More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2431 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2431  NUDIX hydrolase  100 
 
 		 132 aa  265  2e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00584965  normal  0.262781 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06560  ADP-ribose pyrophosphatase  40.18 
 
 		 141 aa  63.5  0.0000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.715262  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3001  NUDIX hydrolase  43.7 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.759496  normal  0.595772 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4961  NUDIX hydrolase  36.13 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.162103  normal  0.087393 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1412  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  33.03 
 
 		 138 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.559865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1194  NUDIX hydrolase  40 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.317663  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1687  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  35.24 
 
 		 140 aa  58.2  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1395  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  33.94 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0511972 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1874  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  33.03 
 
 		 138 aa  57.4  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.400032  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5502  NUDIX hydrolase  33.61 
 
 		 134 aa  56.6  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.985254 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8400  ADP-ribose pyrophosphatase-like protein  41.9 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.24066 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1428  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  33.64 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.522134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2045  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  33.64 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4126  NUDIX hydrolase  38.89 
 
 		 318 aa  54.7  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4447  NUDIX hydrolase  35.51 
 
 		 319 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.77195 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4236  NAD(+) diphosphatase  43.68 
 
 		 321 aa  54.3  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0400368  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1350  NUDIX hydrolase  37 
 
 		 143 aa  53.5  0.0000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.246365  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1983  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  41.94 
 
 		 135 aa  52.8  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000136061  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0830  NUDIX hydrolase  34.33 
 
 		 291 aa  53.1  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2295  NUDIX hydrolase  35.54 
 
 		 300 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0940413  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01728  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  41.94 
 
 		 135 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.10262  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1883  NUDIX hydrolase  41.94 
 
 		 135 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01716  hypothetical protein  41.94 
 
 		 135 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.15744  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1873  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  41.94 
 
 		 135 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.440168  hitchhiker  0.000083786 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4911  NUDIX hydrolase  36.75 
 
 		 319 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.233165  normal  0.556784 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2346  NUDIX hydrolase  35.78 
 
 		 157 aa  52.8  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2042  NUDIX hydrolase  31.93 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000547499 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1775  NUDIX hydrolase  31.9 
 
 		 129 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.296323  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2479  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  40.32 
 
 		 135 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1350  NUDIX hydrolase  33.88 
 
 		 146 aa  52  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1106  NUDIX hydrolase  35.92 
 
 		 145 aa  52  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00400603  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0922  NUDIX hydrolase  34.43 
 
 		 136 aa  52  0.000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2376  NUDIX hydrolase  32.43 
 
 		 197 aa  51.2  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.278695  normal  0.316272 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3078  NUDIX hydrolase  34.75 
 
 		 134 aa  50.4  0.000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3659  hypothetical protein  51.43 
 
 		 316 aa  50.4  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.817347  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1430  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  30.83 
 
 		 135 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.166534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2065  NUDIX hydrolase  31.03 
 
 		 129 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5494  NUDIX hydrolase  40.74 
 
 		 172 aa  48.9  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.202592 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2157  NUDIX hydrolase  31.03 
 
 		 129 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3237  NUDIX hydrolase  45.61 
 
 		 177 aa  49.3  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.778002  normal  0.378798 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1261  NUDIX hydrolase  33.88 
 
 		 147 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.394929  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3925  NUDIX hydrolase  39.02 
 
 		 155 aa  49.3  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0241724  normal  0.572778 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4376  hypothetical protein  33.06 
 
 		 314 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0336257 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1656  NUDIX hydrolase  33.93 
 
 		 152 aa  49.3  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.632067  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2636  mutator MutT protein (7,8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase)  33.71 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2698  A/G-specific adenine glycosylase  30.88 
 
 		 396 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.265639 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1348  hypothetical protein  33.06 
 
 		 314 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000350959 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2605  mutator MutT protein  35.06 
 
 		 128 aa  48.5  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.402694  hitchhiker  0.00000000101323 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4397  mutT/nudix family protein  32.52 
 
 		 316 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2829  phosphohydrolase  34.34 
 
 		 289 aa  48.5  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0306563  normal  0.214675 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4321  NUDIX hydrolase  50 
 
 		 291 aa  48.5  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0955  hypothetical protein  33.33 
 
