0000000000000006e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0298532  hitchhiker  0.00178687 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2020  transcriptional regulator, AraC family  78.65 
 
 
143 aa  143  7.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.206011  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3172  transcriptional regulator, AraC family  83.51 
 
 
147 aa  143  9e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000984429 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7719  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  79.35 
 
 
134 aa  142  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2902  transcriptional regulator, AraC family  88.16 
 
 
148 aa  142  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000233249  hitchhiker  0.0000148724 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  74 
 
 
156 aa  142  2e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2347  AraC family transcriptional regulator  85.53 
 
 
153 aa  138  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.745211  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3008  helix-turn-helix domain-containing protein  77.32 
 
 
149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.501023  normal  0.487473 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2070  transcriptional regulator, AraC family  73.2 
 
 
151 aa  135  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  74.71 
 
 
145 aa  133  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1692  transcriptional regulator, AraC family  79.38 
 
 
144 aa  130  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.623268  normal  0.377935 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  72.41 
 
 
141 aa  129  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1762  transcriptional regulator, AraC family  76.32 
 
 
155 aa  124  5e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00442451  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2345  AraC family transcriptional regulator  85.71 
 
 
148 aa  123  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.215475  normal  0.707211 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5494  transcriptional regulator, AraC family  68.24 
 
 
144 aa  120  6e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00194637  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3902  AraC family transcriptional regulator  65.52 
 
 
154 aa  114  6e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0623  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  63.75 
 
 
150 aa  101  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.464134  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  56.57 
 
 
145 aa  96.7  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5952  AraC family transcriptional regulator  55.95 
 
 
142 aa  91.7  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4178  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  84 
 
 
136 aa  90.9  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00159015  normal  0.783172 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1285  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  82 
 
 
139 aa  89.4  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.78652  hitchhiker  0.00110448 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0010  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  84 
 
 
136 aa  88.6  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7718  putative lyase  75.93 
 
 
136 aa  87.8  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  53.09 
 
 
150 aa  85.1  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2901  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  73.58 
 
 
136 aa  84  7e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000256664  hitchhiker  0.0000132599 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  52.38 
 
 
157 aa  83.6  8e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0490  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  76.47 
 
 
138 aa  83.6  8e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.653023 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2071  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  74 
 
 
136 aa  83.2  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0354228 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3171  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  76 
 
 
136 aa  82.8  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000424368 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2644  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  72.22 
 
 
136 aa  82.8  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  53.57 
 
 
148 aa  80.9  0.000000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  46.34 
 
 
164 aa  80.5  0.000000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2678  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  71.7 
 
 
136 aa  79.7  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.629631  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2346  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  71.15 
 
 
136 aa  79  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.21716  normal  0.907122 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2019  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  66.04 
 
 
134 aa  77.4  0.00000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.958776  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  44.09 
 
 
164 aa  76.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  51.19 
 
 
158 aa  76.6  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 
150 aa  76.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 
150 aa  76.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3007  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  69.39 
 
 
136 aa  76.3  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.862449 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 
150 aa  76.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  50.62 
 
 
168 aa  75.9  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 
144 aa  75.9  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2424  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  67.35 
 
 
136 aa  75.5  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0566516  hitchhiker  0.00174079 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 
140 aa  75.5  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1693  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  67.35 
 
 
194 aa  75.1  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.984536  normal  0.249305 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2345  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  75 
 
 
136 aa  75.1  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.325941 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2081  transcriptional regulator, AraC family  44.68 
 
 
153 aa  74.7  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.256  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  43.3 
 
 
156 aa  74.3  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1737  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  71.43 
 
 
136 aa  74.3  0.0000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.331551  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1784  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  71.43 
 
 
136 aa  74.3  0.0000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4299  transcriptional regulator, AraC family  39.52 
 
 
144 aa  74.3  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.244044  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1716  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  71.43 
 
 
136 aa  74.3  0.0000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.711548 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0109  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  62.5 
 
 
139 aa  74.3  0.0000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  47.92 
 
 
162 aa  73.2  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2210  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  72.92 
 
 
136 aa  73.6  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.122123  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  41.49 
 
 
168 aa  72  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  41.49 
 
 
168 aa  72  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3218  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  56 
 
 
137 aa  71.2  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0675384  hitchhiker  0.0000000522569 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1761  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  64 
 
 
143 aa  71.2  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000756575  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1506  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 
182 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0841  transcriptional regulator, AraC family  42.55 
 
 
176 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3041  putative lyase  58 
 
 
138 aa  70.1  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467192  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2176  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  64.58 
 
 
171 aa  69.7  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.55662  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2500  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  63.46 
 
 
136 aa  68.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3903  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  65.91 
 
 
136 aa  68.6  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6337  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  56.25 
 
 
136 aa  68.6  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  45.68 
 
 
168 aa  67  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1022  transcriptional regulator, AraC family  41.76 
 
 
145 aa  67  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532062  normal  0.274495 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  36.26 
 
 
134 aa  65.5  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5495  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  70.73 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00157513  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  40.43 
 
 
304 aa  64.3  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 
299 aa  63.9  0.0000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  36.75 
 
 
287 aa  63.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
293 aa  60.8  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  45 
 
 
322 aa  60.8  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 
300 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 
513 aa  59.3  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 
133 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 
204 aa  58.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  39.36 
 
 
112 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  40.66 
 
 
299 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  43.59 
 
 
320 aa  58.2  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  40.24 
 
 
292 aa  57.8  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  44.93 
 
 
305 aa  56.2  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5508  helix-turn-helix domain-containing protein  36.71 
 
 
158 aa  56.6  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 
316 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0624  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  52.08 
 
 
139 aa  55.5  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.270433  normal  0.0374079 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>