212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2291 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2291  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 
162 aa  312  9.999999999999999e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00374497  hitchhiker  0.00208025 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0672  MarR family transcriptional regulator  68.71 
 
 
155 aa  187  4e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.211167  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2570  transcriptional regulator, MarR family  60.58 
 
 
159 aa  151  2.9999999999999998e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00196681  hitchhiker  0.000397259 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1308  transcriptional regulator, MarR family  55.24 
 
 
189 aa  143  8.000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0396226  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6009  transcriptional regulator, MarR family  57.02 
 
 
190 aa  125  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3035  regulatory protein, MarR  40.88 
 
 
153 aa  75.9  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  0.4282 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1958  MarR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
258 aa  72.8  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3261  MarR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
165 aa  70.5  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3807  MarR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
143 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.211999  normal  0.814005 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6961  MarR family transcriptional regulator  34.06 
 
 
157 aa  65.1  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.866356  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12350  hypothetical protein  35.07 
 
 
163 aa  64.3  0.0000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2729  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
146 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.784506 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7164  transcriptional regulator, MarR family  35 
 
 
144 aa  60.1  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194557  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1297  transcriptional regulator  27.97 
 
 
174 aa  57.8  0.00000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00292407  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3432  MarR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
155 aa  57.4  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262117  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3495  MarR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
155 aa  57.4  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.144178  normal  0.175021 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3443  MarR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
155 aa  57.4  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.361785 
 
 
-
 
NC_002936  DET1163  MarR family transcriptional regulator  25.9 
 
 
159 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.404359  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1368  transcriptional regulator, MarR family  32.46 
 
 
170 aa  57  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3868  MarR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
143 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.334531 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4328  MarR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
143 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2733  MarR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
147 aa  53.1  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1526  MarR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
143 aa  52.4  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.97312  normal  0.171281 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3930  MarR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
143 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.627094  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
138 aa  53.1  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4436  MarR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
143 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1956  transcriptional regulator  31.37 
 
 
154 aa  52.8  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.720732 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3938  MarR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
145 aa  52.8  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.556639  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4565  transcriptional regulator, MarR family  38.55 
 
 
157 aa  52.4  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5869  MarR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
143 aa  52.4  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.263359 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02870  transcriptional regulator  32.82 
 
 
157 aa  51.6  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34620  transcriptional regulator  36.26 
 
 
149 aa  51.6  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106002  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0847  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
147 aa  51.6  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6744  transcriptional regulator, MarR family  32.23 
 
 
166 aa  50.8  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.711191  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0877  MarR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
159 aa  50.8  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1325  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
157 aa  50.4  0.000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5023  MarR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
139 aa  50.4  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0800254  normal  0.152298 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3782  transcriptional regulator, MarR family  31.21 
 
 
150 aa  50.1  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1835  transcriptional regulator, TrmB  28.77 
 
 
146 aa  50.4  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0302316  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8888  hypothetical protein  31.48 
 
 
153 aa  50.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1458  regulatory protein  36 
 
 
149 aa  49.7  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.714461 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0021  MarR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
178 aa  49.7  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3833  transcriptional regulator, MarR family  29.92 
 
 
194 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.489969 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3946  transcriptional regulator, MarR family  29.92 
 
 
194 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0859911 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0218  MarR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
143 aa  49.3  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0150  MarR family transcriptional regulator  22.39 
 
 
154 aa  49.3  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0208553  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
159 aa  48.9  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5246  MarR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
163 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.590424  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5334  MarR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
163 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.290903 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5625  MarR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
163 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0373202  normal  0.488111 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
143 aa  48.9  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4671  transcriptional regulator, MarR family  31.33 
 
 
173 aa  48.5  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.172842  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02009  putative transcription regulator protein  31.5 
 
 
201 aa  48.1  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.644925  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1589  transcriptional regulator, MarR family  34.35 
 
 
153 aa  47.8  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
156 aa  47.8  0.00006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4610  transcriptional regulator, MarR family  37.76 
 
 
148 aa  47.8  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.4763  normal  0.155158 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0411  transcriptional regulator, MarR family  34.62 
 
 
139 aa  47.8  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.418684  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4025  regulatory protein MarR  41.1 
 
 
160 aa  47.8  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.895224  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0998  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 
155 aa  47.4  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000450999  hitchhiker  0.00423062 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0606  MarR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
151 aa  47.4  0.00008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0747738  normal  0.0914644 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0131  transcriptional regulator, MarR family  31.62 
 
 
138 aa  47.4  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5540  transcriptional regulator, MarR family  32.11 
 
 
148 aa  47.4  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.971707 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3289  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
147 aa  47.4  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.131138 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3597  MarR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
153 aa  47.4  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1178  MarR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
159 aa  47  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6388  transcriptional regulator, MarR family  30.39 
 
 
149 aa  46.6  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0493  MarR family transcriptional regulator  23.01 
 
 
148 aa  47  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1292  transcriptional regulator, MarR family  23.53 
 
 
150 aa  46.6  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2060  MarR family transcriptional regulator  34.82 
 
 
156 aa  47  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0111  MarR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
142 aa  46.6  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.238503  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1381  transcriptional regulator, MarR family  36.26 
 
 
167 aa  46.6  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6391  transcriptional regulator, MarR family  38.14 
 
 
144 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.666517 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0505  MarR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
148 aa  45.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0742  transcriptional regulator  37.84 
 
 
292 aa  46.2  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0683  MarR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
146 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3631  transcriptional regulator, MarR family  39.13 
 
 
144 aa  45.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3184  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
162 aa  45.8  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.824605 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1954  MarR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
154 aa  45.4  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4708  transcriptional regulator, MarR family  39.13 
 
 
144 aa  45.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.155133  decreased coverage  0.00302291 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01430  transcriptional regulator  34.02 
 
 
161 aa  45.8  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0962  MarR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
165 aa  45.4  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2133  MarR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
137 aa  45.1  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2017  transcriptional regulator, MarR family  23.01 
 
 
152 aa  45.1  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5248  MarR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
151 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.282441  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2247  MarR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
143 aa  45.4  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.078909 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5336  MarR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
151 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.293186 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2899  regulatory protein MarR  32.18 
 
 
157 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1792  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5627  MarR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
151 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.281141  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0983  MarR family transcriptional regulator  23.85 
 
 
159 aa  45.1  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3125  transcriptional regulator, TrmB  32.18 
 
 
157 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.402819 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0615  MarR family transcriptional regulator  26.02 
 
 
147 aa  45.1  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.973636  normal  0.938625 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4535  transcriptional regulator, MarR family  37 
 
 
145 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0652033 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2803  transcriptional regulator, MarR family  50 
 
 
170 aa  44.7  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2033  MarR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
303 aa  44.7  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2101  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
142 aa  44.7  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1873  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
142 aa  44.7  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.924998 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3022  transcriptional regulator, TrmB  33.33 
 
 
157 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195041  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2263  transcriptional regulator, MarR family  35.14 
 
 
164 aa  44.3  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000218689  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2881  MarR family transcriptional regulator  25.18 
 
 
152 aa  44.3  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2101  MarR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
163 aa  44.3  0.0008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0043362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>