 		 314 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2666  NUDIX hydrolase  48.21 
 
 		 182 aa  48.1  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.167572 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3918  NUDIX hydrolase  33.94 
 
 		 136 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.49136  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2414  NUDIX hydrolase  30.11 
 
 		 126 aa  48.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.143725  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3838  NUDIX hydrolase  50 
 
 		 144 aa  48.1  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0218718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4501  hypothetical protein  33.33 
 
 		 314 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.523087  normal  0.745544 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0996  NUDIX hydrolase  30.3 
 
 		 133 aa  47.8  0.00005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4091  hypothetical protein  32.52 
 
 		 316 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3706  hypothetical protein  31.73 
 
 		 314 aa  47.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.461385 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2380  NUDIX hydrolase  42.35 
 
 		 169 aa  47.8  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1182  NUDIX hydrolase  35.43 
 
 		 147 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5556  NUDIX hydrolase  33.63 
 
 		 130 aa  47.4  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.239043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0241  NUDIX hydrolase  35.25 
 
 		 157 aa  47.8  0.00006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.270437 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0170  NUDIX hydrolase  32.52 
 
 		 327 aa  47.4  0.00006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1798  LacI family transcription regulator  46.88 
 
 		 473 aa  47.4  0.00006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1477  ADP-ribose pyrophosphatase  32.52 
 
 		 158 aa  47.4  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.749409  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0066  NUDIX family hydrolase  32.52 
 
 		 158 aa  47.4  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.156967  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2086  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  30.7 
 
 		 128 aa  47.4  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.16532  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1565  ADP-ribose pyrophosphatase  32.52 
 
 		 158 aa  47.4  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2341  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  30.7 
 
 		 128 aa  47.4  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000814495  normal  0.025223 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2381  putative Nudix hydrolase family protein  36.36 
 
 		 139 aa  47.4  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.489337 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1977  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  30.7 
 
 		 128 aa  47.4  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000101182  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4263  NUDIX hydrolase  54.72 
 
 		 147 aa  47.4  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1420  Mutator protein MutT  28.46 
 
 		 134 aa  47  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0407  mutator MutT protein  30.56 
 
 		 129 aa  47  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1582  NUDIX hydrolase  35.35 
 
 		 261 aa  47  0.00008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0651  NUDIX hydrolase  31.93 
 
 		 318 aa  47  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.520333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2716  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  29.91 
 
 		 133 aa  47  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00087202 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17440  ADP-ribose pyrophosphatase  36.36 
 
 		 336 aa  47  0.00009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.303863  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3745  NUDIX hydrolase  35.19 
 
 		 315 aa  47  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.963277 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1257  NUDIX hydrolase  36.63 
 
 		 146 aa  47  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1584  mutT/nudix family protein  32.47 
 
 		 147 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0325451 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1522  NUDIX hydrolase  30.3 
 
 		 137 aa  46.6  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.241436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1843  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  38.71 
 
 		 135 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.910246  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1074  NUDIX hydrolase  32.35 
 
 		 261 aa  46.6  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01990  ADP-ribose pyrophosphatase  41.56 
 
 		 149 aa  46.6  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4928  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  35.25 
 
 		 199 aa  46.6  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.255355 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1170  NUDIX hydrolase  31.2 
 
 		 137 aa  46.6  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000110534  normal  0.0271169 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1999  lipoate-protein ligase B  55.32 
 
 		 383 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1821  lipoate-protein ligase B  52.83 
 
 		 365 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4458  NUDIX hydrolase  32.58 
 
 		 131 aa  46.2  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1811  NUDIX hydrolase  41.54 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0011  NUDIX hydrolase  38.02 
 
 		 144 aa  46.6  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.695589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3123  NUDIX hydrolase  27.66 
 
 		 141 aa  46.6  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0687463 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2441  mutator MutT protein  45.45 
 
 		 329 aa  46.2  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3510  mutator MutT protein  30.7 
 
 		 130 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.39786  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1544  NUDIX hydrolase  45.31 
 
 		 149 aa  46.6  0.0001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1154  NUDIX hydrolase  49.09 
 
 		 124 aa  46.2  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.271981  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0079  NUDIX hydrolase  35.16 
 
 		 157 aa  46.6  0.0001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.886246  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>